Improve README with bilingual docs and logo

README.md

@@ -1,17 +1,23 @@
 <div align="center">
 
-# 🎓 PhD-Zero
+<img src="./assets/phd-zero-mark.svg" alt="PhD-Zero logo" width="112" />
+
+# PhD-Zero
 
 ### An Operating System for the Autonomous AI Scientist
 
 <p align="center">
+  <a href="./README_zh.md">简体中文</a> •
+  <a href="./README.md">English</a> •
   <a href="#-what-is-phd-zero">What is PhD-Zero?</a> •
   <a href="#-why-it-exists">Why it exists</a> •
   <a href="#-core-skill-stack">Skill Stack</a> •
   <a href="#-how-it-works">How it works</a> •
   <a href="#-quick-start">Quick Start</a> •
   <a href="#-roadmap">Roadmap</a> •
-  <a href="#-contributing">Contributing</a>
+  <a href="#-contributing">Contributing</a> •
+  <a href="#-acknowledgements">Acknowledgements</a> •
+  <a href="#-cite">Cite</a>
 </p>
 
 **Turn research workflows into reusable agent skills.**  
@@ -162,13 +168,16 @@ cd PhD-Zero
 
 ```bash
 find .agents/skills -mindepth 1 -maxdepth 1 -type d
+find .claude/skills -mindepth 1 -maxdepth 1 -type l
 ```
 
 ### 3. Connect your agent runtime
 
 * **Codex / Copilot-style agents** read workspace rules from `AGENTS.md`
 * **Claude Code** discovers the same capabilities through `.claude/skills/`
 
+If both commands in step 2 list the same skill names, the shared skill layer is wired correctly.
+
 ### 4. Start with a real research task
 
 Examples:
@@ -223,6 +232,21 @@ If you care about the future of **AI doing AI research**, this repo is for you.
 
 ---
 
+## 🙏 Acknowledgements
+
+PhD-Zero builds on the broader agent, tooling, and writing-assistance ecosystem.
+
+We especially want to acknowledge:
+
+- the contributors behind reusable coding-agent environments and workflow conventions
+- the open-source communities building skill systems for Codex, Claude Code, and adjacent agent runtimes
+- [blader/humanizer](https://github.com/blader/humanizer/tree/main), for practical text humanization patterns
+- [op7418/Humanizer-zh](https://github.com/op7418/Humanizer-zh), for Chinese-focused humanization references
+
+These projects are not dependencies of PhD-Zero, but they helped shape how we think about reusable agent behaviors and writing support.
+
+---
+
 ## 💡 Philosophy
 
 PhD-Zero is based on one belief:
@@ -237,6 +261,22 @@ That is the first step toward the autonomous AI scientist.
 
 ---
 
+## 📚 Cite
+
+If PhD-Zero is useful in your workflow or research, please cite:
+
+```bibtex
+@misc{phd_zero_github,
+  author       = {TenureAI Contributors},
+  title        = {PhD-Zero: An Operating System for the Autonomous AI Scientist},
+  year         = {2026},
+  howpublished = {\url{https://github.com/TenureAI/PhD-Zero}},
+  note         = {GitHub repository}
+}
+```
+
+---
+
 <div align="center">
 
 ### Built by <a href="https://github.com/TenureAI">TenureAI</a>

README_zh.md

@@ -0,0 +1,292 @@
+<div align="center">
+
+<img src="./assets/phd-zero-mark.svg" alt="PhD-Zero logo" width="112" />
+
+# PhD-Zero
+
+### 面向自主 AI Scientist 的研究操作系统
+
+<p align="center">
+  <a href="./README.md">English</a> •
+  <a href="./README_zh.md">简体中文</a> •
+  <a href="#-phd-zero-是什么">PhD-Zero 是什么</a> •
+  <a href="#-为什么要做它">为什么要做它</a> •
+  <a href="#-核心-skill-栈">Skill 栈</a> •
+  <a href="#-它是怎么工作的">工作方式</a> •
+  <a href="#-快速开始">快速开始</a> •
+  <a href="#-路线图">路线图</a> •
+  <a href="#-参与贡献">参与贡献</a> •
+  <a href="#-致谢">致谢</a> •
+  <a href="#-引用">引用</a>
+</p>
+
+**把研究流程沉淀成可复用的 agent skills。**  
+**从文献搜索、实验执行、记忆管理，到论文写作。**
+
+*为 Codex、Claude Code，以及未来的 Autonomous AI Researcher 而构建。*
+
+</div>
+
+---
+
+## 👁️ PhD-Zero 是什么？
+
+**PhD-Zero** 是一个面向 coding agents 的开源 **AI R&D 操作层**。
+
+它不把“研究”当成一次性 prompt，而是拆成一组结构化、可复用的 skills：
+
+- 规划任务
+- 搜索证据
+- 执行实验
+- 管理记忆
+- 在需要时请求人工审阅
+- 把结果整理成研究产物
+
+目标很明确：
+
+- **近期：** 做出一个能稳定处理有边界 R&D 任务的 **AI Research Intern**
+- **长期：** 做出一个能贯穿完整算法研发周期的 **Autonomous AI Scientist**
+
+一句话说，**PhD-Zero 是连接“原始模型能力”和“真实研究执行”的系统层。**
+
+---
+
+## 🔥 为什么要做它？
+
+今天的强模型已经能写代码、读论文、调试脚本。
+
+但它们普遍缺的是 **研究纪律**。
+
+真实的 AI 研发不只是“生成一个答案”，它还要求：
+
+- 分阶段执行
+- 基于证据推理
+- 跨步骤记忆
+- 受控实验
+- 对昂贵或高风险决策设置人工检查点
+
+PhD-Zero 就是为了补上这层结构。
+
+它帮助 agent 完成这些转变：
+
+- **从模糊想法走向可执行计划**
+- **从一次性 prompting 走向可复用 workflow**
+- **从幻觉式自信走向证据驱动输出**
+- **从孤立任务走向可积累研究记忆**
+
+---
+
+## 🛠️ 核心 Skill 栈
+
+PhD-Zero 把 AI research 拆成一组 agent 可以发现并调用的模块化 skills。
+
+| Skill | 在系统中的角色 | 类比的人类角色 |
+| --- | --- | --- |
+| `run-governor` | 控制阶段、执行纪律和 run 安全策略 | PI / 项目负责人 |
+| `research-workflow` | 非平凡研究任务的默认编排循环 | 研究经理 |
+| `research-plan` | 把开放目标变成具体计划、ablation 和研究设计 | 资深研究员 |
+| `deep-research` | 搜集外部证据、对比文献并综合结论 | 文献调研者 |
+| `experiment-execution` | 跑代码、定位失败并执行实验 | 研究工程师 |
+| `memory-manager` | 维护工作态与可复用记忆 | 工作记忆 + 长期记忆 |
+| `project-context` | 持久化项目运行上下文与约定 | 实验记录本 |
+| `human-checkpoint` | 升级处理高风险、高成本或高影响决策 | 导师 / 审稿人 |
+| `paper-writing` | 起草和修改论文与研究文档 | 科学写作者 |
+
+> **研究不是单一能力，而是一组能力的协同系统。**
+
+---
+
+## ⚙️ 它是怎么工作的？
+
+PhD-Zero 被设计成面向不同 coding agents 的 **共享 skill 层**。
+
+### 对 Codex / GitHub Copilot 风格 agent
+
+仓库级行为由 `AGENTS.md` 定义。
+
+### 对 Claude Code
+
+skills 通过 `.claude/skills/` 暴露。
+
+### 单一事实源
+
+真正的 skill 定义统一放在：
+
+```text
+.agents/skills/
+```
+
+这样同一个仓库就能为多种 agent runtime 提供同一套研究 workflow 逻辑。
+
+---
+
+## 📂 仓库结构
+
+```text
+.
+├── AGENTS.md                  # 工作区的全局行为规范
+├── REPO_CONVENTIONS.md        # 产物、日志与仓库卫生规则
+├── .agents/
+│   └── skills/                # 真实 skill 定义
+├── .claude/
+│   └── skills/                # Claude Code 的发现层
+├── .github/
+│   └── workflows/             # 仓库自动化
+├── assets/                    # README 和其他文档资源
+└── README.md
+```
+
+---
+
+## ✨ 它和其他仓库有什么不同？
+
+很多 “AI researcher” 仓库最后都会落到这几类之一：
+
+- benchmark
+- 论文列表
+- 单 agent demo
+- prompt 包
+
+PhD-Zero 的区别在于，它关注的是 **把研究真正操作化**。
+
+它不是只想让 agent “看起来聪明”，而是想让 agent **像一个研究系统一样工作**。
+
+这意味着：
+
+- 显式执行阶段
+- 受控的记忆使用
+- 证据优先的决策
+- 用可复用 skills 替代零散 prompt
+- 同时兼容多种 coding-agent 环境
+
+---
+
+## 🚀 快速开始
+
+### 1. 克隆仓库
+
+```bash
+git clone https://github.com/TenureAI/PhD-Zero.git
+cd PhD-Zero
+```
+
+### 2. 检查 skill 库
+
+```bash
+find .agents/skills -mindepth 1 -maxdepth 1 -type d
+find .claude/skills -mindepth 1 -maxdepth 1 -type l
+```
+
+如果这两条命令列出的 skill 名称一致，说明共享 skill 层是连通的。
+
+### 3. 连接你的 agent runtime
+
+- **Codex / Copilot 风格 agent** 从 `AGENTS.md` 读取工作区规则
+- **Claude Code** 通过 `.claude/skills/` 发现同一组能力
+
+### 4. 用一个真实研究任务开始
+
+例如：
+
+- 复现论文结果
+- 分析训练任务为什么失败
+- 设计 ablation 计划
+- 比较新项目方向里的多种方法
+- 根据实验结果起草研究报告
+
+---
+
+## 🧭 路线图
+
+PhD-Zero 是一个更大愿景的第一层。
+
+### Phase 1 — AI Research Intern
+
+- 有边界的文献调研
+- 实验规划
+- 代码执行与调试
+- 报告起草
+
+### Phase 2 — AI Research Collaborator
+
+- 跨项目可复用记忆
+- 更强的 project context 持久化
+- 更好的实验迭代循环
+- 更成熟的人在回路检查点
+
+### Phase 3 — Autonomous AI Scientist
+
+- 独立提出假设
+- 自主驱动实验
+- 长时程项目执行
+- 端到端算法研发
+
+---
+
+## 🤝 参与贡献
+
+我们正在公开构建它。
+
+你可以这样参与：
+
+1. 添加新的 agent skills
+2. 改进已有 workflow
+3. 贡献更好的 AI R&D 评测任务
+4. 在真实研究循环里使用 PhD-Zero，并反馈哪里失效
+
+如果你关心 **AI 做 AI 研究** 的未来，这个仓库就是给你的。
+
+---
+
+## 🙏 致谢
+
+PhD-Zero 的构建受到了更广泛的 agent、工具链和写作辅助生态启发。
+
+我们特别感谢：
+
+- 为 coding-agent 环境和 workflow 规范做出贡献的开源社区
+- 构建 Codex、Claude Code 及相关 agent runtime 技能系统的贡献者
+- [blader/humanizer](https://github.com/blader/humanizer/tree/main)，提供了实用的人类化文本改写思路
+- [op7418/Humanizer-zh](https://github.com/op7418/Humanizer-zh)，提供了面向中文的人类化写作参考
+
+这些项目并不是 PhD-Zero 的直接依赖，但它们影响了我们对“可复用 agent 行为”和“写作支持能力”的设计方式。
+
+---
+
+## 💡 理念
+
+PhD-Zero 建立在一个核心判断上：
+
+> **AI research 应该变成可编程的。**
+
+不只是更聪明的输出。
+不只是更好的 prompts。
+而是可复用、可检查、可演化的研究工作流。
+
+这是走向 autonomous AI scientist 的第一步。
+
+---
+
+## 📚 引用
+
+如果 PhD-Zero 对你的工作流或研究有帮助，可以这样引用：
+
+```bibtex
+@misc{phd_zero_github,
+  author       = {TenureAI Contributors},
+  title        = {PhD-Zero: An Operating System for the Autonomous AI Scientist},
+  year         = {2026},
+  howpublished = {\url{https://github.com/TenureAI/PhD-Zero}},
+  note         = {GitHub repository}
+}
+```
+
+---
+
+<div align="center">
+
+### Built by <a href="https://github.com/TenureAI">TenureAI</a>
+
+**Automating the grind. Scaling research.**
+
+</div>