sndsTools : Extraction de recours aux soins dans le SNDS avec R

Description

Ce package R permet d'extraire des données de recours aux soins du SNDS (Système National des Données de Santé) pour une population donnée.

Fonctionnalités

Ce package R simplifie les étapes d'extraction de données du SNDS sur des données utilisées dans la majorité des études sur le SNDS. Les principales fonctionnalités couvertes sont les suivantes :

• Effectuer l'extraction des tables individuelles pour les données suivantes :

  • Consultations dans le DCIR,
  • Médicaments dans le DCIR,
  • Affections de longue durée (ALD),
  • Hospitalisations dans le MCO,
  • Consultations dans le MCO.

• Intègre les requêtes mois par mois sur la date de flux pour les données DCIR conformément aux recommandations de la CNAM.

• Intègre les filtres qualités usuels pour exclure les lignes indésirables (ex. PRS_DPN_QLP != 71 pour exclure les remontées pour information dans le DCIR).

Historique

Ce projet a été initié suite à la rencontre de plusieurs utilisateurs du SNDS lors du congrès Emois en mars 2024. Il est actuellement en phase de développement actif.

C'est un projet communautaire, évolutif par nature, qui vise à rassembler les différents utilisateurs du SNDS.

Installation sur le portail de l'assurance maladie (CNAM)

Il est nécessaire de copier/coller le code source du paquet sur le portail CNAM. Pour cela, il faut suivre les étapes suivantes :

• 1. En local (sur votre ordinateur) : Télécharger le fichier sndsTool.R de la dernière release du paquet disponible sur github. Celui-ci contient toutes les fonctions du paquet.
• 2. En local, ouvrir le fichier sndsTool.R et copier tout son contenu.
• 3. Sur le portail CNAM, coller le contenu de ce fichier dans un nouveau script R sndsTools.R.
• 4. Sur le portail CNAM, charger toutes les fonctions du paquet: source("sndsTools.R")

Contexte technique

Données

Les données sont issues du SNDS et sont hébergées sur le portail de l'assurance maladie (CNAM). Pour mener utiliser ce package, il est nécessaire d'avoir un accès aux données individuelles bénéficiaires exhaustives de consommation de soins.

Schéma de flux de données

TODO (figure à mettre dans man/figures)

Technologies

• Langage de programmation : R
• Packages utilisés : dplyr, dbplyr, DBI, glue, lubridate, progress

Liens utiles

• lien vers cette page de la documentation : https://sndstoolers.github.io/sndsTools/index.html

• Dépôt du code source : https://github.com/SNDStoolers/sndsTools

• Description des extractions et des tables de données créées : TODO Flux de données

• Prise en main rapide : Prise en main

• Référence des fonctions utilisées

• Guide de contribution

• Principes de gouvernance

• Présentation du package à l'Institut du Cerveau, janvier 2026

• Canal de discussion Tchap