Bps_to_omop tool

Una herramienta desarrollada para el Plan Complementario de Biotecnología aplicada a la Salud.

Dentro de la Línea 1: Desarrollo de herramientas para diagnóstico, pronóstico y terapias avanzadas o dirigidas en medicina personalizada.

El objetivo de la línea de actuación 1 consiste en la armonización de las bases de bio-datos (desde historias médicas, a datos biométricos, datos ómicos, etc.) para poder utilizar todo el poder del Big Data y de la IA no solo dentro de la CA de Andalucía sino en colaboración con otras CCAA que estén trabajando o vayan a trabajar en el proyecto BAS.

La línea de actuación LA1.1. Desarrollo de una pasarela que transforme los datos clínicos (diagnósticos, tratamientos, analíticas, uso del sistema de salud, etc.) en modelo OMOP para su interoperabilidad en proyectos federados con otras CCAA.

Como consecuencia se desarrolla bps_to_omop con las siguientes características:

• Servicios que se ofertan: Una aplicación operativa que permite transformar los datos clínicos del sistema andaluz (BPS) a formato OMOP, un estándar internacional. Están cubiertos datos sociodemográficos, visitas clínicas, diagnósticos, síntomas, pruebas analíticas y periodo de observación.
• A quien van dirigidos: Investigadores que necesiten usar datos clínicos estructurados y homologables, tanto para estudios retrospectivos dentro de Andalucía como en redes nacionales/internacionales.
• Qué supondrá a nivel de cambio de paradigma a escala regional: La disponibilidad de datos clínicos en formato OMOP (un estándar internacional reconocido) permite a Andalucía integrarse directamente en redes federadas de investigación como OmicSpace o IMPaCT de datos, evitando costosas fases de preparación de datos. Esto coloca a la región en una posición competitiva para participar en proyectos internacionales como DARWIN. -Aplicaciones: Participación en el proyecto OmicSpace, en el que participamos como un nodo federado, la parte de conversión a OMOP la permite bps_to_omop. En el proyecto IMPaCT de ciencia de datos, que co-lideramos junto con el BSC, la homogeneización de los datos está en la base de su federación. También abre la posibilidad a Andalucía a participar en iniciativas internacionales a gran escala, como el proyecto [DARWIN](https://www.darwin-eu.org/.

⚙️ Configuración e instalación

Nota: Este proyecto se encuentra actualmente en desarrollo activo. Los usuarios deben anticipar actualizaciones y cambios frecuentes.

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El repositorio incluye un archivo pyproject.toml y pixi.lock que gestionan el entorno. Es necesario tener la herramienta pixi instalada (se puede instalar ejecutando curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | bash).

Puedes encontrar más información sobre pixi aquí.

Pasos de configuración

1. Configurar el entorno. Para configurar el entorno, primero ejecutamos el makefile:

   make

2. Activar el entorno. Para activar el entorno en la shell:

   pixi shell

   • Esto es equivalente a ejecutar conda activate .venv.
   • Para salir del entorno, simplemente escribe exit.

3. Ejecutar comandos sin entrar al entorno Para ejecutar un comando sin necesidad de activar el entorno:

   pixi run <insert-your-commands-here>

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