add chmod g+w * to rule merge_vcfs

[deyazoubi]

after testing i got this
mode of ‘/home/dealz101/gpfs/Intermediate/160_merge_vcfs/Keimbahn/KB0230.fpcorr.snp_indel.vcf’
changed from 0644 (rw-r--r--) to 0664 (rw-rw-r--)
i will apply this change to all rule at a shell call

[sjanssen2]

great! Be careful with rules that produce directories instead of outputs and situations where multiple output files are created.

[deyazoubi]

in case of directories what should be the change
example: for rule split_demultiplex:
the output is a directories
output:
directory("{prefix}%s%s/{run}/{part}" % (config['dirs']['intermediate'], config['stepnames']['demultiplex'])),

is this right
" && chmod -R g+w {output} 2>> {log}"

[LayalYasin]

that should work,
chmod -R g+w should alter the permission of the directory and the files contained in it

[deyazoubi]

@sjanssen2 asked Philipp to add write permissions for everyone in the group
instead of adding chmode for every rule in spike

[sjanssen2]

Stefan:

Hi Philipp. Wir arbeiten jetzt zu dritt an dem Spike Projekt, was einige Probleme mit den Permissions mit sich bringt. Weißt Du, wie ich es hinbekomme, dass Dateien und Verzeichnisse in einem bestimmten Ordner automatisch auch immer gleich Schreibrechte für die Gruppe bekommen. Ich will nicht jedes mal
chmod g+w *
ausführen müssen. Das sticky bit vererbt die Gruppe, aber ich finde nicht raus wie ich das Schreibrecht für die Gruppe auch erben kann

Philipp:

Das ist nicht ganz einfach, da die Permissions in Posix sowas erstmal nicht direkt können, da ihr alle in mehreren Gruppen drin seid. Über das GPFS können wir da vielleicht was machen, aber dafür müssen wir das einmal ganz genau aufschreiben. Vielleicht kannst du mit umask was retten

Stefan:

ohweh. Wie ginge es via umasks?

Philipp:

mit umask gibst du die rechte für neue Dateien an
https://www.cyberciti.biz/tips/understanding-linux-unix-umask-value-usage.html

www.cyberciti.biz
What is Umask and How To Setup Default umask Under Linux? - nixCraft
Anil ask a question (via email): What is umask and how is it determined on a Linux system?

zusammen mit https://direnv.net/ könnte man da was bauen für spezielle ordner

direnv.net
direnv – unclutter your .profile
unclutter your .profile