こんにちは!
wareki gem 大変ありがたく使わせていただいております。
標記の件、和暦年のフォーマット文字列 %Jg では、1 など0埋めされていない文字列が返ってきたので、下記の感じで0埋める必要がありました。
require 'wareki'
d = Date.today
zero_padded_nen = "00#{d.strftime('%Jg')}"[-2..-1] # => "01"
デフォルト2桁で0埋めするようなフォーマット指定があると、なんとなくうれしいような気がしておりますが、いかがでしょうか?