- MachineConfig: полуавтоматическая конфигурация биоинформационной машины
- Scissors: Пайплайн для обработки экзомных данных
- FastContext: Инструмент для контекстного анализа ридов
| Task | Description | Status | Deadline |
|---|---|---|---|
| Баркодирование сайтов рестрикции | Подумать | - | - |
| Бенчмарк | Запустить тулзы у нас | - | - |
| Мензоров | Посмотреть кмеры в транскриптомах человека | - | - |
| LNCAP | Сравнить снипы наших и контрольных данных | - | - |
| Презентация | Неинвазивный пренатальный скрининг - технология, необходимые материалы и т.д. | В процессе | - |
| Форма информированного согласия | для обычного экзома, генома и Exo-С | В процессе | - |
| Написать в этический комитет | - | Ожидание | - |
| Доклад | Взять экзом и ехос данные, разделить их на те, которые попадают в капчу, и те, которые не попадают. | Ожидание | - |
| Анализ | Процент мисматчей в дорожках А и B. Посмотреть, какого хуя там ещё какие-то последовательности. | Ожидание | - |
| Анализ | FR600+Illumina (если >5000 ридов с адаптером - сливаем с FR600 и смотрим) | Ожидание | - |
| Доработка Scissors | Добавить пол, а также warning по покрытию Y-хромосомы | Ожидание | - |
| Предмет | Отчётность | ФИО препода | Контакты | Долги |
|---|---|---|---|---|
| Акушерство и гинекология | Зачет | Наталья Михайловна Пасман (лекции), Опарина Марина Петровна +79139190707 Дударева Алла Витальевна +79139227408 (семинар) | ||
| Госпитальная терапия | Зачет | Воротников Иван Борисович +79139029927, Летягина Елена Алексеевна +79139874558, Омельченко Виталий Олегович +7 952 916-97-49 | ||
| Госпитальная хирургия | Зачет | Вернер | ||
| Инфекционные болезни, эпидемиология | Зачет | |||
| Клеточные технологии в лечении заболеваний | Зачет | тест, отправить на makar@niimbb.ru (5 мая 2021) | ||
| Нейроэндокринология | Дифференцированный зачет | |||
| Неотложные состояния, симуляционный курс | Экзамен | Кочетков Евгений Станиславович +79137190483 | ||
| Общественное здоровье и здравоохранение, экономика здравоохранения | Дифференцированный зачет | Майер Екатерина Олеговна | +79139004449 | |
| Основы гемостаза и биохимические аспекты клинической гемостазиологии | Дифференцированный зачет | |||
| Виктор Геннадьевич Стуров | sturov@mail.ru | Реферат клиническая биохимия "Акушерские кровотечения: современные аспекты патогенеза, диагностика, Тактика ведения пациенток в аспекте клинических современных рекомендаций" (до 21 мая 2021, скинуть на диск) | ||
| Подготовка к защите и защита выпускной квалификационной работы | Экзамен | |||
| Подготовка к сдаче и сдача государственного экзамена | Экзамен | |||
| Поликлиническая терапия | Дифференцированный зачет | Чугуров Александр Степанович +79137866242, Солдатова Галина Сергеевна +79139117164, Бочкова Юлия Валерьевна +7 913 717-41-96 | ||
| Производственная практика, научно-исследовательская практика | Экзамен | |||
| Профессиональные болезни | Зачет | Долгова Нина Анатолеьвна +79139466299 | ||
| Роль опухолевого микроокружения в канцерогенезе | Зачет | |||
| Травматология, ортопедия | Зачет | Сорокин Артем Николаевич +79133827474 |
Tl;dr
[10/02/2021, 20:01:40]: Описания пациентов собрал в табличку, FastQ отдал ребятам из Сбера [12/02/2021, 20:28:35]: Сделал HiC-карты для статьи [12/02/2021, 20:29:25]: Настроил почту [17/02/2021, 19:34:00]: Правки к статье готовы [19/02/2021, 12:36:40]: Оформил всё к курсовой [19/02/2021, 17:01:45]: Посчитал обогащение Exo-C-библиотеки (демультиплекс Алины) [05/03/2021, 13:52:47]: Проанализировал микрочипы из Томска [10/03/2021, 12:13:56]: Добавил аннотацию к микрочипам [10/03/2021, 19:05:46]: Посчитал обогащение к получившимся образцам Exo-C [16/03/2021, 18:54:43]: Прикрутил к пайплайну region-based аннотацию и проблемные регионы [16/03/2021, 18:55:44]: Отправил данные двух братьев [17/03/2021, 15:48:08]: Посчитал статики для диплома [17/03/2021, 23:13:46]: Пересек контроль для диплома с экзомом и удивился [17/03/2021, 23:14:09]: Валидировал варианты Exo-C библиотек [19/03/2021, 17:21:37]: Сделал Динаре мутации [22/03/2021, 14:53:28]: Сбер, сделал VCF аннотиванные анноваром [26/03/2021, 21:25:15]: Сделал поздравлялочку по email [31/03/2021, 13:44:48]: ROC-кривая для диплома [19/04/2021, 15:13:25]: Сделал общую табличку