[BUG] [data/mmcif/assembly] Unexpected chain deletion at Assembly

[jnooree]

Pre-flight checks

• I searched existing issues and didn't find a match.
• I can reproduce this on a clean environment (fresh venv).

Summary

mmcif_assembliesAssembly를 통해도 하나의 Assembly만 생성 + 필터링(e.g. remove_excluded_ligands, etc)을 거치지 않았음에도 "DCP" ligand에 대한 chain이 생성되지 않음.

Minimal reproducible example

PDB ID: 1PKK

Expected behavior

Unknown

Actual behavior / logs / stack trace

Unknown

Environment

Unknown

Additional context / screenshots

예상 원인?

_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.label_seq_id 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.pdbx_formal_charge 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num

HETATM 2921 O O2    . DCP F 3 .   ? 29.736 70.001  -10.191 1.00 72.66 ? 293 DCP B O2    1 
HETATM 2922 N N4    . DCP F 3 .   ? 29.790 72.705  -13.943 1.00 71.77 ? 293 DCP B N4    1 
HETATM 2923 C "C1'" . DCP F 3 .   ? 31.310 67.822  -11.454 1.00 74.23 ? 293 DCP B "C1'" 1 
HETATM 2924 C "C2'" . DCP F 3 .   ? 30.302 66.682  -11.686 1.00 74.49 ? 293 DCP B "C2'" 1 
HETATM 2925 C "C3'" . DCP F 3 .   ? 31.014 65.722  -12.625 1.00 74.94 ? 293 DCP B "C3'" 1

mmcif 파일에 label_atom_id 부분이 이상하게 저장되어 있음.
파싱하는 과정에서 에러가 발생하였고, 이에 따라 이 부분은 Assembly에 포함되지 않았을 것 같음.

25.08.01 추가

Nucleotide의 pentsose sugar에 있는 Atom들은 Amino acid와의 구별을 위해 label_atom_id 에서 " ' " 구분자를 사용하고 있다. 즉 Atom_ID는 이상한 것이 아닌것.
그렇다면 Header(HETATM)의 문제?

25.08.05 추가

mmcif_assemblies로 list[Assembly]를 생성하는 것이 아니라 _prepare_initial_assemblies로 Assembly를 생성하면 객체가 정상적으로 생성된다. 왜지?