(in Polish)
Metody obrazowania powierzchni receptorów. Najważniejsze typy oddziaływania niekowalencyjnych. Analiza centrum aktywnego (kieszeni wiążącej), dopasowanie ligand-receptor, wpływ rozpuszczalnika.
-
Makromolekuły jako cel działania leku. Sposoby przygotowania receptora
-
Przegląd baz małych cząsteczek, metody przeszukiwania baz (2D, 3D).
-
Porównywanie cząsteczek – metody wyliczania podobieństwa, deskryptory molekularne, współczynnik podobieństwa i współczynnik odległości (Tanimoto, Dice)
-
Metody projektowania bibliotek (różnorodność),
-
Wybór „lekopodobnych cząsteczek”, reguła Lipińskiego, chemia kombinatoryczna.
-
Wykorzystanie baz cząstek chemicznych do dokowania (przegląd algorytmów i oprogramowania).
-
Projektowanie de-novo, automatyczne metody tworzenia cząsteczek.
-
Projektowanie na podstawie znanych związków bądź cech (farmakoforu), projektowanie analogów.
-
Ocena konformacji ligand-receptor, porównywanie energii wiązania. Metody oceny; macierz błędu, krzywe ROC oraz AUC oraz Współczynnik wzbogacenia (EF)
-
Uczenie maszynowe w projektowaniu leków, zastosowanie, trening i walidacja metod.