Markdown(HTML以外)についてはdocumentProcessorを通じて原稿の前処理が可能ですが、HTMLについてはほとんど行うことができません。HTMLについてdocumentProcessorに相当するhtmlProcessorを新設し、内部処理をrehype/hastに書き換えることを提案します。
この対応は #661 が本来要望している機能を別の視点から解決します(組版時のJavaScript実行ではなく、静的な文書の変形をJavaScriptで定義する)。#98 についても、documentProcessorと総合して前半部分については解決するといえそうです。