Stage M1 : Comprendre pourquoi deux estimateurs de la taille efficace, le polymorphisme et le rapport Dn/Ds ne sont pas corrélés chez certains groupes d’animaux

Information

• Auteur : PECHEY Romain
• Tuteur : NABHOLZ Benoit
• Date : mars 2023 - juin 2023

Abstract

Afin de mesurer la taille efficace des populations, deux paramètres, le Dn/Ds et le polymorphisme, peuvent être utilisés. Ces deux paramètres sont censés être inversement corrélés ensemble. Toutefois dans les faits, ceci ne semble pas le cas chez les oiseaux et les papillons. Ce travail a pour objectif de tester la plausibilité d’une des hypothèses fréquemment avancées pour expliquer cette observation mettant en avant l’influence des fluctuations de Ne au cours du temps. Nous montrons, par des approches de simulation réalisée via le logiciel SLIM et en prenant les cycles glaciaires comme proxi des changements démographiques, que les fluctuations de Ne au cours du temps peuvent en effet expliquer de tels résultat à la condition que celles-ci soient d’ampleur (réduction d’effectif de 90% minimum). Ce travail pointe également les incertitudes qui planent sur certains paramètres essentiels à la compréhension de l’évolution à l’échelle génomique tels que les DFE ou les Ne anciens. Il est enfin, en dernière instance une preuve supplémentaire de l’importance de la dérive sur l’évolution des génomes.

Ce travail est une preuve supplémentaire de l’importance de la dérive dans l’évolution des génomes et le fait que celle-ci ne doit pas être négligée à une telle échelle sous peine de mal décoder l’information qu’ils contiennent

Liste des fichiers

• DnDs500C.txt : résultats rapport Dn/Ds
• polymorphisme : résultats polymorphisme
• simulation500C : première version du script SLIM
• simulation500T : dernière version du script SLIM
• Script_stageC : fichier R pour traiter les données
• Vrai_graphique : fichier R pour réaliser les graphiques