Database RamanDB() and vino integration

[dccote]

Context

I created a database RamanDB() that can be used to obtain the spectra with some constraints (color, 'raw' or 'corrected'). You must have the dcclab module (pip install dcclab).
The actual database is on cafeine and can be accessed remotely without problems (SSH tunnel, automatic, using account dcclab). It makes use of the module keyring that will store the password in the system keychain (install with pip install keyring) and sshtunnel (install with pip install sshtunnel). If the password is not found, it will tell you how to add it with a simple command.

Usage

# In the same directory as ramandb.py
from ramandb import RamanDB
db = RamanDB()
spectra, labels = db.getSpectraWithId(dataType='raw', color='white')
# spectra is a numpy array, labels are the column labels
correctedSpectra = db.subtractFluorescence(spectra, polynomialDegree=10)

With the basic functions of RamanDB(), it is possible to reconstruct the database from scratch if needed.

Caveats

The database has been patially integrated in vino.py, but it is not complete.
Many checks will be added to RamanDB and the MySQL database schema to maintain the coherence of the data.

[mirequem]

J'ai eu un problème en essayant testDatabase, ce n'était pas possible d'accéder au serveur avec la commande keyring set mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dcclab. J'ai dû ajouter manuellement cafeine2-ssh et mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dans mon "trousseau d'accès" (keychain).

[dccote]

J'ai eu un problème en essayant testDatabase, ce n'était pas possible d'accéder au serveur avec la commande keyring set mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dcclab. J'ai dû ajouter manuellement cafeine2-ssh et mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dans mon "trousseau d'accès" (keychain).

Je pense que j'ai trouvé: je me rappelle que ca se plaignait d'un "backend" absent. Peut-etre qu'il faut configurer directement pour dire que c'est macos. Par la ligne de commande, ca ne fonctionnait pas. Essaie ca:

keyring -b keyring.backends.OS_X.Keyring set "some-label" "some-tag"

[AntoineRousseau97]

J'ai eu les mêmes problèmes que mireille. Toutefois, en suivant ses démarches, ca ne fonctionne toujours pas pour moi... J'ai toujours le message suivant:
Skipped: Now in setUp
Set the password in the system password manager on the command line with:
python -m keyring set mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dcclab
You should update PyDCCLab with pip install dcclab to get the latest version.

[shooshoo1997]

J'ai l'impression que quelque chose ne fonctionne pas avec la fonction colormap. Le nombre de couleur sur nos graphiques dépasse le nombre de bouteilles. La fonction set() permettrait de simplement garder les 19 valeurs différentes mais les labels sont 0000-0001 etc.. Donc j'ai l'impression qu'on crée N couleurs différentes... J'ai testé une autre méthode et le couleurs semblaient fonctionner

Suggested change

	uniqueLabelsInOrder = sorted(set(self.labels))
	possibleColorsInOrder = range(len(uniqueLabelsInOrder))
	colors = {}
	for identifier, color in zip(uniqueLabelsInOrder, possibleColorsInOrder):
	colors[identifier] = color*5
	colormap = []
	for identifier in self.labels:
	colormap.append(colors[identifier])
	splitId = []
	for i in range(0, len(self.labels)):
	splitId.append(self.labels[i].split("-"))
	colormap = list(map(int, list(zip(*splitId))[0]))
	return np.array(colormap)

[shooshoo1997]

J'ai obtenue le même message que Antoine. Cependant en utilisant python -m keyring set mysql-cafeine2.crulrg.ulaval.ca dcclab et en entrant le mot de passe manuellement, mon problème était réglé. Le code roule pour moi mais il reste cependant une erreur (qui ne change pas les résultats) :

.2022-03-31 20:55:42,049| ERROR | Password is required for key /Users/Shooshoo/.ssh/id_rsa
Forwarding 127.0.0.1:52846 to dcclab@cafeine2.crulrg.ulaval.ca:3306 through SSH tunnel
You should update PyDCCLab with pip install dcclab to get the latest version.

Je ne sais pas où fournir ma clé et je ne sais pas non plus pourquoi est-ce que j'ai besoin de la donner.