Skip to content

AJout d'un exemple d'étude#69

Open
strayMat wants to merge 1 commit intomainfrom
example_study
Open

AJout d'un exemple d'étude#69
strayMat wants to merge 1 commit intomainfrom
example_study

Conversation

@strayMat
Copy link
Collaborator

@strayMat strayMat commented Jan 4, 2026

Ajoute un exemple d'étude dans la documentation sous la forme d'une vignette R : vignettes/tutoriel_avc.Rmd

Cette étude utilise quelques fonctions d'extraction et la fonction de gestion des identifants sur un cas d'étude simple.
La population d'étude est constituée des patients hospitalisés (hospitalisation complète en MCO) pour AVC en 2024.

Cette PR introduit également des fonctions create_mock_ dans le fichier R/mock.R qui permette de constituter une base de données fictives sur laquelle l'étude fictive tourne. Ainsi lors de la CI, le code dans la vignette de l'étude example est executé avec les fonctions du paquet en l'état. L'utilisateur du package est donc assuré que son code fonctionne comme dans l'exemple fourni.

closes #57

Copilot AI review requested due to automatic review settings January 4, 2026 16:37
@strayMat strayMat marked this pull request as draft January 4, 2026 16:38
@codecov
Copy link

codecov bot commented Jan 4, 2026

Codecov Report

✅ All modified and coverable lines are covered by tests.

📢 Thoughts on this report? Let us know!

@github-actions
Copy link

github-actions bot commented Jan 4, 2026

PR Preview Action v1.8.0

🚀 View preview at
https://SNDStoolers.github.io/sndsTools/pr-preview/pr-69/

Built to branch gh-pages at 2026-01-14 08:08 UTC.
Preview will be ready when the GitHub Pages deployment is complete.

This comment was marked as spam.

@strayMat strayMat force-pushed the example_study branch 5 times, most recently from 8aab320 to d71b2ac Compare January 13, 2026 20:46
@strayMat strayMat changed the title draft: structure etude + structure mock data, untested AJout d'un exemple d'étude Jan 13, 2026
@strayMat strayMat marked this pull request as ready for review January 13, 2026 20:58
- Ajout d'un tuto sur le cas de l'AVC pour aider à la prise en main du paquet
- Ajout de fonctions create_mock (R/mock.R) permettant de simuler une base du SNDS.
Ces fonctions ne sont pas testées et n'entrent ni dans les test ni dans
le codecov.

 This is a combination of 5 commits.

structure etude + structure mock data, untested

prise en main : amélioration des explications et fix d'un lien vers le fichier avec totues les fonctions R du paquet

WIP tutoriel : changement vers patients hospitalisés pour AVC

mock data: added mock data to the pkg

Tutoriel tourne en local

better tuto : remove analysis section

tutoriel : fix typo

tutoriel : testé sur le portail
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment

Labels

None yet

Projects

None yet

Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

Ajout d’une étude « exemple » utilisant les fonctions du paquet,

2 participants