wegene_utils.py

examples/python3/scaffold-app/wegene_utils.py

@@ -1,7 +1,8 @@
 # -*- coding: utf-8 -*-
 
-__all__ = ['process_raw_genome_data', 'is_genotype_exist', 'is_wegene_format']
+__all__ = ['process_raw_genome_data', 'is_genotype_exist', 'is_wegene_format', 'get_mt', 'get_y', 'get_simple_mt', 'get_simple_y', 'to_markdown_table']
 
+import re
 import sys
 import gzip
 import base64
@@ -65,3 +66,112 @@ def is_genotype_exist(input, rsid):
 
 def is_wegene_format(format_str):
     return 'wegene_' in format_str
+
+
+#这是一个获取用户mt单倍群的函数
+def get_mt(inputs):
+    return inputs['haplogroup']['mt']['haplogroup']
+
+
+#这是一个获取用户y单倍群的函数
+def get_y(inputs):
+    return inputs['haplogroup']['y']['haplogroup']
+
+
+#这是一个获取用户simple mt单倍群的函数
+def get_simple_mt(inputs,length):
+    inputs = get_mt(inputs)
+    letter = re.split(r'\d+',inputs)
+    number = re.split(r'\D+',inputs)
+    while '' in letter:
+        letter.remove('')
+    while '' in number:
+        number.remove('')
+    #处理当指定切割长度比mt实际长度长的情况
+    if  len(letter + number) <= length:
+        output = inputs
+    #处理特殊mt
+    elif len(inputs) == 1 or "'" in inputs:
+        output = inputs
+    else:
+        min_num = min(len(letter),len(number))
+        output_list = []
+        for element in range(min_num):
+            output_list.append(letter[element])
+            output_list.append(number[element])
+        output = ''.join(output_list[0:length])    
+    return output
+
+
+#这是一个获取用户simple y单倍群的函数
+def get_simple_y(inputs,length):
+    inputs = get_y(inputs)
+    letter = re.split(r'\d+',inputs)
+    number = re.split(r'\D+',inputs)
+    while '' in letter:
+        letter.remove('')
+    while '' in number:
+        number.remove('')
+    #处理当指定切割长度比y实际长度长的情况
+    if  len(letter + number) <= length:
+        output = inputs
+    #处理边缘y
+    elif len(inputs) == 1 or "~" in inputs or inputs.isalpha() is True:
+        output = inputs
+    else:
+        min_num = min(len(letter),len(number))
+        output_list = []
+        for element in range(min_num):
+            output_list.append(letter[element])
+            output_list.append(number[element])
+        output = ''.join(output_list[0:length])    
+    return output
+
+
+#这是一个将嵌套list转化为markdown表格形式的函数
+def to_markdown_table(input_head,input_body,output_style):
+    result_list = []
+    column_num = len(input_head)
+    for row in input_body:
+        element_list = []
+        for element in row:
+            element_list.append(str(element))
+        result_list.append('|'+'|'.join(element_list))
+        body_md = '|\n'.join(result_list)+'|'
+    if output_style == 'left':
+        style = [':---']
+    if output_style == 'right':
+        style = ['---:']
+    if output_style == 'center':
+        style = [':---:']
+    element_list = []
+    for element in input_head:
+        element_list.append(str(element))
+    head_md = '|'+'|'.join(element_list)+'|\n'
+    style_md = '|'+'|'.join(style * column_num)+'|\n'
+    result = head_md + style_md + body_md
+    return result
+'''
+在 to_markdown_table(input_head,input_body,output_style)函数中
+input_head input_body output_style分别指的是 表格的表头 表格内容 以及 文字风格
+文字风格 有三种选择，可以是 left right 或 center 分别代表 文字左对齐 文字右对齐 和 文字居中
+如果输出结果中包含 整型 或 浮点型 无需对结果进行 str() 处理，函数中会自动处理
+
+调用本函数的示例代码如下：
+
+head = [1,2,3,4,5]
+body = [
+    [7,8,9,0,1],
+    [4,7,9,10,4]
+]
+result = to_markdown_table(head,body,'center')
+print(result)
+
+本段代码输出结果如下
+
+|1|2|3|4|5|
+|:---:|:---:|:---:|:---:|:---:|
+|7|8|9|0|1|
+|4|7|9|10|4|
+
+'''