Análisis de expresión diferencial: "Transcriptional and Chromatin Dynamics of Muscle Regeneration after Severe Trauma"

Análisis de expresión diferencial utilizando datos del estudio: Transcriptional and Chromatin Dynamics of Muscle Regeneration after Severe Trauma, obtenidos desde recount3.

Contents

• Code:

  • Analisis_expresion_diferencial.R: Código con el cual se llevó a cabo el analisis de expresión diferencial.
  • Explorando_proyectosRecountR: Código en el que se exploraron los proyectos disponibles en recount3

• Reports

  • Associated_paper: Transcriptional and Chromatin Dynamics of Muscle Regeneration after Severe Trauma
  • Bitacora: Bitacora asociada al codigo que se encuentra en Proyecto_bioinformatica/Code/Analisis_expresion_diferencial.R, unicamente con el proposito de organizar y tener mas control sobre los pasos del proyecto.
  • Report_results.md: Reporte de análsisi de los resultados en formato .md
  • Experimental-data_illustration: Ilustación de los datos para el análisis de expresión diferencial.

• Plots

  • Heatmap.png: heatmap de los 50 genes mas significativos diferencialmente expresados.
  • ExploreModelMatrix.png: Output resultante de Explore Model matrix para el modelo estadistico.
  • Histogram_rse_gene_SRP118914$assigned_gene_prop: Histograma de expresion de genes en estados early y middle
  • Boxplot_early-middle-stage_gene-prop.png: Boxplot de expresión para condiciones early y middle.
  • MDS_plot: Gráfica MDS.
  • Top_10genes_couts: Grafica de barras que muestra la expresión del top 10 de genes mas significativos en contraste con el tiempo en el que fueron tomadas las muestras.
  • Volcano_plot: Volcano plot de los genes diferencialmente expresados.
  • Mean_variance

Sources

Este proyecto se realizó siguiendo el protocolo del Dr. Leonardo Collado Torres disponible en github.

• Collado-Torres L (2023). Explore and download data from the recount3 project. doi: 10.18129/B9.bioc.recount3, https://github.com/LieberInstitute/recount3 - R package version 1.8.0, http://www.bioconductor.org/packages/recount3.
• Wilks C, Zheng SC, Chen FY, Charles R, Solomon B, Ling JP, Imada EL, Zhang D, Joseph L, Leek JT, Jaffe AE, Nellore A, Collado-Torres L, Hansen KD, Langmead B (2021). “recount3: summaries and queries for large-scale RNA-seq expression and splicing.” Genome Biol. doi: 10.1186/s13059-021-02533-6, https://doi.org/10.1186/s13059-021-02533-6.
• Aguilar, C. A., Pop, R., Shcherbina, A., Watts, A., Matheny, R. W., Cacchiarelli, D., ... & Meissner, A. (2016). Transcriptional and chromatin dynamics of muscle regeneration after severe trauma. Stem cell reports, 7(5), 983-997.

Los datos utilizados para el analisis de expresión diferencial en el presente proyecto no me pertenecen, fueron obtenidos desde recount3.

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