Historical data of the flora of Silesia based on articles published by ‘Botanische Sektion’ in Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. Electronic versions of the reports can be found at Opole Digital Library and Silesia Digital Library. The aim of this project is to locate the places and assign coordinates to it. Please note the accuracy of assigned coordinates varies between entries. Sometimes it is given with an accuracy of a few meters, sometimes with an accuracy of a village or town. Original entries containing the statement ‘mehrfach’ (like Winzig: mehrf.!) should be understood as ‘frequent’, occurring commonly in the commune, county or village itself. In such cases, the coordinates point to a given town (or village).
The full data set is saved into flora_sil.Rds file. You can read it
using:
jahres <- readRDS(file = "data/flora_sil.Rds")If you prefer .csv data format, to load it into LibreOffice Calc or
Excel then you will find it in data/flora_sil.csv file.
Let’s have a look on jahres data frame:
jahres |>
dplyr::slice_sample(n = 3) species
1 Epipogon aphyllus
2 Chrysanthemum coronarium
3 Chrysanthemum coronarium
citation
1 @schalowErgebnisseDurchforschungSchlesischen1934
2 @schalowErgebnisseSchlesischenPhanerogamenforschung1931
3 @schalowErgebnisseSchlesischenPhanerogamenforschung1931
entry
1 Epipogon aphyllus Rückers: oberhalb des Gasthauses „Hubertus“ im Nesselgrunder Forst (Becker).
2 C. coronarium [...] Breslau: Güterbhf. West u. Ost (Dr. K. Meyer)!, Kinderzobten, Bischofswalde!
3 C. coronarium [...] Breslau: Güterbhf. West u. Ost (Dr. K. Meyer)!, Kinderzobten, Bischofswalde!
lon lat
1 16.50055 50.37343
2 16.99758 51.08158
3 17.09846 51.09952
comments
1 powyżej restauracji, Pokrzywno, gm. Bystrzyca Kłodzka, pow. kłodzki
2 Wrocław: między ul. Braniborska a Robotnicza; dawny dworzec towarowy; Mała Sobótka, ul. Racławicka; Biskupin
3 Wrocław: między ul. Braniborska a Robotnicza; dawny dworzec towarowy; Mała Sobótka, ul. Racławicka; Biskupin
year accepted_name
1 1934 Epipogium aphyllum Sw.
2 1931 Glebionis coronaria (L.) Tzvelev
3 1931 Glebionis coronaria (L.) Tzvelev
Having pair of geographical coordinates – lon[gitude] and lat[itude]
– it’s very easy to convert the data frame to simple feature df, for
example using sf package.
jahres <- jahres |>
subset(!is.na(lon)) |>
sf::st_as_sf(coords = c("lon", "lat"), crs = "EPSG:4326")Now it’s quite easy to run any spatial analysis like distribution, or density. Let’s have a look on distribution of malvas:
malvas <- jahres |>
subset(grepl("Malva", accepted_name)) |>
subset(select = c("accepted_name", "geometry"))And plot it on simple map using tmap package:
Code
boundaries <- geodata::gadm(country = c("POL", "DEU", "CZE", "SVK"), level = 1, path = "data") |>
sf::st_as_sf() |>
sf::st_transform(crs = sf::st_crs(malvas)) |>
sf::st_crop(sf::st_buffer(sf::st_as_sfc(sf::st_bbox(malvas)), dist = 10000))
tmap::tmap_mode("plot")
tm <-
tmap::tm_shape(boundaries) +
tmap::tm_polygons(fill = "white") +
tmap::tm_shape(malvas) +
tmap::tm_symbols(
size = 0.5,
fill = "accepted_name",
fill.scale = tmap::tm_scale_categorical(values = "paired"),
fill.legend = tmap::tm_legend(
title = "",
text.size = 0.6,
bg.color = "white",
position = c("left", "bottom")
)
)
# tm
In Poland, occurrence of the species is usually shown in ATPOL squares.
You can get the ATPOL grid by spatial joining them with coordinates
provided by jahres data set. For that we will use
atpolR package. As the ATPOL
grid is provided in EPSG:2180 coordinate reference system, we have to
transform our malvas set to it, prior to run spatial join. And
secondly, as ATPOL is used only in Poland, we have to filter out
locations within Poland’s border.
atpol10 <- atpolR::atpol10k()
pl_border <- atpolR::boundaryPL() |>
sf::st_polygonize() |>
sf::st_transform(crs = sf::st_crs(atpol10))
malvas <- malvas |>
sf::st_transform(crs = sf::st_crs(atpol10))
malvas |>
sf::st_filter(pl_border) |>
sf::st_join(atpolR::atpol10k()) |>
sf::st_drop_geometry() |>
subset(select = c("accepted_name", "Name")) |>
dplyr::slice_sample(n = 8) |>
dplyr::arrange(accepted_name, Name) accepted_name Name
1 Malva moschata L. AE78
2 Malva moschata L. BE53
3 Malva moschata L. BE72
4 Malva moschata L. BE82
5 Malva moschata L. CF11
6 Malva pusilla Sm. CF65
7 Malva trimestris (L.) Salisb. AE58
8 Malva trimestris (L.) Salisb. AE59
If you wish to add some records, or change existing, please fork the
project and use pull request. The source files, divided by years, are
located in the source directory. Entries are provided as data.frame
structure, like:
jahres <- data.frame(
species = "Cystopteris fragilis",
citation = "@schalowErgebnisseDurchforschungSchlesischen1934",
entry = "Cystopteris fragilis Naumburg a. B.: Schloßpark (Tscheppe)!; [...]",
lon = 15.24453,
lat = 51.80259,
comments = "Nowogród Bobrzański, park zamkowy (Wzgórze Zamkowe)"
) |> rbind(jahres)Bibliography is provided as bibentry using RefManageR package
bib <- RefManageR::as.BibEntry(
c(
bibtype = "article",
key = "schalowErgebnisseDurchforschungSchlesischen1934",
author = "Emil Schalow",
title = "Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1933",
journal = "Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1933, Jg.106",
date = "1934",
volume = "106",
pages = "140--156")
)There is additional file, accepted_names.R, located in source
directory, which provides the normalization of the species names
provided by authors to common, accepted names of species, like:
#|
an <- c(
"Abutilon avicennae", "Abutilon theophrasti Medik.",
"Acer campestre", "Acer campestre L.",
[...]Feel free to participate, spot an error or add missing data. If you recognize some locations where geographical coordinates are missing – please add.
Two map layers provided by Urząd Marszałkowski Województwa Dolnośląskiego as ArcGIS REST service (can be used in QGIS):
QGIS with plugins:
Full record sets from few articles and some records from the others, in total 5228 records (species - localization) including 5150 with coordinates.
Data density in ATPOL squares is shown on the below picture:
And the number of records per year:
[1] T. Schube. "Die Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1929". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur 102 (1930), pp. 72-81.
[1] J. Milde. "Ueber Varietäten und Monstrositäten des Equisetum Telmateia Ehrh." In: Uebersicht der Arbeiten und Veränderungen der schlesischen Gesellschaft für vaterländische Kultur im Jahre 1849 (1850), pp. 81-83.
[2] F. Wimmer. "Bericht über die Verhandlungen der Botanischen Sektion im Jahre 1849". In: Uebersicht der Arbeiten und Veränderungen der schlesischen Gesellschaft für vaterländische Kultur im Jahre 1849 (1850), pp. 75-76.
[3] F. Wimmer. "Die schlesischen Carex-Arten aus der Gruppe der C. caespitosa revidirt im December 1848". In: Uebersicht der Arbeiten und Veränderungen der schlesischen Gesellschaft für vaterländische Kultur im Jahre 1849 (1850), pp. 77-81.
[4] F. Wimmer. "Neue und seltenere schiesische Pflanzen". In: Uebersicht der Arbeiten und Veränderungen der schlesischen Gesellschaft für vaterländische Kultur im Jahre 1849 (1850), p. 96.
[5] E. Schalow. "Ergebnisse der schlesischen Phanerogamenforschung im Jahre 1930". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1930, Jg.103 103 (1931), pp. 116-132.
[6] E. Schalow. "Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1931". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur 104 (1932), pp. 92-112.
[7] E. Schalow. "Ergebnisse der schlesischen Phanerogamenforschung im Jarhe 1932". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur 105 (1933), pp. 154-173.
[8] E. Schalow. "Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1933". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1933, Jg.106 106 (1934), pp. 140-156.
[9] E. Schalow. "Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1934". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1934, Jg.107 107 (1935), pp. 55-71.
[10] E. Schalow. "Ergebnisse der Durchforschung der schlesischen Gefässpflanzenwelt im Jahre 1935". In: Jahres-Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1935, Jg.108 108 (1936), pp. 66-81.