Taichi Biophysics Simulation

Description

Un projet de simulation biophysique utilisant le framework Taichi pour des calculs haute performance en Python. Ce projet vise à modéliser des systèmes biologiques complexes avec une approche de calcul parallèle GPU/CPU.

Objectifs

• Simuler des interactions moléculaires en biophysique
• Implémenter des modèles de dynamique moléculaire
• Visualiser des systèmes biologiques complexes
• Optimiser les performances avec Taichi

Structure du Projet

TaichiBiophysics/
├── docs/                  # Documentation
├── src/                  # Code source
│   ├── core/             # Modules principaux
│   ├── models/           # Modèles biophysiques
│   ├── utils/            # Utilitaires
│   └── visualization/    # Visualisation
├── tests/                # Tests unitaires
├── examples/             # Exemples d'utilisation
├── requirements.txt      # Dépendances Python
└── README.md             # Ce fichier

Prérequis

• Python 3.8+
• Taichi (version récente)
• NumPy
• Matplotlib (pour la visualisation)

Installation

# Cloner le dépôt (à créer)
git clone https://github.com/votre-utilisateur/TaichiBiophysics.git
cd TaichiBiophysics

# Créer un environnement virtuel (recommandé)
python -m venv venv
source venv/bin/activate  # Linux/Mac
# ou venv\Scripts\activate sur Windows

# Installer les dépendances
pip install -r requirements.txt

Dépendances

Le fichier requirements.txt devrait contenir :

taichi
numpy
matplotlib

Exemples d'utilisation

Voir le dossier examples/ pour des démonstrations de :

• Simulation de particules
• Modélisation de membranes cellulaires
• Dynamique moléculaire basique

Contribution

Les contributions sont les bienvenues ! Veuillez ouvrir une issue pour discuter des changements majeurs avant de soumettre une pull request.

Licence

MIT License - voir le fichier LICENCE pour plus de détails.

Contact

Pour toute question, contactez : [votre email]