iDNA 1.5 by Khazov Vladislav

iDNA 1.5/iDNA.xcodeproj/project.xcworkspace/xcuserdata/hadush.xcuserdatad/WorkspaceSettings.xcsettings

@@ -0,0 +1,10 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
+<plist version="1.0">
+<dict>
+	<key>HasAskedToTakeAutomaticSnapshotBeforeSignificantChanges</key>
+	<true/>
+	<key>SnapshotAutomaticallyBeforeSignificantChanges</key>
+	<true/>
+</dict>
+</plist>

iDNA 1.5/iDNA.xcodeproj/xcuserdata/hadush.xcuserdatad/xcdebugger/Breakpoints.xcbkptlist

@@ -0,0 +1,59 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<Bucket
+   type = "1"
+   version = "1.0">
+   <FileBreakpoints>
+      <FileBreakpoint
+         shouldBeEnabled = "No"
+         ignoreCount = "0"
+         continueAfterRunningActions = "No"
+         filePath = "iDNA/HVSPopulationOfDna.m"
+         timestampString = "381583265.58348"
+         startingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         endingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         startingLineNumber = "112"
+         endingLineNumber = "112"
+         landmarkName = "-evolution"
+         landmarkType = "5">
+      </FileBreakpoint>
+      <FileBreakpoint
+         shouldBeEnabled = "No"
+         ignoreCount = "0"
+         continueAfterRunningActions = "No"
+         filePath = "iDNA/HVSPopulationOfDna.m"
+         timestampString = "381583265.58348"
+         startingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         endingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         startingLineNumber = "132"
+         endingLineNumber = "132"
+         landmarkName = "-evolution"
+         landmarkType = "5">
+      </FileBreakpoint>
+      <FileBreakpoint
+         shouldBeEnabled = "No"
+         ignoreCount = "0"
+         continueAfterRunningActions = "No"
+         filePath = "iDNA/HVSDocument.m"
+         timestampString = "381608092.279412"
+         startingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         endingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         startingLineNumber = "173"
+         endingLineNumber = "173"
+         landmarkName = "-buttonStart:"
+         landmarkType = "5">
+      </FileBreakpoint>
+      <FileBreakpoint
+         shouldBeEnabled = "No"
+         ignoreCount = "0"
+         continueAfterRunningActions = "No"
+         filePath = "iDNA/HVSDocument.m"
+         timestampString = "381608092.279412"
+         startingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         endingColumnNumber = "9223372036854775807"
+         startingLineNumber = "231"
+         endingLineNumber = "231"
+         landmarkName = "-buttonLoad:"
+         landmarkType = "5">
+      </FileBreakpoint>
+   </FileBreakpoints>
+</Bucket>

iDNA 1.5/iDNA.xcodeproj/xcuserdata/hadush.xcuserdatad/xcschemes/iDNA.xcscheme

@@ -0,0 +1,86 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<Scheme
+   LastUpgradeVersion = "0450"
+   version = "1.3">
+   <BuildAction
+      parallelizeBuildables = "YES"
+      buildImplicitDependencies = "YES">
+      <BuildActionEntries>
+         <BuildActionEntry
+            buildForTesting = "YES"
+            buildForRunning = "YES"
+            buildForProfiling = "YES"
+            buildForArchiving = "YES"
+            buildForAnalyzing = "YES">
+            <BuildableReference
+               BuildableIdentifier = "primary"
+               BlueprintIdentifier = "2EEBA3FF16875CA5004EC063"
+               BuildableName = "iDNA.app"
+               BlueprintName = "iDNA"
+               ReferencedContainer = "container:iDNA.xcodeproj">
+            </BuildableReference>
+         </BuildActionEntry>
+      </BuildActionEntries>
+   </BuildAction>
+   <TestAction
+      selectedDebuggerIdentifier = "Xcode.DebuggerFoundation.Debugger.LLDB"
+      selectedLauncherIdentifier = "Xcode.DebuggerFoundation.Launcher.LLDB"
+      shouldUseLaunchSchemeArgsEnv = "YES"
+      buildConfiguration = "Debug">
+      <Testables>
+      </Testables>
+      <MacroExpansion>
+         <BuildableReference
+            BuildableIdentifier = "primary"
+            BlueprintIdentifier = "2EEBA3FF16875CA5004EC063"
+            BuildableName = "iDNA.app"
+            BlueprintName = "iDNA"
+            ReferencedContainer = "container:iDNA.xcodeproj">
+         </BuildableReference>
+      </MacroExpansion>
+   </TestAction>
+   <LaunchAction
+      selectedDebuggerIdentifier = "Xcode.DebuggerFoundation.Debugger.LLDB"
+      selectedLauncherIdentifier = "Xcode.DebuggerFoundation.Launcher.LLDB"
+      launchStyle = "0"
+      useCustomWorkingDirectory = "NO"
+      buildConfiguration = "Debug"
+      ignoresPersistentStateOnLaunch = "NO"
+      debugDocumentVersioning = "YES"
+      allowLocationSimulation = "YES">
+      <BuildableProductRunnable>
+         <BuildableReference
+            BuildableIdentifier = "primary"
+            BlueprintIdentifier = "2EEBA3FF16875CA5004EC063"
+            BuildableName = "iDNA.app"
+            BlueprintName = "iDNA"
+            ReferencedContainer = "container:iDNA.xcodeproj">
+         </BuildableReference>
+      </BuildableProductRunnable>
+      <AdditionalOptions>
+      </AdditionalOptions>
+   </LaunchAction>
+   <ProfileAction
+      shouldUseLaunchSchemeArgsEnv = "YES"
+      savedToolIdentifier = ""
+      useCustomWorkingDirectory = "NO"
+      buildConfiguration = "Release"
+      debugDocumentVersioning = "YES">
+      <BuildableProductRunnable>
+         <BuildableReference
+            BuildableIdentifier = "primary"
+            BlueprintIdentifier = "2EEBA3FF16875CA5004EC063"
+            BuildableName = "iDNA.app"
+            BlueprintName = "iDNA"
+            ReferencedContainer = "container:iDNA.xcodeproj">
+         </BuildableReference>
+      </BuildableProductRunnable>
+   </ProfileAction>
+   <AnalyzeAction
+      buildConfiguration = "Debug">
+   </AnalyzeAction>
+   <ArchiveAction
+      buildConfiguration = "Release"
+      revealArchiveInOrganizer = "YES">
+   </ArchiveAction>
+</Scheme>

iDNA 1.5/iDNA.xcodeproj/xcuserdata/hadush.xcuserdatad/xcschemes/xcschememanagement.plist

@@ -0,0 +1,22 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
+<plist version="1.0">
+<dict>
+	<key>SchemeUserState</key>
+	<dict>
+		<key>iDNA.xcscheme</key>
+		<dict>
+			<key>orderHint</key>
+			<integer>0</integer>
+		</dict>
+	</dict>
+	<key>SuppressBuildableAutocreation</key>
+	<dict>
+		<key>2EEBA3FF16875CA5004EC063</key>
+		<dict>
+			<key>primary</key>
+			<true/>
+		</dict>
+	</dict>
+</dict>
+</plist>

iDNA 1.5/iDNA/HVSCellDna.h

@@ -0,0 +1,29 @@
+//
+//  HVSCellDna.h
+//  iDNA
+//
+//  Created by VladIslav Khazov on 23.12.12.
+//  Copyright (c) 2012 VladIslav Khazov. All rights reserved.
+//
+
+#import <Foundation/Foundation.h>
+
+//размерность ДНК (Значение по умолчанию)
+#define sizeDNA 100 // НЕ задавать меньше 1 !
+
+@interface HVSCellDna : NSObject
+
+// Основной массив, создаем свойство с методами
+@property NSMutableArray *DNA;
+//Данное свойство будет хранить размер данной ДНК. (Можно было брать его из популяции, но мне кажется так будет доп. проверка передаваемых значений)
+@property int lengthDna;
+
+//Определяем функцию сравнения, входной параметр объект класса HVSСellDna
+-(int) hammingDistance: (HVSCellDna *) otherCell;
+//Мутация входящий параметр - %
+-(void) mutate:(int) i;
+//метод init
+-(id)init;
+//Свой метод init  с указанной размерностью ДНК.
+-(id)initWithLengthDna:(int) length;
+@end

iDNA 1.5/iDNA/HVSCellDna.m

@@ -0,0 +1,110 @@
+//
+//  HVSCellDna.m
+//  iDNA
+//
+//  Created by VladIslav Khazov on 23.12.12.
+//  Copyright (c) 2012 VladIslav Khazov. All rights reserved.
+//
+
+#import "HVSCellDna.h"
+
+@implementation HVSCellDna
+
+//Изменяем стандартный метод init
+- (id) init {
+    if (sizeDNA<1) {
+        NSAlert *myAlert = [NSAlert alertWithMessageText:NSLocalizedString(@"WARNING_DNA","ДНК не может быть меньше 1") defaultButton:NSLocalizedString(@"EXIT", "") alternateButton:nil otherButton:nil informativeTextWithFormat:@" "];
+        [myAlert runModal];
+        exit(0);
+    }
+    //вызов родительского метода
+    self = [super init];
+    if (self) {
+        //Создаем временный массив
+        NSArray *arrayCode = [NSArray arrayWithObjects:@"A", @"T", @"G", @"C", nil];
+        //Определяем размерность нашего массива
+        _DNA = [[NSMutableArray alloc] initWithCapacity:sizeDNA];
+        //Заполняем массив
+        for (int i=0; i<=sizeDNA-1; i++) {
+            //Добавляем объект в массив DNA, используя случайное число от 0 до 3, как индекс для массива arrayCode
+            [_DNA addObject:[arrayCode objectAtIndex:arc4random_uniform(4)]];
+        }
+    }
+    // Устанавливаем размерность данного ДНК.
+    [self setLengthDna:(int)sizeDNA];
+    return self;
+}
+
+-(id)initWithLengthDna:(int)length {
+    if (length<1 || length>100) {
+        NSAlert *myAlert = [NSAlert alertWithMessageText:NSLocalizedString(@"WARNING_DNA","ДНК не может быть меньше 1 и больше 100.") defaultButton:NSLocalizedString(@"EXIT", "") alternateButton:nil otherButton:nil informativeTextWithFormat:@" "];
+        [myAlert runModal];
+        exit(0);
+    }
+    //вызов родительского метода
+    self = [super init];
+    if (self) {
+        //Создаем временный массив
+        NSArray *arrayCode = [NSArray arrayWithObjects:@"A", @"T", @"G", @"C", nil];
+        //Определяем размерность нашего массива
+        _DNA = [[NSMutableArray alloc] initWithCapacity:length];
+        //Заполняем массив
+        for (int i=0; i<=length-1; i++) {
+            //Добавляем объект в массив DNA, используя случайное число от 0 до 3, как индекс для массива arrayCode
+            [_DNA addObject:[arrayCode objectAtIndex:arc4random_uniform(4)]];
+        }
+    }
+    // Устанавливаем размерность данного ДНК.
+    [self setLengthDna:(int)length];
+    return self;
+}
+
+-(int) hammingDistance: (HVSCellDna *) otherCell{
+    //Счетчик совпадений
+    int count = 0;
+    //Проверка размерности
+    if (_lengthDna != [otherCell lengthDna]) {
+        NSAlert *myAlert = [NSAlert alertWithMessageText:NSLocalizedString(@"WARNING_DNA_SIZE", "ДНК имеют разную размерность!") defaultButton:NSLocalizedString(@"OK", "") alternateButton:nil otherButton:nil informativeTextWithFormat:@" "];
+        [myAlert runModal];
+        return 0;
+    }
+    // [otherCell DNA] возвращает свойство второго HVSCellDna, Обращаемся к нему как к NSMutableArray
+    for(int i=0;i<=_lengthDna-1;i++){
+        //Проверяем на совпадение
+        if ([[otherCell DNA] objectAtIndex:i]!=[_DNA objectAtIndex:i]) {
+            count++;
+        }
+    }
+    return count;
+}
+
+-(void) mutate:(int) i{
+    if (i<1 || i>100) {
+        NSAlert *myAlert = [NSAlert alertWithMessageText:NSLocalizedString(@"WARNING_MUTATE","Указан не верный параметр 'Процента мутации'. Обе ДНК остались без изменений") defaultButton:NSLocalizedString(@"OK", "") alternateButton:nil otherButton:nil informativeTextWithFormat:@" "];
+        [myAlert runModal];
+        return;
+    }
+    // Количество элементов которые необходимо изменить в ДНК
+    int countMutator = _lengthDna*i/100;
+    //Создадим массив для хранения еще не мутировавших
+    NSMutableArray *arrayCheck = [[NSMutableArray alloc] initWithCapacity:_lengthDna];
+    for (int k=0; k<_lengthDna; k++) {
+        [arrayCheck addObject:[NSNumber numberWithInt:k]];
+    }
+    //Создаем временный массив видов ДНК
+    NSArray *arrayCode = [NSArray arrayWithObjects:@"A", @"T", @"G", @"C", nil];
+    // Переменная для случайного номера ДНК
+    int dnaIndex = 0;
+
+    //Цикл по нужному количество изменяемых элементов
+    for (int j=1; j<=countMutator; j++) {
+        //Генерим случайное число от 0 до количества еще не мутировавших элементов
+        dnaIndex = arc4random_uniform(_lengthDna-j+1);
+        //Меняем
+        [[self DNA] replaceObjectAtIndex:[[arrayCheck objectAtIndex:dnaIndex] intValue] withObject:[arrayCode objectAtIndex:arc4random_uniform(4)]];
+        // Удаляем мутировавший элемент из архива
+        [arrayCheck removeObjectAtIndex:dnaIndex];
+    }
+}
+
+@end

iDNA 1.5/iDNA/HVSDocument.h

@@ -0,0 +1,53 @@
+//
+//  HVSDocument.h
+//  iDNA
+//
+//  Created by VladIslav Khazov on 23.12.12.
+//  Copyright (c) 2012 VladIslav Khazov. All rights reserved.
+//
+
+#import <Cocoa/Cocoa.h>
+#import "HVSPopulationOfDna.h"
+#import "HVSGenerateWindowController.h"
+
+//Для получения сообщения из Центра уведомлений
+extern NSString *const HVSMyRandomNumberNotification;
+
+@interface HVSDocument : NSDocument {
+    //Определяем нашу популяцию
+    HVSPopulationOfDna *myPopulation;
+    //Флаг Паузы
+    BOOL flagPause;
+    //Окно генерации случайных чисел
+    HVSGenerateWindowController *generate;
+}
+//Свойста для работы с объектами на форме
+//Текстовые поля
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popTextSize;
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popTextLength;
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popTextRate;
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popTextGoalDna;
+//Слайдеры
+@property (weak) IBOutlet NSSlider *popSliderSize;
+@property (weak) IBOutlet NSSlider *popSliderLength;
+@property (weak) IBOutlet NSSlider *popSliderRate;
+//Лэйблы
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popLabelGeneration;
+@property (weak) IBOutlet NSTextField *popLabelMatch;
+//Индикатор
+@property (weak) IBOutlet NSLevelIndicator *popLevelMatch;
+//Кнопки
+@property (weak) IBOutlet NSButton *popButtonStart;
+@property (weak) IBOutlet NSButton *popButtonPause;
+@property (weak) IBOutlet NSButton *popButtonLoad;
+
+
+//Действия
+- (IBAction)buttonStart:(id)sender;
+- (IBAction)buttonStartNew:(id)sender; //Будет вызываться вместо buttonStart, для генерации слуайных чисел.
+- (IBAction)buttonPause:(id)sender;
+- (IBAction)buttonLoad:(id)sender;
+//Фоновый поток
+-(void)startBackgroundEvolution;
+
+@end