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Logiciels développés par l'équipe

pytrombone

Une bibliothèque Python permettant de manipuler les fonctionnalités du logiciel Trombone via le langage Python.

Peatland Time Series

Une bibliothèque Python contenant des fonctions pour analyser la rétention d'eau dans une tourbe grâce à des données de séries temporelles de précipitations et de niveaux d'eau.

Peatland Dashboard

Un tableau de bord qui permet à un utilisateur d'exploiter les fonctionnalités de la bibliothèque Python peatland-time-series via une interface graphique.

MicaDOI

MicaDOI permet l'extraction de métadonnées d'ensembles de données Mica et de générer un DOI par le biais de DataCite afin de rendre l'ensemble trouvable.

HOOPLAPy

HOOPLAPy est une implémentation en Python de la librairie HOOPLA, qui permet de simuler des inondations.

Crowd Science Framework

Un Framework Web, basé sur le populaire framework Web Django, qui permet de rapidement concevoir un site web dédié à un projet de science citoyenne.

Othello

Un outil permettant de transformer des données résultantes du logiciel d'optimisation M-MACBETH afin qu'elles soient chargeables dans un système d'information géographique (GIS).

SpectroMiner

Un outil facilitant l'interprétation des données résultantes d'analyses faites par un spectromètre de masse.

Logiciels auxquels l'équipe a contribué

Trombone

Trombone est un logiciel d'analyse de corpus. Les textes analysés peuvent être de format XML, HTML, PDF, texte libre, etc. Il permet l'obtention de différentes statistiques, telles que la fréquence des termes, la lisibilité, etc.

PyOrthanc

PyOrthanc est une bibliothèque Python qui permet de manipuler le serveur d'images médicales Orthanc via le langage Python.

Magic Castle

Modules Terraform pour répliquer un cluster Compute Canada dans le cloud.

Logiciels développés à l'Université Laval

Poutyne

Poutyne est un framework basé sur PyTorch qui permet d'éviter d'écrire du code commun afin que vous puissez vous concentrer sur l'optimisation de vos réseaux.

DEAP

DEAP est un framework de computation évolutive pour le prototypage et le test d'idées. Il cherche à rendre les algorithmes explicites et les structures de données transparentes.

MEF++

MEF++ est un logiciel de simulation numérique utilisant la méthode des éléments finis.

R-Omnix

R-Omix vise à être un portail pour le déploiement et l'accès à des applications interactives, basées sur le framework Web Shiny et déployable sur l'infrastructure HPC de Calcul Canada.

VEXOR

VEXOR est un environnement pour l'annotation fonctionnelle en R utilisable dans un browser. L'interface fournit un framework complet pour caractériser le rôle des variants à l'origine des signaux de susceptibilité dans les régions définies par GWAS.

Bio2RDF

Bio2RDF est un projet open-source qui utilise les technologies du Web sémantique pour créer et fournir un grand réseau de données liées pour les sciences de la vie.

rGADEM

rGADEM est un outil de découverte de motifs novo efficace pour des données de séquences génomiques. Il s'agit d'un package R open-source, basé sur le logiciel GADEM.

rTANDEM

Ce package interface l'algorithme d'identification des protéines tandem dans R.

ShinnyTandem

Ce package fournit une interface graphique pour rTANDEM.

Metagene

Ce package produit des graphiques de métagène pour comparer le comportement des protéines interagissant avec l'ADN à des groupes sélectionnés de gènes/caractéristiques.

Imetagene

Ce package fournit une interface utilisateur graphique au package metagene.

ENCODExplorer

Ce package permet à l'utilisateur d'accéder rapidement aux métadonnées des fichiers du projet ENCODE et de donner accès aux fonctions d'assistance pour interroger l'API REST ENCODE, télécharger les ensembles de données ENCODE et enregistrer la base de données au format SQLite.

similaRpeak

Ce package calcule des métriques qui attribuent un niveau de similitude entre les profils ChIP-Seq.

nucleoSim

Ce package peut générer une carte synthétique avec des lectures couvrant les régions nucléosomiques ainsi qu'une carte synthétique avec des lectures avant et arrière émulant un séquençage de nouvelle génération.

consensusSeekeR

Ce package compare les positions génomiques et les plages génomiques de plusieurs expériences pour extraire des régions communes.

RJMCMC

Positionnement des nucléosomes à l'échelle du génome dans R.

ShinySNP

Un package pour la visualisation des polymorphismes mononucléotidiques. Ce package fournit une interface utilisateur graphique hautement personnalisable qui permet la visualisation des polymorphismes mononucléotidiques (SNP).

methylInheritance

Analyse de permutation, basée sur un échantillonnage de Monte Carlo, pour tester l'hypothèse que le nombre d'éléments différentiellement méthylés conservés, entre plusieurs générations, est associé à un effet hérité d'un traitement et que l'effet stochastique peut être écarté.

LogiLab

LogiLab est un outil d’aide à la décision de niveau tactique qui permet de modéliser et d’optimiser les flux de produits et les plans de production d’un réseau de création de valeur qui possède des flux divergents.

SilviLab

SilviLab est un système d’aide à la décision et de planification stratégique en aménagement forestier.

Ray

Assemblages parallèles du génome pour le séquençage parallèle de l'ADN.

kover

Kover est une implémentation hors du cœur d'algorithmes d'apprentissage automatique basés sur des règles qui a été conçue pour la découverte de biomarqueurs génomiques. Il produit des modèles hautement interprétables, basés sur des k-mers, qui mettent explicitement en évidence les associations génotype-phénotype.

PAG

Plate-forme d'Analyses Génomiques de l'Université Laval.