refactor the build system -- use exported cmake targets instead of ma…

[feixh]

The current build system manually specifies path to the include/library directories. This is not portable.
For instance, on Fedora, the shared libraries (of the 3rd dependencies) will be installed in directory lib64 instead of lib.

In this PR, I removed some of the hardcoded paths, and used find_package and linked XIVO's targets against targets exported by the installed third-party libraries.

[stephanietsuei]

Any particular reason for building a shared library instead of a static library?

[stephanietsuei]

We should add the following above this block so that CMake doesn't accidentally link to a version that was installed onto the OS or exported from another project:

+set(Eigen3_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/eigen/share/eigen3/cmake)
+set(Ceres_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/ceres-solver/lib/cmake/Ceres)
+set(gflags_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/gflags/lib/cmake/gflags)
+set(glog_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/glog/lib/cmake/glog)
+set(gtest_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/googletest/lib/cmake/GTest)
+set(jsoncpp_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/jsoncpp/lib/cmake/jsoncpp)
+set(Pangolin_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/Pangolin/lib/cmake/Pangolin)
+set(DBoW2_DIR ${THIRD_PARTY_DIR}/DBoW2/lib/cmake/DBoW2)

[stephanietsuei]

At the moment, I'm getting the following linker error on Ubuntu 20.04 (lab machine):

/usr/bin/ld: ../thirdparty/ceres-solver/lib/libceres.a(eigensparse.cc.o): in function `Eigen::internal::Assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::PermutationMatrix<-1, -1, int>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 2>, Eigen::internal::assign_op<double, double>, Eigen::internal::Dense2Dense, void>::run(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::PermutationMatrix<-1, -1, int>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 2> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) [clone .isra.0]':
eigensparse.cc:(.text+0x33c): undefined reference to `Eigen::internal::aligned_malloc(unsigned long)'

On my laptop (Manjaro Linux), I get a segmentation fault at a matrix multiplication. It seems to be something related to data alignment at the processor level, but I haven't found a fix yet. gdb gives me this backtrace:

#0  Eigen::internal::dense_assignment_loop<Eigen::internal::generic_dense_assignment_kernel<Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::assign_op<double, double>, 0>, 3, 0>::run(Eigen::internal::generic_dense_assignment_kernel<Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::assign_op<double, double>, 0>&) (kernel=<synthetic pointer>...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:416
#1  Eigen::internal::call_dense_assignment_loop<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:741
#2  Eigen::internal::Assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double>, Eigen::internal::Dense2Dense, void>::run(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:879
#3  Eigen::internal::call_assignment_no_alias<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:836
#4  Eigen::internal::call_assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&, Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0>, Eigen::internal::evaluator_traits<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >::Shape>::value, void*>::type) (func=<optimized out>, src=<optimized out>, dst=...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:797
#5  Eigen::internal::call_assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> const&) (src=<optimized out>, dst=...)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:782
#6  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >::_set<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> > c--Type <RET> for more, q to quit, c to continue without paging--
onst&) (other=<optimized out>, this=0x5555c17f8e80)
    at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/PlainObjectBase.h:714
#7  Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::operator=<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> > const&)
    (other=<optimized out>, this=0x5555c17f8e80) at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/Matrix.h:225
#8  xivo::Estimator::UpdateJosephForm() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:972
#9  0x00007ffff7ed61dc in xivo::Estimator::Update() (this=this@entry=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/update.cpp:152
#10 0x00007ffff7ec4933 in xivo::Estimator::ProcessTracks(std::chrono::duration<long, std::ratio<1l, 1000000000l> > const&, std::__cxx11::list<xivo::Feature*, std::allocator<xivo::Feature*> >&) (this=this@entry=0x5555c17f8be0, ts=..., tracks=std::__cxx11::list = {...})
    at /home/stephanie/Code/xivo/src/manager.cpp:202
#11 0x00007ffff7e700f6 in xivo::Estimator::VisualMeasInternal(std::chrono::duration<long, std::ratio<1l, 1000000000l> > const&, cv::Mat const&)
    (this=0x5555c17f8be0, ts=..., img=<optimized out>) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:945
#12 0x00007ffff7e6b5ac in xivo::Estimator::MaintainBuffer() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:880
#13 xivo::Estimator::MaintainBuffer() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:867
#14 0x0000555555578df6 in main(int, char**) (argc=<optimized out>, argv=<optimized out>) at /home/stephanie/Code/xivo/src/app/vio.cpp:92