feat: add nmrglue - A comprehensive NMR data processing toolkit for spectroscopy analysis

servers/nmrglue/README.md

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+# NMRglue Toolkit
+
+NMR数据处理和分析工具，基于nmrglue库实现，提供完整的NMR光谱数据读取、处理、分析和可视化功能。
+
+## 功能特性
+
+- **多格式支持**: 支持Bruker、Varian、NMRPipe、Sparky等主流NMR数据格式
+- **数据处理**: 相位校正、基线校正、窗函数应用等核心处理功能
+- **谱图分析**: 峰识别、谱图信息提取等分析工具
+- **可视化**: 生成高质量的NMR谱图
+- **内存管理**: 智能数据缓存机制，支持大型数据集处理
+
+## 安装
+
+```bash
+# 进入工具目录
+cd servers/nmrglue
+
+# 安装依赖
+uv sync
+```
+
+## 使用方法
+
+### 启动服务器
+
+```bash
+# 默认启动 (端口 50001)
+python server.py
+
+# 自定义端口和主机
+python server.py --host localhost --port 50002
+
+# 启用调试日志
+python server.py --log-level DEBUG
+
+# stdio模式 (用于MCP客户端)
+MCP_TRANSPORT=stdio python server.py
+```
+
+## 可用工具函数
+
+### 1. read_nmr_data
+读取NMR数据文件
+
+**参数:**
+- `file_path` (str): NMR数据文件路径
+- `data_format` (str): 数据格式，可选值："auto", "bruker", "varian", "pipe", "sparky"
+
+**返回:**
+包含数据ID、格式信息、数据形状等的字典
+
+### 2. write_nmr_data
+写入NMR数据到文件
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `output_path` (str): 输出文件路径
+- `output_format` (str): 输出格式，可选值："pipe", "bruker", "varian", "sparky"
+
+### 3. get_spectrum_info
+获取NMR谱图的详细信息
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+
+**返回:**
+包含维度、数据类型、统计信息等的详细信息
+
+### 4. phase_correction
+对NMR数据进行相位校正
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `p0` (float): 零阶相位校正 (度)
+- `p1` (float): 一阶相位校正 (度)
+- `pivot` (int, 可选): 一阶相位校正的支点位置
+
+### 5. baseline_correction
+对NMR数据进行基线校正
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `method` (str): 基线校正方法，目前支持"polynomial"
+- `order` (int): 多项式阶数
+
+### 6. apply_apodization
+对NMR数据应用窗函数
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `function` (str): 窗函数类型，可选值："exponential", "gaussian", "sine_bell"
+- `lb` (float): 线宽参数 (Hz)
+
+### 7. peak_picking
+在NMR谱图中进行峰识别
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `threshold` (float): 峰识别阈值 (相对于最大值的比例)
+- `min_distance` (int): 峰之间的最小距离
+
+**返回:**
+包含峰位置和强度信息的列表
+
+### 8. plot_spectrum
+绘制NMR谱图
+
+**参数:**
+- `data_id` (str): 数据ID
+- `x_range` (list, 可选): X轴范围 [min, max]
+- `y_range` (list, 可选): Y轴范围 [min, max]
+
+**返回:**
+包含base64编码图像的字典
+
+## 使用示例
+
+### 基本工作流程
+
+1. **读取NMR数据**
+```python
+# 自动检测格式
+result = read_nmr_data("/path/to/nmr/data", "auto")
+data_id = result["data_id"]
+```
+
+2. **查看数据信息**
+```python
+info = get_spectrum_info(data_id)
+print(f"数据维度: {info['dimensions']}")
+print(f"数据形状: {info['shape']}")
+```
+
+3. **数据处理**
+```python
+# 应用指数窗函数
+apply_apodization(data_id, "exponential", lb=2.0)
+
+# 相位校正
+phase_correction(data_id, p0=45.0, p1=0.0)
+
+# 基线校正
+baseline_correction(data_id, "polynomial", order=3)
+```
+
+4. **谱图分析**
+```python
+# 峰识别
+peaks = peak_picking(data_id, threshold=0.1, min_distance=10)
+print(f"识别到 {peaks['num_peaks']} 个峰")
+```
+
+5. **可视化**
+```python
+# 生成谱图
+plot_result = plot_spectrum(data_id)
+image_data = plot_result["image_base64"]
+```
+
+6. **保存结果**
+```python
+# 保存处理后的数据
+write_nmr_data(data_id, "/path/to/output.ft", "pipe")
+```
+
+## 支持的数据格式
+
+### 输入格式
+- **Bruker**: TopSpin格式的目录结构
+- **Varian**: VnmrJ格式的数据文件
+- **NMRPipe**: .ft, .fid等格式
+- **Sparky**: .ucsf格式
+
+### 输出格式
+- **NMRPipe**: 标准的.ft格式
+- **Bruker**: TopSpin兼容格式
+- **Varian**: VnmrJ兼容格式
+- **Sparky**: .ucsf格式
+
+## 技术特性
+
+- **内存效率**: 使用数据缓存机制，避免重复加载大型数据集
+- **错误处理**: 完善的异常处理和错误信息反馈
+- **类型安全**: 完整的类型注解支持
+- **可扩展性**: 模块化设计，易于添加新功能
+
+## 依赖库
+
+- `nmrglue`: NMR数据处理核心库
+- `numpy`: 数值计算
+- `matplotlib`: 图形绘制
+- `fastmcp`: MCP服务器框架
+
+## 注意事项
+
+1. **数据格式**: 确保输入数据格式正确，建议使用"auto"模式进行自动检测
+2. **内存使用**: 大型数据集可能占用较多内存，建议及时清理不需要的数据
+3. **文件路径**: 使用绝对路径以避免路径相关问题
+4. **相位校正**: 仅适用于复数数据，实数数据会返回错误
+
+## 故障排除
+
+### 常见问题
+
+1. **ImportError: nmrglue库未安装**
+   ```bash
+   pip install nmrglue
+   ```
+
+2. **文件读取失败**
+   - 检查文件路径是否正确
+   - 确认数据格式是否支持
+   - 尝试使用"auto"格式进行自动检测
+
+3. **内存不足**
+   - 处理大型数据集时，考虑分批处理
+   - 及时清理不需要的数据缓存
+
+4. **图像生成失败**
+   - 确保matplotlib后端配置正确
+   - 检查数据是否包含有效的数值
+
+## 开发信息
+
+- **版本**: 0.1.0
+- **作者**: @jiaodu1307
+- **分类**: 化学
+- **传输方式**: SSE, stdio
+
+## 相关资源
+
+- [nmrglue官方文档](https://nmrglue.readthedocs.io/)
+- [AI4S-agent-tools项目](https://github.com/deepmodeling/AI4S-agent-tools)
+- [MCP协议文档](https://modelcontextprotocol.io/)

servers/nmrglue/metadata.json

@@ -0,0 +1,8 @@
+{
+    "name": "NMRglue Toolkit",
+    "description": "NMR data processing and analysis toolkit using nmrglue library for reading, processing, and visualizing NMR spectroscopy data",
+    "author": "@jiaodu1307",
+    "category": "chemistry",
+    "transport": ["sse", "stdio"],
+    "tools": ["read_nmr_data", "write_nmr_data", "phase_correction", "baseline_correction", "peak_picking", "plot_spectrum", "get_spectrum_info", "apply_apodization"]
+}

servers/nmrglue/pyproject.toml

@@ -0,0 +1,21 @@
+[project]
+name = "nmrglue-mcp-server"
+version = "0.1.0"
+description = "NMR data processing and analysis tool using nmrglue library"
+requires-python = ">=3.10"
+dependencies = [
+    "mcp",
+    "fastmcp",
+    "numpy",
+    "scipy",
+    "nmrglue",
+    "matplotlib",
+    "pytest>=8.4.1",
+]
+
+[project.scripts]
+nmrglue-mcp = "server:main"
+
+[build-system]
+requires = ["setuptools>=61.0"]
+build-backend = "setuptools.build_meta"