batch-molecular-docking

1 step

创建环境

conda env create -n env -f env.yml

2 step

解压vina和转移（直接上传vina会报错不能用）

解压vina

tar -zxvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

转移vina到当前目录

cp /root/autodl-tmp/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina /root/autodl-tmp

3 step

下载蛋白和小分子

mkdir -p protein ligand results

把小分子导入 ligand 文件夹，蛋白导入protein文件夹。（要求：3d结构。可以从uniprot、pbd下载蛋白，pubchem下载小分子。也可以用提供的脚本下载）

蛋白质的下载目录通过argument-parse写成命令行了，小分子的需要自己看懂代码使用。

cat > protein.txt #创建存储uniprot的文件。

下载蛋白的代码

python pdb.py --protein protein.txt --file protein

4 step

配置分子对接的环境

wget https://ccsb.scripps.edu/mgltools/download/495/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6p1.tar.gz

tar mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz

cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.6

sudo bash install.sh

#修改bashrc。安装完软件后会提示你需要将哪些内容添加到bashrc文件里，这里只展示我自己的。

vim ~/.bashrc

下面的粘贴进去

alias pmv='/root/autodl-tmp/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pmv'

alias adt='/root/autodl-tmp/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/adt'

alias vision='/root/autodl-tmp/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/vision'

alias pythonsh='/root/autodl-tmp/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pythonsh'

source ~/.bashrc

export PATH=/root/autodl-tmp/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH

开始批量分子对接

需要ligand和protein文件夹下存在对应的文件

bash vina.sh --protein_dir protein --ligand_dir ligand

output.csv 为十个构象中最低的那个整合在一起，results文件夹是对接的原始结果，包括十个对接函数打分和可视化所需要的文件。