PivotMoves

Uživatelská dokumentace programu

Autor: Miloš Halda
Bakalářská práce
Repo na GitHubu
Stránky projektu (GitHub pages)
Programátorská dokumentace (javadoc).

Obsah:

PivotMoves

Účel programu

Tento program je určený pro testování potenciálových funkcí. Program využívá zjednodušený model proteinu (coarse-grained). Protein je zjednodušený na aminokyseliny reprezentované jako koule se středem v $C_\alpha$ uhlících a konstantním poloměrem. Jako návrh stavu je využito náhodné otočení části řetězce okolo pivota. K vyhodnocení návrhu stavu je použita metoda Monte Carlo. Program v současnosti využívá buďto Lennard-Jonesův potenciál jako funkci pro nevazebný potenciál, nebo si může uživatel zvolit vlastní typ potenciálu. Pro bending a dihedrální potenciál program využívá funkce získané pomocí Boltzmannovy inverze, nicméně přijme jakoukoli funkci v požadovaném formátu, viz sekce "Vstupní soubory". Program je také snadno uživatelsky přístupný pro člověka zvyklého pracovat s příkazovou řádkou a dostatečně jednoduchý, aby bylo možné jej dále vylepšovat a snadno upravovat. Program zaznamenává důležité údaje v simulaci a měří průměry a chyby u důležitých hodnot.

Popis základní struktury algoritmu simulace

Simulace probíhá ve 3 fázích, iniciace, běh a ukončení běhu.

Inicializace

Program přijme jako argumenty názvy simulací, (volitelně) cestu ke složce se vstupními soubory a (volitelně) cestu s výstupními soubory. Ze vstupního souboru načte parametry simulace:

parametry pro výpočet LJ potenciálu,
soubory s hodnotami bending a dihedrálního potenciálu,
FASTA sekvenci simulovaného proteinu,
počet cyklů simulace,
frekvenci zaznamenávání dat simulace,
a další, viz formát vstupního souboru.

Pomocí těchto veličin program vytvoří řetězec částic, který bude simulovat.

Běh

Program poté provede simulaci typu Pivot-Moves, což je postup kombinující přístup Monte-Carlo pro přijímání nových stavů a generování nových stavů pomocí pivotové transformace daného řetězce. Program provede zadaný počet cyklů, během kterých si ukládá důležité údaje ze simulace.

Výpočet potenciálu

Uživatel má možnost si zvolit hodnoty potenciálů pro jednotlivé hodnoty úhlů/vzdáleností jednotlivých reprezentací aminokyselin. Definovat hodnoty potenciálů je nezbytné pro bending a dihedrální potenciál. Nevazebný potenciál má 2 možnosti. Buďto je zvolena možnost jej spočítat pomocí Lennard-Jonesovy funkce, viz bakalářská práce, sekce 2.3.1, nebo je zvolena možnost definovat hodnoty potenciálu v tabulce, podobně jako bending a dihedrální. Více viz ve specifikaci vstupních souborů a v tutoriálu.

Ukončení běhu a postprocessing

Po provedení zadaného počtu cyklů program vyhodnotí relevantní průměry měřených veličin, zaznamená dobu běhu simulace a vypočítá errory. Vytvoří také výstupní (log) soubor s informacemi o simulaci.

Součásti programu

Program se skládá z 10 tříd. Z programátorského hlediska jsou popsány blíž v technické dokumentaci (v EN). Představím je proto jen stručně z hlediska jejich použití v rámci programu.

App
- hlavní třída s main, volá ostatní funkce,
- také jsou v ní uloženy některé metody pro zaznamenávání a postprocessing dat.
- obsahuje metodu ve které probíhá běh simulace (pivotMovesSimulation)
Ball
- objekty této třídy reprezentují částice v simulaci.
DataRange
- pomocná třída pro počítání errorů, reprezentuje úsek v datech.
MyWatches
- objekty této třídy slouží pro měření času běhu simulace.
MyWriter
- třída pro zapisování do souborů.
Physics
- velmi důležitá třída, která implementuje "fyzikální engine" celé simulace.
- obsahuje metody pro výpočet potenciálů, síly, tlaku, vzdáleností a další.
SimRunVars
- objekty této třídy slouží pro ukládání veličin důležitých pro konkrétní simulaci.
SimSpace
- objekt této třítdy reprezentuje simulační prostor se všemi jeho veličinami, vstupy a výstupy.
StepVars
- objekty této třídy slouží pro ukládání veličin důležitých pro každý konkrétní krok běhu simulace.

Další informace viz dokumentace programu (vygenerovaná pomocí javadoc).

Datové struktury

Prakticky všechna data jsou většinu času uložena v textových souborech, kam se průběžně zapisují. V souborech jsou vstupní soubory (přípona .json, v případě tabulky s epsilony a potenciály přípona .csv), nezpracovaná data simulace (.csv), souřadnice molekul během simulace (.xyz), průměry veličin (.avg.csv) a výstupní soubor (.log), který obsahuje důležité údaje ze vstupu i z výsledků simulace (průměry, chyby a simulační čas). Ze vstupu jsou data uložena do proměnných a poté také jako parametry třídy Ball a především do objektu SimSpace. Objekt třídy SimSpace (v kódu zpravidla pojmenovaný jako s) hraje během simulace centrální roli, protože obsahuje všechny důležité parametry aktuálního stavu simulace a pomocí něj jsou tyto hodnoty předávány i metodám. Program má za účel simulaci libovolného množství molekul jednoho typu, které jsou reprezentovány objekty třídy Ball, v simulačním prostoru. Objekty třídy Ball jsou uloženy v objektu třídy ArrayList nazvaný balls a jsou atributem objektu s třídy SimSpace.

Návod na použití

Vstupní soubory

Ke spuštění programu je kromě Javy potřeba mít připravený vstupní soubor s parametry simulace a dále soubory, které jsou v něm definované.

Umístění souboru a formát názvu

Vstupní soubor má název ve formátu [název simulace].json. Složka se vstupním souborem je buďto složka, kde běží program, nebo může být explicitně definována pomocí možností -i a --input. Celkově tedy vůči pracovnímu adresáři musí být na "path" ./[název vstupní složky][název simulace].json.

Formát vstupního souboru

Vstupní soubor je ve formátu JSON a všechny položky uvedené v následujícím příkladu jsou nezbytné pro běh programu.

Uvedený příklad je okomentovanou verzí vzorového vstupního souboru.

(Pro použití ukázky níže je potřeba nejprve smazat řádky, které začínají znakem # kvůli validitě formátu JSON.)

Název souboru: 32Gly.in

{ 
    # Typ simulace -- v této verzi programu je na výběr pouze jedna možnost.
    "TypeOfSimulation": "Pivot-ChainMoves",
    # Název matice pro AK specifické hodnoty `epsilon`:
    "SimulationMatrixFileName": "AZ-Tanaka.csv",
    # Název souboru s `FASTA` sekvencí simulovaného proteinu
    "FASTAFileName": "32Gly.fasta",
    # Poloměr kuliček. Nyní poloměr aminokyseliny:
    "BallDiameter": 5,
    # Počet cyklů simulace:
    "NumberOfCycles": 40000,
    # Počet cyklů pro ekvilibraci:
    "NumberOfSkippedCycles": 20000,
    Koeficient pro význam nevazebného potenciálu. Touto hodnotou je pronásobena hodnota nevazebného potenciálu během výpočtu potenciálu nového stavu. Jiné hodnoty než 1 jsou vhodné jen pro testování.
    "EpsilonForNon-BondingPotential": 1,
    # Parametr pro simulované žíhání. Počáteční teplota systému:
    "Temperature-Init": 500,
    # Parametr pro simulované žíhání. Hodnota teploty v posledním cyklu simulace. Hodnota teploty se mění v průběhu simulace lineárně.
    "Temperature-Final": 300,
    # Specifikovaný typ potenciálu, v současnosti jsou umožněny 2 možnosti:
    # 1. "lennardjones" -> program počítá Lennard Jonesovu funkci,
    # 2. "table" -> program využije tabulku s hodnotami potenciálů, která je specifikovaná v položce  "NonBondingPotentialTableName".
    "TypeOfNonBondingPotential": "lennardjones",
    # Pokud je v položce "TypeOfNonBondingPotential" hodnota "table", je nutné v této položce uvést název souboru s nevazebným potenciálem.
    "NonBondingPotentialTableName": null,
    # Název souboru s bending potenciálem:
    "BendingPotentialTableName": "bendingPotential.csv",
    # Název souboru s dihedrálním potenciálem:
    "DihedralPotentialTableName": "dihedralPotential.csv",
    # Rozsah ve kterém bude náhodně vybírán úhel pro otočení během návrhu nového stavu:
    "RotationRange": 0.5,
    # Délka vazby mezi aminokyselinami (vzdálenost $C_\alpha$-$C_\alpha$)
    "LengthOfBond": 3.81,
    # Frekvence zápisu souřadnic aminokyselin do `.xyz` souboru:
    "XYZFreq": 100,
    # Frakvence zápisu dat do `.csv` souboru:
    "DATAFreq": 100,
    # Konfigurace pro vytváření `tcl` skriptu. V případě hodnoty `true` bude stav proteinu v posledním cyklu ve VMD rovnou vyrenderován.
    "RenderTCL": false
}

Soubor s AK specifickými epsilony

Soubor pro epsilony specifickými pro jednotlivé kombinace aminokyselin (jeho název je specifikován ve vstupním JSON souboru v položce "SimulationMatrixFileName") má následující formát:

[řádek se značkami typů aminokyselin (musí se shodovat se značkami pro aminokyseliny v souboru `FASTA`)]
[Matice $N×N$, kde $N$ označuje počet aminokyselin na prvním řádku]
[Pozice v (i+1)-tém řádku a j-tém sloupci odpovídá kombinaci i-té a j-té aminokyseliny na prvním řádku]

Jednodušší ale bude nejspíš ukázat příklady reálně používaných souborů.

Pro jednoduchost nejprve matice $2×2$ pro tzv. HP model (rozlišuje se jen na hydrofóbní a hydrofilní aminokyseliny):

H,P
2,8
8,1

Během testování programu byla využita matice upravená z Tanaky 1976 (upravená tabulka III., více v Bakalářce). Protože se jedná o rozsáhlejší soubor, není zde vložena kvůli přehlednosti. Je možné ji najít ve vzorové složce pro vstupní soubory.

Hodnoty "epsilon" jsou při výpočtu nevazebného potenciálu zohledněny jen pokud je využita možnost výpočtu pomocí Lennard Jonesovy funkce. Při využití tabulky s předpočítanými hodnotami se "epsilon" nezohledňuje.

Soubory s potenciálovými funkcemi

Soubory specifikované ve vstupním JSON souboru jako položky
"BendingPotentialTableName" a "DihedralPotentialTableName" obsahují hodnoty potenciálů pro dané hodnoty úhlů.

Speciálním případem je nevazebný potenciál. Pokud je ve vstupním souboru v položce "TypeOfNonBondingPotential" zvolena možnost "lennardjones", program automaticky počítá s funkcí Lennard Jonesova potenciálu, jak byla specifikována v kapitole Běh. Pokud je zvolena možnost "table", je potřeba ještě specifikovat soubor pro hodnoty nevazebného potenciálu v položce "NonBondingPotentialTableName". V tutoriálu je ukázáno, jak tuto moznost využít.

Při vytváření těchto souborů je potřeba mít na paměti, že bending potenciál je definován v intervalu $[0,\pi]$ a dihedrální potenciál v intervalu $[-\pi,\pi]$. Více o tomto problému je možné najít v mojí bakalářské práci v příslušných sekcích kapitoly "2 Metody".

Samotné soubory mají následující formát:

phi,U
[hodnoty úhlu],[hodnoty potenciálu]

V sloupci "phi" jsou hodnoty úhlu a ve sloupci "U" jsou hodnoty potenciálu pro tyto úhly, hodnoty jsou oddělené , (protože se jedná o CSV soubory). Při simulaci je vždy vybrána hodnota potenciálu, jejíž úhel je nejblíže hodnotě úhlu v simulaci.

Pro ukázku uvedu prvních deset hodnot ze souboru dihedralPotential.csv, který byl použit při testování:

phi,U
-3.1060060391703654,-8.59711281459211
-3.070401971458418,-8.63817111796914
-3.0347979037464703,-8.722580021141189
-2.9991938360345225,-8.783855896643942
-2.963589768322575,-8.805824812903607
-2.9279857006106274,-8.86120833720818
-2.8923816328986796,-8.882946799288174
-2.856777565186732,-8.875287128108384
-2.8211734974747844,-8.851233902846035
-2.7855694297628366,-8.847503625923641

Soubor pro nevazebný potenciál má stejný formát, jen místo úhlu phi je v prvním sloupci uvedena hodnota vzdálenosti dvou kuliček (r [Å]).

Celé soubory LJPotential.csv, dihedralPotential.csv a bendingPotential.csv jsou ve vzorové složce vstupů (/input/vzory/).

Soubor s `FASTA` sekvencí simulovaného proteinu

Soubor FASTA (položka "FASTAFileName" ve vstupním JSON souboru) obsahuje vstupní sekvenci aminokyselin. Je potřeba zkontrolovat, aby všechny uvedené značky aminokyselin byly také v headeru tabulky pro AK specifické hodnoty epsilon.

Soubor má formát jako klasický FASTA soubor, jen není podstatný první řádek s informacemi o sekvenci:

[řádek s informacemi o sekvenci, důležité pro uživatele, program je ignoruje]
[sekvence aminokyselin]

Jako příklad uvedu soubor s 32 glyciny v sekvenci:

>polygly32
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG

či se všemi aminokyselinami:

>all-AKs
ARNDCQEGHILKMFPSTWYV

`XYZ` soubor pro možnost `--restore`

V případě, že je použita možnost --restore musí být ve vstupní složce i XYZ soubor, ze kterého budou "obnoveny" pozice aminokyselin v daném kroce simulace.

Cesta ke vstupnímu souboru se počítá od vstupní složky:

[vstupní složka][název souboru]

Tento soubor obsahuje pouze jeden "frame" (doporučená varianta), v případě, že obsahuje více "framů" bude vybrán automaticky ten první v souboru.

Počet aminokyselin pro strukturu v XYZ souboru se musí shodovat s počtem aminokyselin ve vstupní FASTA sekvenci.

Formát souboru vypadá takto:

[počet molekul (integer), musí se shodovat s počtem AK viz řádek 3 a další]
[informace o tom, ve kterém kroku byla daná konfigurace AK]
[3 a další řádky jsou aminokyseliny a jejich souřadnice.]
[Kód aminokyseliny] [souřadnice x] [souřadnice y] [souřadnice z]

Ukázkový restore soubor soubor je ve složce příkladů.

Spuštění programu

Obecně se program spustí příkazem:

java -jar molecularjava.jar [možnosti] [název simulace 1] [název simulace 2] ...

kde možnosti jsou tyto:

-i, --input # Explicitně daná složka se vstupními soubory.
-o, --output # Explicitně daná složka s výstupními soubory.
-h, --help # Odkáže na tento návod.
--restore [xyz soubor pro obnovení stavu simulace] # volitelný

Pro příklad vstupního souboru z předchozího odstavce by příkaz vypadal takto (příaz bude fungovat pouze pokud jsou připraveny vstupní soubory ve složce input/, je vytvořena složka data/ a jsme ve složce PivotMovesSimulation):

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/ -o data/ 32Gly

Každý 10000 krok program vypíše, v jakém cyklu právě je a na konci program vypíše Simulation [název zadané simulace] Was succesfull.. Tento výstup byl vložen kvůli lepší kontrole uživatele nad průběhem simulace. Výstup je samozřejmě možné přesměrovat do nulového výstupu:

Pro Linux:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/ -o data/ 32Gly > /dev/null

Pro Windows:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input\ -o data\ 32Gly > NULL

Výstupy

Výstupní soubory je pak možné najít ve složce, kde běží program, nebo ve složce, kterou jsme si explicitně definovali.

Jejich název je prakticky stejný jako název vstupního souboru jen s jinými příponami. Pro naší simulaci bychom našli tyto soubory:

[název simulace].avg.csv # Obsahuje průměry.
[název simulace].csv # Obsahuje data ze simulace.
[název simulace].log # Výstupní soubor.
[název simulace].xyz # Soubor souřadnic molekul v prostoru. Je možné je zobrazit např. v programu VMD.

Výsledky

Pro výsledky vizte kapitolu 5 Výsledky v bakalářské práci.

Zobrazení průběhu simulace ve VMD

Pro zobrazení simulace v programu VMD (Visual Molecular Dynamics) slouží simulací vygenerované soubory XYZ a TCL

Použijte příkaz ve tvaru:

vmd -f [výstupní složka][název simulace].xyz -e [výstupní složka][název simulace].tcl

Barvy kuliček odpovídají barevnému kódu jak je uveden v bakalářské práci v kapitole 3 Výsledky.

Pokud byla nastavena položka "RenderTCL" ve vstupním JSON souboru na true, VMD se zapne, vytvoří snapshot struktury a vypne se. Tomu je možné zabránit odstraněním příkazů, které následující po řádku

#RENDERING

Pro více informací je možné zadat vmd --help do příkazové řádky, nebo se podívat na stránky VMD.

Tutoriál

Pro lepší pochopení je možné si přímo program vyzkoušet. Tutoriál je připravený pro uživatele Linuxu, při splnění prerekvizit s malými modifikacemi (např. lomítko \ namísto /) tutoriál funguje také pro uživatele Windows, případně Mac OS.

Prerekvizity

stažené repository z GitHubu na počítač
instalovaná Java 8 nebo novější
instalované VMD (pro zobrazení hotového proteinu)

Spuštění simulace

Pokud jsme s příkazovou řádkou v hlavní složce projektu (PivotMovesSimulation), můžeme se podívat do složky input/vzory/ pomocí příkazu

ls -l input/vzory/

Zde jsou připravené vstupní soubory pro simulaci:

priklad.json
all-aks.fasta
bendingPotential.csv
dihedralPotential.csv
priklad-restore.xyz - ten využijeme až při další fázi tutoriálu.

a další soubory, které se mohou hodit např. při simulaci HP modelu.

Pro vyčištění složky data před tutoriálem je možné spustit příkaz

rm -ri data/* # možnost 'i' je přidána kvůli bezpečnosti příkazu...

Dále je potřeba vytvořit složku na výstupy programu, např. příkazem

mkdir data/priklad

Program se nyní spustí pomocí příkazu:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/vzory/ -o data/priklad/ priklad

Na výstupu se zobrazí postupně toto:

10000/40000 (25%)
20000/40000 (50%)
30000/40000 (75%)
40000/40000 (100%)
Simulation priklad: Was succesfull.

Nyní ve výstupní složce uvidíme

(např. pomocí příkazu)

ls -l data/priklad

vytvořené tyto soubory:

priklad.avg.csv
priklad.csv
priklad.log
priklad.tcl
priklad.xyz

Význam těchto souborů viz sekce Vstupní soubory.

Využítí možnosti `--restore`

Pro využítí možnosti obnovy určitého stavu simulace je potřeba nejprve vytvořit soubor priklad-retore.xyz, např. příkazem

touch input/vzory/priklad-restore.xyz # Tento příkaz je bezpečný a nijak nezmění obsah souboru, pokud již existuje.

Nyní do něj vložíme jeden kompletní frame ze souboru data/priklad/priklad.xyz. Od tohoto framu se bude simulovat. Funkční soubor jsem již vytvořil během psaní tohoto tutoriálu, takže můžete rovnou použít ten již existující.

Program bude po spuštění fungovat stejně jako při prvním běhu, jen pozor, aby se nám nesmazala data z prvního běhu, je potřeba výstup přesměrovat do jiné složky!

mkdir data/restore

Samozřejmě můžeme i upravit vstupní JSON soubor (např. nastavit jen doplňkový počet kroků). Nyní už můžeme program spustit:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/vzory/ -o data/restore/ --restore priklad-restore.xyz priklad

Output se při tomto běhu neliší od původního běhu.

Stejně tak i výstupní soubory zůstaly stejné.

Zobrazení ve VMD

Nyní můžeme výsledky naší simulace zobrazit. Toho dosáhneme buďto klikáním v grafickém interfacu VMD, nebo přímo z příkazové řádky:

vmd -f data/restore/priklad.xyz -e data/restore/priklad.tcl

Využití možnosti user-defined nevazebného potenciálu

Pokud nechceme počítat nevazebný potenciál přímo jako Lennard-Jonesův potenciál, je možné ve vstupním souboru definovat tabulku s hodnotami potenciálu.

Ve složce input/vzory je předpřipravený vstupní soubor priklad-LJ-tabulka.json, který s touto možností počítá.

V tomto souboru si všimněme změn ve 2 položkách oproti původnímu priklad.json:

    "TypeOfNonBondingPotential": "table",
    "NonBondingPotentialTableName": "LJPotential.csv",

V položce "NonBondingPotentialTableName" (v souboru LJPotential.csv) je definována tabulka s předpočítanými hodnotami nevazebného potenciálu. Pro tento příklad jsem zvolil Lennard Jonesův potenciál s cutoffem v hodnotách 4Å a 15Å. Uživatel si může samozřejmě tyto hodnoty upravit, jak potřebuje.

Spuštění programu proběhne stejně, jako v prvním případě:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/vzory/ -o data/priklad/ priklad-LJ-tabulka

Vidíme, že po doběhnutí simulace se vytvořili ve výstupní složce (data/priklad/) standardní výstupní soubory.

POZOR!
Při vytváření souboru s hodnotami nevazebného potenciálu je potřeba počítat s tím, že nebudou využity hodnoty AK-specifických epsilonů, jak jsou definované v jejich tabulce. Epsilon je standardně zvolen jako hodnota v položce "EpsilonForNon-BondingPotential" vstupního souboru.

Možné problémy!

(A jejich řešení. Zatím jen jeden, dělám sbírku.)

Chybějící `/` u vstupní/výstupní složky

Při použítí programu se vám může snadno stát to, co mě a zapomenete při spuštění simulace dát při možnosti vstupní/výstupní složky na konec znak /.

Takovýto chybný příkaz vypadá např. takto:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/vzory -o data/priklad/ priklad

Výstupem bude chybová hláška:

Exception in thread "main" java.io.FileNotFoundException: input/vzorypriklad.json (No such file or directory)
        at java.base/java.io.FileInputStream.open0(Native Method)
        at java.base/java.io.FileInputStream.open(FileInputStream.java:216)
        at java.base/java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:157)
        at java.base/java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:111)
        at java.base/java.io.FileReader.<init>(FileReader.java:60)
        at com.molecular_java.SimSpace.<init>(SimSpace.java:194)
        at com.molecular_java.App.main(App.java:545)

Pro opravení stačí lomítko přidat:

java -jar PMSimulation/PMSimulation.jar -i input/vzory/ -o data/priklad/ priklad

V případě, že v tomto README naleznete chybu mě prosím kontaktujte přes můj GitHub účet! Děkuji!

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 44 Commits
PMSimulation		PMSimulation
data		data
input		input
javadocs		javadocs
BakalarkaSimProgram.pdf		BakalarkaSimProgram.pdf
LICENSE		LICENSE
README.md		README.md

License

ForgoRew/PivotMoveSimulation

Folders and files

Latest commit

History

Repository files navigation

PivotMoves

Uživatelská dokumentace programu

Účel programu

Popis základní struktury algoritmu simulace

Inicializace

Běh

Výpočet potenciálu

Ukončení běhu a postprocessing

Součásti programu

Datové struktury

Návod na použití

Vstupní soubory

Umístění souboru a formát názvu

Formát vstupního souboru

Soubor s AK specifickými epsilony

Soubory s potenciálovými funkcemi

Soubor s FASTA sekvencí simulovaného proteinu

XYZ soubor pro možnost --restore

Spuštění programu

Výstupy

Výsledky

Zobrazení průběhu simulace ve VMD

Tutoriál

Prerekvizity

Spuštění simulace

Využítí možnosti --restore

Zobrazení ve VMD

Využití možnosti user-defined nevazebného potenciálu

Možné problémy!

Chybějící / u vstupní/výstupní složky

About

Topics

Resources

License

Uh oh!

Stars

Watchers

Forks

Releases 2

Packages 0

Uh oh!

Languages

Soubor s `FASTA` sekvencí simulovaného proteinu

`XYZ` soubor pro možnost `--restore`

Využítí možnosti `--restore`

Chybějící `/` u vstupní/výstupní složky

Packages