v0.5.3

English:

We are pleased to announce the release of version 0.5.3 of AISP!
This release includes bug fixes, code refactoring, and improvements to the docstrings.

Changes:

• Renaming of the attribute used by the clustering algorithms from self.classes to self.labels. The classes attribute will now be maintained as a deprecated property, redirecting to labels and issuing a deprecation warning to ensure backward compatibility.
• Correction of inconsistencies in metrics to maintain compatibility with SciPy. Adjustment to the implementations of cityblock and minkowski distances, removing undue normalization by the number of dimensions.
• Structural refactoring of the AIRS fit process, with improvements in internal organization and readability.
• Inclusion of additional data range validations in RNSA to increase robustness.
• Revision and standardization of docstrings, with the addition of executable examples in doctest format to facilitate understanding and use.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.5.3

Explore the AISP documentation for detailed information on the new features.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.5.3 do AISP!
Esta é uma versão inclui correções de bugs, refatoração de código e melhorias nas docstrings.

Alterações:

• Renomeação do atributo utilizado pelos algoritmos de clustering de self.classes para self.labels. O atributo classes passa a ser mantido como propriedade depreciada, redirecionando para labels e emitindo aviso de depreciação para garantir compatibilidade retroativa.
• Correção de inconsistências nas métricas para manter compatibilidade com SciPy. Ajuste nas implementações das distâncias cityblock e minkowski, removendo a normalização indevida pelo número de dimensões.
• Refatoração estrutural do processo de fit do AIRS, com melhorias na organização interna e legibilidade.
• Inclusão de validações adicionais de intervalo de dados no RNSA para aumentar a robustez.
• Revisão e padronização das docstrings, com adição de exemplos executáveis no formato doctest para facilitar o entendimento e uso.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.5.3

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre as novidades desta versão.

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What's Changed

• v0.5.3 by @Joao-Paulo-Silva in #52

Full Changelog: v0.5.2...v0.5.3

v0.5.2

English:

We are pleased to announce the release of version 0.5.2 of AISP!
This is release that fixes minor bugs and improves stability following the restructuring introduced in version 0.5.0.

Changes:

• Improved typing in relevant functions and methods.
• Inclusion of exceptions and more complete documentation in function docstrings.
• Implementation of exceptions for scenarios where untrained models have training-dependent functionalities triggered.
• Addition of the mutation_rate parameter to binary cell mutations in the clone_and_mutate_binary function.
• Updated documentation to reflect all recent changes.
• Adjustment of the rate_hypermutation parameter in the examples, ensuring that less fit individuals are subjected to higher mutation rates.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.5.2

Explore the AISP documentation for detailed information on the new features.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.5.2 do AISP!
Esta é uma versão de correção que resolve pequenos bugs e melhora a estabilidade após a reestruturação introduzida na 0.5.0.

Alterações:

• Aprimoramento da tipagem em funções e métodos relevantes.
• Inclusão de exceções e documentação mais completa nas docstrings das funções.
• Implementação de exceções para cenários em que modelos não treinados têm funcionalidades dependentes de treinamento acionadas.
• Adição do parâmetro mutation_rate às mutações de células binárias na função clone_and_mutate_binary.
• Atualização da documentação para refletir todas as alterações recentes.
• Ajuste do parâmetro rate_hypermutation nos exemplos, garantindo que indivíduos menos aptos sejam submetidos a taxas de mutação mais elevadas.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.5.2

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre as novidades desta versão.

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What's Changed

• v0.5.2 by @Joao-Paulo-Silva in #48

Full Changelog: v0.5.1...v0.5.2

v0.5.1

English:

We are pleased to announce the release of version 0.5.1 of AISP!
This is release that fixes minor bugs and improves stability following the restructuring introduced in version 0.5.0. It includes fixes in the immune module and documentation improvements.

Changes:

• Bug fixes in the immune module: the hyper_clonal_mutate function of the BCell class was not returning clones when feature_type was equal to "ranged-features".
• Adds the new _prepare_features function, separating responsibilities from the fit functions of AIRS and AiNet.
• Adds the _n_features attribute to ``BaseClassifier`, making it easier to identify the number of features in a sample.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.5.1

Explore the AISP documentation for detailed information on the new features.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.5.1 do AISP!
Esta é uma versão de correção que resolve pequenos bugs e melhora a estabilidade após a reestruturação introduzida na 0.5.0. Inclui correções no módulo immune e melhorias na documentação.

Alterações:

• Correções de bugs no módulo immune: a função hyper_clonal_mutate da classe BCell não retornava os clones quando feature_type era igual a "ranged-features".
• Adiciona a nova função _prepare_features, separando responsabilidades das funções fit do AIRS e do AiNet.
• Adiciona o atributo _n_features, em BaseClassifier facilitando a identificação da quantidade de características de uma amostra.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.5.1

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre as novidades desta versão.

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What's Changed

• General bug fixes throughout the package. by @Joao-Paulo-Silva in #45

Full Changelog: v0.5.0...v0.5.1

v0.5.0

English:

We are pleased to announce the release of version 0.5.0 of AISP!
This update introduces a refactored package architecture designed to provide a more modular, clean, and maintainable structure. Algorithms now operate directly on cell populations, enabling more coherent workflows.

Changes:

• Internal module restructuring for greater clarity and better separation of responsibilities.
• Implementation and adjustments of the Cell, BCell, Antibody, and Detector classes in a dedicated (immune) module.
• Removal of redundant and duplicate code.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.5.0

Explore the AISP documentation for detailed information on the new features.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.5.0 do AISP!
Esta atualização apresenta uma reestruturação completa da arquitetura do pacote, tornando mais modular, organizado e fácil de manter. Os algoritmos passam a operar diretamente com populações de células, garantindo maior consistência.

Alterações:

• Reestruturação interna do módulo para maior clareza e melhor separação de responsabilidades.
• Implementação e ajustes das classes Cell, BCell, Antibody, e Detector em um módulo dedicado (immune).
• Remoção de código redundante e duplicado.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.5.0

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre as novidades desta versão.

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What's Changed

• Modular architecture refactoring and feedback cell adjustments by @Joao-Paulo-Silva in #39

Full Changelog: v0.4.1...v0.5.0

v0.4.1

English:

We are pleased to announce the release of version 0.4.x of AISP!
This update introduces a new class, Clonalg, implementing the Clonal Selection Algorithm for optimization tasks.

Changes:

• Bug fix:
  Fixed a bug affecting probabilistic mutation logic. Mutated clones were not properly updating the clone_set (initialized with np.empty), which generated a set of invalid mutated clones in clone_and_mutate_continuous (line 61) and clone_and_mutate_ranged (line 158). Issue reported by @gianmarco-lorenti.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.4.1

Explore the AISP documentation for detailed information on how to use this new class.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.4.x do AISP!
Esta atualização introduz uma nova classe, Clonalg, que implementa o Clonal Selection Algorithm para tarefas de otimização.

Alterações:

• Correção de bug:
  Foi resolvido um bug de logica na mutação probabilística. Clones mutados não atualizavam corretamente o clone_set (inicializado com np.empty), o que gerava um conjunto de clones mutados inválidos em clone_and_mutate_continuous (linha 61) e clone_and_mutate_ranged (linha 158). Problema reportado por @gianmarco-lorenti.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.4.1

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre como usar esta nova classe.

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What's Changed

• Semantic error in mutation operator by @Joao-Paulo-Silva in #41

Full Changelog: v0.4.0...v0.4.1

v0.4.0

English:

We are pleased to announce the release of version 0.4.x of AISP!
This update introduces a new class, Clonalg, implementing the Clonal Selection Algorithm for optimization tasks.

Changes:

• New Class: Clonalg - Implementation of the Clonal Selection Algorithm for optimization.

  • Incorporates base classes for optimization algorithms.
  • Supports both maximization and minimization tasks.
  • Mutation functions updated: extended to accept mutation rates.

• Examples:

  • Added usage examples of Clonalg applied to the Knapsack problem, Traveling Salesman problem and Rastrigin function.

• Documentation improvements:

  • Markdown documentation for the new classes and methods updated.
  • Fixes to docstrings, better explanations in module docs.

References:

• Brabazon, Anthony; O’Neill, Michael; McGarraghy, Seán. Natural Computing Algorithms. Springer Berlin Heidelberg, 2015. DOI: 10.1007/978-3-662-43631-8
• Brownlee, Jason. Clonal Selection Algorithm. Clever Algorithms, 2011. Link

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.4.0

Explore the AISP documentation for detailed information on how to use this new class.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.4.x do AISP!
Esta atualização introduz uma nova classe, Clonalg, que implementa o Clonal Selection Algorithm para tarefas de otimização.

Alterações:

• Nova Classe: Clonalg - Implementação do algoritmo de Seleção Clonal para otimização.

  • Inclusão de classes base para algoritmos de otimização.
  • Suporte tanto para tarefas de maximização quanto de minimização.
  • Funções de mutação atualizadas: aceitando taxas de mutação.

• Exemplos:

  • Exemplos de uso de Clonalg aplicados a problemas como Knapsack, Caixeiro Viajante (TSP) e função Rastrigin.

• Documentação aprimorada:

  • Documentação em Markdown para as novas classes e métodos, atualizada.
  • Correções em docstrings, explicações mais claras nos módulos.

Referências:

• Brabazon, Anthony; O’Neill, Michael; McGarraghy, Seán. Natural Computing Algorithms. Springer Berlin Heidelberg, 2015. DOI: 10.1007/978-3-662-43631-8
• Brownlee, Jason. Clonal Selection Algorithm. Clever Algorithms, 2011. Link

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.4.0

Convidamos você a navegar na documentação do AISP para encontrar informações detalhadas sobre como usar esta nova classe.

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What's Changed

• Implement CLONALG (Clonal Selection Algorithm) by @Joao-Paulo-Silva in #36

Full Changelog: v0.3.21...v0.4.0

v0.3.21

English:

We are pleased to announce the release of version 0.3.x of AISP! This update adds a new module, INA (Immune Network Algorithm), and incorporates the AINET class, supporting data compression and clustering.

Changes:

• Bug fix: Fix incorrect mutations in clone_and_mutate_ranged function

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.3.21

We invite you to browse the AISP documentation where you can find detailed information on how to use these classes.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.3.x do AISP! Esta atualização adiciona um novo módulo, INA (Immune Network Algorithm), e incorpora a classe AINET, oferecer suporte à compressão e clusterização de dados.

Alterações:

• Correção de bug: Corrigir mutações incorretas na função clone_and_mutate_ranged

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.3.21

Convidamos você a navegar na documentação do AISP, onde você pode encontrar informações detalhadas sobre como usar essas classes.

What's Changed

• Adjusts cloning function by range and related notebooks by @Joao-Paulo-Silva in #37

Full Changelog: v0.3.2...v0.3.21

v0.3.2

English:

We are pleased to announce the release of version 0.3.x of AISP! This update adds a new module, INA (Immune Network Algorithm), and incorporates the AINET class, supporting data compression and clustering.

Changes:

• Updates documentation links in the project’s Markdown files to point to the new references.
• Optimizes imports across the package to improve code organization and readability.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.3.2

We invite you to browse the AISP documentation where you can find detailed information on how to use these classes.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.3.x do AISP! Esta atualização adiciona um novo módulo, INA (Immune Network Algorithm), e incorpora a classe AINET, oferecer suporte à compressão e clusterização de dados.

Alterações:

• Atualiza os links da documentação nos arquivos Markdown do projeto para apontar para as novas referências.
• Otimiza os imports no pacote para melhorar a organização e a legibilidade do código.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.3.2

Convidamos você a navegar na documentação do AISP, onde você pode encontrar informações detalhadas sobre como usar essas classes.

What's Changed

• Adjusting links in documentation and optimizing imports by @Joao-Paulo-Silva in #35

Full Changelog: v0.3.1...v0.3.2

v0.3.1

English:

We are pleased to announce the release of version 0.3.x of AISP! This update adds a new module, INA (Immune Network Algorithm), and incorporates the AINET class, supporting data compression and clustering.

Changes:

• Fix the KNN implementation in the RNSA algorithm and improve the package documentation.

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.3.1

We invite you to browse the AISP documentation where you can find detailed information on how to use these classes.

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Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.3.x do AISP! Esta atualização adiciona um novo módulo, INA (Immune Network Algorithm), e incorpora a classe AINET, oferecer suporte à compressão e clusterização de dados.

Alterações:

• Corrigir a implementação do KNN no algoritmo RNSA e aprimorar a documentação do pacote.

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.3.1

Convidamos você a navegar na documentação do AISP, onde você pode encontrar informações detalhadas sobre como usar essas classes.

What's Changed

• Corrections in RNSA KNN and typing (annotations) by @Joao-Paulo-Silva in #34

Full Changelog: v0.3.0...v0.3.1

v0.3.0

English:

We are pleased to announce the release of version 0.3.0 of AISP! This update adds a new module, INA (Immune Network Algorithm), and incorporates the AINET class, supporting data compression and clustering.

Changes:

• New Module: INA (Immune Network Algorithm)
• New Class: AINET, an implementation of the Artificial Immune Network algorithm for data compression and clustering.
  • Data compression inspired by biological immune system principles.
  • Data clustering using Minimum Spanning Tree (MST) based on distances, leveraging scipy.sparse.csgraph.minimum_spanning_tree.

References:

• De Castro, Leandro; José, Fernando; von Zuben, Antonio Augusto. (2001). aiNet: An Artificial Immune Network for Data Analysis. [ResearchGate link](https://www.researchgate.net/publication/228378350_aiNet_An_Artificial_Immune_Network_for_Data_Analysis)
• MST in SciPy: [Documentation](https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.sparse.csgraph.minimum_spanning_tree.html)

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📦 Installation

To install the latest version of the package:

pip install -U aisp

or

pip install aisp==0.3.0

We invite you to browse the AISP documentation where you can find detailed information on how to use these classes.

Português:

Temos o prazer de anunciar o lançamento da versão 0.3.0 do AISP! Esta atualização adiciona um novo módulo, INA (Immune Network Algorithm), e incorpora a classe AINET, oferecer suporte à compressão e clusterização de dados.

Alterações:

• Novo Módulo: INA (Immune Network Algorithm)
• Nova Classe: AINET, implementação do algoritmo Artificial Immune Network para compressão e agrupamento de dados.
  • Compressão de dados inspirada nos princípios do sistema imunológico biológico.
  • Agrupamento de dados usando Árvore Geradora Mínima (MST) baseada em distâncias, utilizando scipy.sparse.csgraph.minimum_spanning_tree.

Referências:

• De Castro, Leandro; José, Fernando; von Zuben, Antonio Augusto. (2001). aiNet: An Artificial Immune Network for Data Analysis. [ResearchGate link](https://www.researchgate.net/publication/228378350_aiNet_An_Artificial_Immune_Network_for_Data_Analysis)
• MST no SciPy: [Documentação](https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.sparse.csgraph.minimum_spanning_tree.html)

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📦 Instalação

Para instalar a versão mais recente do pacote:

pip install -U aisp

ou

pip install aisp==0.3.0

Convidamos você a navegar na documentação do AISP, onde você pode encontrar informações detalhadas sobre como usar essas classes.

What's Changed

• Implementation of the Artificial Immune Network for clustering (aiNet) by @Joao-Paulo-Silva in #29

Full Changelog: v0.2.1...v0.3.0