ScholarFlow Project Structure
This document outlines the complete, 'perfect' structure for the ScholarFlow research platform, including core backend, frontend, infrastructure, and DevOps components.
Legend
📁 Directory (Blue)
📄 PHP File (Green)
⚛️ React/JSX File (Orange)
⚙️ Config/DevOps (Gray)
Full Directory Structure
📁 scholarflow/
│
├── 📁 app/
│ │
│ ├── 📁 Core/
│ │ ├── 📁 Bootstrap/
│ │ │ ├── 📄 RuntimeLoader.php
│ │ │ ├── 📄 EnvironmentLoader.php
│ │ │ └── 📄 ErrorHandler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Kernel/
│ │ │ ├── 📄 ApplicationKernel.php
│ │ │ ├── 📄 ServiceContainer.php
│ │ │ ├── 📄 ModuleLoader.php
│ │ │ ├── 📄 ConsoleKernel.php
│ │ │ └── 📄 WorkerKernel.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Http/
│ │ │ ├── 📄 Router.php
│ │ │ ├── 📄 Request.php
│ │ │ ├── 📄 Response.php
│ │ │ ├── 📄 Controller.php
│ │ │ ├── 📄 MiddlewarePipeline.php
│ │ │ ├── 📄 StreamingResponse.php
│ │ │ ├── 📄 SSEResponse.php
│ │ │ └── 📁 Middleware/
│ │ │ ├── 📄 AuthMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CSRFMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 RateLimitMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 TenantMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CORSMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 LoggingMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CompressionMiddleware.php
│ │ │ └── 📄 MaintenanceModeMiddleware.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Security/
│ │ │ ├── 📄 AuthManager.php
│ │ │ ├── 📄 CSRFProtection.php
│ │ │ ├── 📄 EncryptionManager.php
│ │ │ ├── 📄 TokenManager.php
│ │ │ ├── 📄 PasswordManager.php
│ │ │ ├── 📄 MFAManager.php
│ │ │ ├── 📄 PasskeyManager.php
│ │ │ ├── 📄 IPReputationChecker.php
│ │ │ ├── 📄 BruteForceProtector.php
│ │ │ ├── 📄 SSRFGuard.php
│ │ │ ├── 📄 ContentSecurityPolicy.php
│ │ │ ├── 📄 FileUploadSanitizer.php
│ │ │ ├── 📄 PromptInjectionGuard.php
│ │ │ └── 📄 APIKeyManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Session/
│ │ │ ├── 📄 SessionManager.php
│ │ │ ├── 📄 CookieHandler.php
│ │ │ └── 📁 SessionStore/
│ │ │ ├── 📄 RedisSessionStore.php
│ │ │ └── 📄 DatabaseSessionStore.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Cache/
│ │ │ ├── 📄 CacheManager.php
│ │ │ ├── 📄 MemoryCache.php
│ │ │ ├── 📄 RedisCache.php
│ │ │ ├── 📄 NullCache.php
│ │ │ └── 📄 CacheTagManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Logging/
│ │ │ ├── 📄 Logger.php
│ │ │ ├── 📄 LogRotationManager.php
│ │ │ ├── 📄 StructuredLogger.php
│ │ │ ├── 📄 AuditLogger.php
│ │ │ └── 📁 Handlers/
│ │ │ ├── 📄 ElasticsearchHandler.php
│ │ │ ├── 📄 SlackAlertHandler.php
│ │ │ └── 📄 SentryHandler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 EventDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 EventBus.php
│ │ │ ├── 📄 EventStore.php
│ │ │ ├── 📄 DomainEvent.php
│ │ │ ├── 📄 EventSubscriber.php
│ │ │ └── 📄 AsyncEventPublisher.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Observability/
│ │ │ ├── 📄 HealthCheckManager.php
│ │ │ ├── 📄 MetricsCollector.php
│ │ │ ├── 📄 TraceManager.php
│ │ │ ├── 📄 PerformanceProfiler.php
│ │ │ ├── 📄 SlowQueryDetector.php
│ │ │ └── 📁 Probes/
│ │ │ ├── 📄 LivenessProbe.php
│ │ │ ├── 📄 ReadinessProbe.php
│ │ │ └── 📄 StartupProbe.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Multitenancy/
│ │ │ ├── 📄 TenantResolver.php
│ │ │ ├── 📄 TenantContext.php
│ │ │ ├── 📄 TenantManager.php
│ │ │ ├── 📄 TenantIsolator.php
│ │ │ ├── 📄 TenantProvisioner.php
│ │ │ ├── 📄 TenantMigrationRunner.php
│ │ │ └── 📄 TenantOffboarder.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Extensions/
│ │ │ ├── 📄 PluginRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 PluginManifest.php
│ │ │ ├── 📄 PluginLoader.php
│ │ │ ├── 📄 HookSystem.php
│ │ │ ├── 📄 PluginSandbox.php
│ │ │ └── 📄 ExtensionMarketplace.php
│ │ │
│ │ └── 📁 Pipeline/
│ │ ├── 📄 Pipeline.php
│ │ ├── 📄 PipelineStage.php
│ │ └── 📄 PipelineResult.php
│ │
│ ├── 📁 Contracts/
│ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ ├── 📄 IUserRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IProjectRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IDatasetRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IPaperRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IKnowledgeGraphRepository.php
│ │ │ └── 📄 IGrantRepository.php
│ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ ├── 📄 IAuthService.php
│ │ │ ├── 📄 ISearchService.php
│ │ │ ├── 📄 IStorageService.php
│ │ │ ├── 📄 INotificationService.php
│ │ │ ├── 📄 IEmailService.php
│ │ │ └── 📄 IExportService.php
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── 📄 IModelProvider.php
│ │ │ ├── 📄 IAgentExecutor.php
│ │ │ ├── 📄 IEmbeddingProvider.php
│ │ │ ├── 📄 IVectorStore.php
│ │ │ └── 📄 IInferenceEngine.php
│ │ └── 📁 Infrastructure/
│ │ ├── 📄 ICacheDriver.php
│ │ ├── 📄 IStorageDriver.php
│ │ ├── 📄 IQueueDriver.php
│ │ └── 📄 IDatabaseDriver.php
│ │
│ ├── 📁 Exceptions/
│ │ ├── 📄 DomainException.php
│ │ ├── 📄 ValidationException.php
│ │ ├── 📄 AuthenticationException.php
│ │ ├── 📄 AuthorizationException.php
│ │ ├── 📄 NotFoundException.php
│ │ ├── 📄 RateLimitException.php
│ │ ├── 📄 AIServiceException.php
│ │ ├── 📄 AgentException.php
│ │ ├── 📄 InfrastructureException.php
│ │ ├── 📄 TenantException.php
│ │ ├── 📄 PaymentException.php
│ │ ├── 📄 StorageException.php
│ │ └── 📄 ExternalAPIException.php
│ │
│ ├── 📁 Domains/
│ │ ├── 📁 Identity/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 User.php
│ │ │ │ ├── 📄 Institution.php
│ │ │ │ ├── 📄 Profile.php
│ │ │ │ ├── 📄 OAuthAccount.php
│ │ │ │ ├── 📄 ApiKey.php
│ │ │ │ └── 📄 UserPreferences.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ ├── 📄 UserRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 UserService.php
│ │ │ │ ├── 📄 InstitutionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProfileService.php
│ │ │ │ ├── 📄 OrcidSyncService.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpersonationService.php
│ │ │ ├── 📁 Policies/
│ │ │ │ ├── 📄 UserPolicy.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionPolicy.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 UserRegistered.php
│ │ │ ├── 📄 UserSuspended.php
│ │ │ └── 📄 InstitutionProvisioned.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 ResearchProjects/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 ResearchProject.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectMember.php
│ │ │ │ ├── 📄 Milestone.php
│ │ │ │ ├── 📄 Methodology.php
│ │ │ │ ├── 📄 ResearchNote.php
│ │ │ │ └── 📄 ProjectTemplate.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 MilestoneRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MilestoneService.php
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateService.php
│ │ │ │ └── 📄 ProjectAnalyticsService.php
│ │ │ ├── 📁 Workflows/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectStateMachine.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewWorkflow.php
│ │ │ │ └── 📄 PublicationWorkflow.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 ProjectCreated.php
│ │ │ ├── 📄 ProjectPublished.php
│ │ │ └── 📄 MemberInvited.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Collaboration/
│ │ │ ├── 📁 Messaging/
│ │ │ │ ├── 📄 MessageService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ThreadService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MessageRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 DirectMessageService.php
│ │ │ ├── 📁 Workspace/
│ │ │ │ ├── 📄 WorkspaceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DocumentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 OperationalTransform.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConflictResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 CommentService.php
│ │ │ │ └── 📄 AnnotationService.php
│ │ │ ├── 📁 Presence/
│ │ │ │ ├── 📄 PresenceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 CursorTracker.php
│ │ │ │ └── 📄 ActivityBroadcaster.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 DocumentChanged.php
│ │ │ ├── 📄 CommentAdded.php
│ │ │ └── 📄 CollaboratorJoined.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Knowledge/
│ │ │ ├── 📁 Ontology/
│ │ │ │ ├── 📄 OntologyService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConceptTaxonomy.php
│ │ │ │ ├── 📄 WikidataIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 OntologyMapper.php
│ │ │ ├── 📁 KnowledgeGraph/
│ │ │ │ ├── 📄 GraphService.php
│ │ │ │ ├── 📄 GraphQueryEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 SubgraphExtractor.php
│ │ │ │ ├── 📄 PathFinder.php
│ │ │ │ └── 📄 GraphIngestionPipeline.php
│ │ │ ├── 📁 CitationSystem/
│ │ │ │ ├── 📄 CitationService.php
│ │ │ │ ├── 📄 CitationFormatter.php
│ │ │ │ ├── 📄 DOIResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 CrossRefIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 RetractionWatcher.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PaperIndexed.php
│ │ │ ├── 📄 CitationAdded.php
│ │ │ └── 📄 ConceptLinked.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Dataset/
│ │ │ ├── 📁 DatasetManager/
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetValidator.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetQualityScorer.php
│ │ │ │ ├── 📄 FAIRMetadataManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 SchemaInferenceEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 DataPreviewGenerator.php
│ │ │ ├── 📁 Versioning/
│ │ │ │ ├── 📄 VersionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ChecksumService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DeltaStorage.php
│ │ │ │ └── 📄 ProvenanceTracker.php
│ │ │ ├── 📁 DatasetAccess/
│ │ │ │ ├── 📄 AccessControlService.php
│ │ │ │ ├── 📄 EmbargoManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 DUAManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 DownloadTokenService.php
│ │ │ │ └── 📄 ExternalRegistrySync.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 DatasetPublished.php
│ │ │ ├── 📄 VersionCreated.php
│ │ │ └── 📄 DatasetAccessed.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Economy/
│ │ │ ├── 📁 Marketplace/
│ │ │ │ ├── 📄 ListingService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PurchaseService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewService.php
│ │ │ │ ├── 📄 RevenueShareEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 LicenseManager.php
│ │ │ ├── 📁 Grants/
│ │ │ │ ├── 📄 GrantService.php
│ │ │ │ ├── 📄 EligibilityChecker.php
│ │ │ │ ├── 📄 ApplicationManager.php
│ │ │ │ └── 📄 GrantMatchingEngine.php
│ │ │ ├── 📁 Reputation/
│ │ │ │ ├── 📄 ReputationEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReputationFactors.php
│ │ │ │ ├── 📄 BadgeSystem.php
│ │ │ │ └── 📄 LeaderboardService.php
│ │ │ ├── 📁 Billing/
│ │ │ │ ├── 📄 SubscriptionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 InvoiceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 StripeGateway.php
│ │ │ │ ├── 📄 UsageMeteringService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PricingEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 UsageAggregator.php
│ │ │ │ └── 📄 DiscountEngine.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PurchaseCompleted.php
│ │ │ ├── 📄 SubscriptionUpgraded.php
│ │ │ └── 📄 GrantAwarded.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Governance/
│ │ │ ├── 📁 Policies/
│ │ │ │ ├── 📄 PolicyEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 PolicyRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionalPolicyManager.php
│ │ │ ├── 📁 Moderation/
│ │ │ │ ├── 📄 ModerationService.php
│ │ │ │ ├── 📄 FlagQueue.php
│ │ │ │ ├── 📄 AIPreScreener.php
│ │ │ │ └── 📄 HumanReviewAssigner.php
│ │ │ ├── 📁 Compliance/
│ │ │ │ ├── 📄 GDPRService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DataResidencyManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConsentManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ExportControlChecker.php
│ │ │ │ ├── 📄 IRBWorkflowService.php
│ │ │ │ └── 📄 HIPAAComplianceService.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PolicyViolationFlagged.php
│ │ │ └── 📄 ComplianceReportGenerated.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 PeerReview/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 Submission.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewRound.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewAssignment.php
│ │ │ │ └── 📄 ReviewDecision.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ └── 📄 SubmissionRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 SubmissionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewerAssignmentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 BlindReviewService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConflictOfInterestChecker.php
│ │ │ │ └── 📄 DecisionService.php
│ │ │ ├── 📁 Workflows/
│ │ │ │ ├── 📄 SingleBlindWorkflow.php
│ │ │ │ ├── 📄 DoubleBlindWorkflow.php
│ │ │ │ └── 📄 OpenReviewWorkflow.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 SubmissionReceived.php
│ │ │ ├── 📄 ReviewCompleted.php
│ │ │ └── 📄 DecisionMade.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Publishing/
│ │ │ ├── 📁 Manuscript/
│ │ │ │ ├── 📄 ManuscriptService.php
│ │ │ │ ├── 📄 FormattingService.php
│ │ │ │ └── 📄 TemplateLibrary.php
│ │ │ ├── 📁 Submission/
│ │ │ │ ├── 📄 JournalSubmissionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PreprintServerConnector.php
│ │ │ │ └── 📄 SubmissionTrackerService.php
│ │ │ ├── 📁 DOI/
│ │ │ │ ├── 📄 DOIMintingService.php
│ │ │ │ └── 📄 DataCiteConnector.php
│ │ │ └── 📁 Embargoes/
│ │ │ ├── 📄 EmbargoPolicy.php
│ │ │ └── 📄 EmbargoLifterScheduler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── 📁 ResearchImpact/
│ │ │ │ ├── 📄 HIndexCalculator.php
│ │ │ │ ├── 📄 CitationVelocityTracker.php
│ │ │ │ ├── 📄 AltmetricIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpactReportGenerator.php
│ │ │ ├── 📁 UsageMetrics/
│ │ │ │ ├── 📄 PageViewTracker.php
│ │ │ │ ├── 📄 FeatureUsageTracker.php
│ │ │ │ └── 📄 RetentionAnalyzer.php
│ │ │ └── 📁 TrendAnalysis/
│ │ │ ├── 📄 ResearchTrendDetector.php
│ │ │ ├── 📄 FieldEmergenceTracker.php
│ │ │ └── 📄 CohortAnalyzer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Notifications/
│ │ │ ├── 📁 Channels/
│ │ │ │ ├── 📄 EmailChannel.php
│ │ │ │ ├── 📄 InAppChannel.php
│ │ │ │ ├── 📄 PushChannel.php
│ │ │ │ └── 📄 SMSChannel.php
│ │ │ ├── 📁 Templates/
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateRegistry.php
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateRenderer.php
│ │ │ │ └── 📄 LocalizationManager.php
│ │ │ └── 📁 Preferences/
│ │ │ ├── 📄 NotificationPreferenceService.php
│ │ │ └── 📄 DigestScheduler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Community/
│ │ │ ├── 📁 Forums/
│ │ │ │ ├── 📄 ForumService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ThreadService.php
│ │ │ │ └── 📄 PostModerator.php
│ │ │ ├── 📁 QandA/
│ │ │ │ ├── 📄 QuestionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 AnswerService.php
│ │ │ │ └── 📄 VotingSystem.php
│ │ │ ├── 📁 Mentorship/
│ │ │ │ ├── 📄 MentorMatchingService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MentorshipProgramManager.php
│ │ │ │ └── 📄 ProgressTracker.php
│ │ │ └── 📁 Challenges/
│ │ │ ├── 📄 ChallengeService.php
│ │ │ ├── 📄 LeaderboardManager.php
│ │ │ └── 📄 SubmissionEvaluator.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Experiments/
│ │ │ ├── 📁 ExperimentTracker/
│ │ │ │ ├── 📄 ExperimentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 RunManager.php
│ │ │ │ └── 📄 ParameterLogger.php
│ │ │ ├── 📁 MetricsLogger/
│ │ │ │ ├── 📄 MetricSeries.php
│ │ │ │ ├── 📄 MetricAggregator.php
│ │ │ │ └── 📄 MetricVisualizer.php
│ │ │ ├── 📁 ArtifactStore/
│ │ │ │ ├── 📄 ArtifactUploader.php
│ │ │ │ ├── 📄 ArtifactVersioner.php
│ │ │ │ └── 📄 ModelCheckpointManager.php
│ │ │ └── 📁 HyperparameterOptimizer/
│ │ │ ├── 📄 GridSearchEngine.php
│ │ │ ├── 📄 BayesianOptimizer.php
│ │ │ └── 📄 EarlyStoppingPolicy.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 PreRegistration/
│ │ │ ├── 📁 ProtocolManager/
│ │ │ │ ├── 📄 ProtocolService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProtocolTemplateLibrary.php
│ │ │ │ └── 📄 AmendmentTracker.php
│ │ │ ├── 📁 TimestampService/
│ │ │ │ ├── 📄 CryptographicStamper.php
│ │ │ │ └── 📄 BlockchainAnchorService.php
│ │ │ ├── 📁 HypothesisVault/
│ │ │ │ ├── 📄 HypothesisLocker.php
│ │ │ │ └── 📄 HypothesisValidator.php
│ │ │ └── 📁 OSFIntegration/
│ │ │ ├── 📄 OSFConnector.php
│ │ │ └── 📄 OSFSyncService.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Integrations/
│ │ │ ├── 📁 Connectors/
│ │ │ │ ├── 📄 ZoteroConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 MendeleyConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 EndNoteConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 GitHubConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 JupyterConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 SlackConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 TeamsConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 ZenodoConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 FigshareConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 OrcidConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticScholarConnector.php
│ │ │ │ └── 📄 PubMedConnector.php
│ │ │ ├── 📁 OAuth/
│ │ │ │ ├── 📄 OAuthProviderRegistry.php
│ │ │ │ └── 📄 TokenExchangeService.php
│ │ │ └── 📁 Webhooks/
│ │ │ ├── 📄 InboundWebhookRouter.php
│ │ │ └── 📄 WebhookVerifier.php
│ │ │
│ │ ├── DataCatalog/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 CatalogService.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetCatalogRepository.php
│ │ │ ├── 📄 MetadataIndexer.php
│ │ │ ├── 📄 DataStewardshipManager.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetQualityScore.php
│ │ │ ├── 📄 SchemaRegistry.php
│ │ │ └── 📄 DataOwnershipRegistry.php
│ │ │
│ │ ├── Reproducibility/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 ReproducibilityValidator.php
│ │ │ ├── 📄 EnvironmentSnapshotService.php
│ │ │ ├── 📄 DependencyLockfileManager.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentReplayService.php
│ │ │ └── 📄 ReproducibilityScore.php
│ │ │
│ │ ├── WorkflowTemplates/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 WorkflowTemplateRepository.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowTemplateEngine.php
│ │ │ ├── 📄 TemplateMarketplace.php
│ │ │ └── 📄 TemplateValidator.php
│ │ │
│ │ ├── ExperimentGraph/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 ExperimentGraphBuilder.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentDependencyTracker.php
│ │ │ └── 📄 ExperimentLineageMapper.php
│ │ │
│ │ └── CollaborationTimeline/ ← NEW
│ │ ├── 📄 TimelineService.php
│ │ ├── 📄 ActivityFeedBuilder.php
│ │ └── 📄 TimelineIndexer.php
│ │
│ ├── 📁 Services/
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── 📁 ResearchAI/
│ │ │ │ ├── 📄 LiteratureSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 GapDetectionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 BiasDetectionService.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpactPredictionService.php
│ │ │ ├── 📁 ModelRegistry/
│ │ │ │ ├── 📄 ModelRegistryService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ModelMetadata.php
│ │ │ │ ├── 📄 ModelRouter.php
│ │ │ │ ├── 📄 ABTestRouter.php
│ │ │ │ ├── 📄 FallbackChainManager.php
│ │ │ │ └── 📄 CostOptimizer.php
│ │ │ ├── 📁 InferenceEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 InferenceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PromptBuilder.php
│ │ │ │ ├── 📄 PromptVersionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 OutputParser.php
│ │ │ │ ├── 📄 StreamingInference.php
│ │ │ │ └── 📄 InferenceCache.php
│ │ │ └── 📁 TrainingEngine/
│ │ │ ├── 📄 FineTuningManager.php
│ │ │ ├── 📄 TrainingJobScheduler.php
│ │ │ ├── 📄 EvaluationHarness.php
│ │ │ └── 📄 ModelCheckpointer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 AISafety/
│ │ │ ├── 📄 PromptFirewall.php
│ │ │ ├── 📄 ModelGuardrails.php
│ │ │ ├── 📄 ToxicityDetector.php
│ │ │ ├── 📄 OutputValidator.php
│ │ │ ├── 📄 HallucinationDetector.php
│ │ │ ├── 📄 AIUsageAuditor.php
│ │ │ ├── 📄 JailbreakDetector.php
│ │ │ ├── 📄 BiasAuditor.php
│ │ │ ├── 📄 SafetyScorecard.php
│ │ │ └── 📄 SafetyPolicyEnforcer.php
│ │ │
│ │ ├── AIGovernance/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 PolicyEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ModelUsagePolicy.php
│ │ │ ├── 📄 PromptPolicyValidator.php
│ │ │ ├── 📄 AgentPolicyEnforcer.php
│ │ │ ├── 📄 SensitiveDataDetector.php
│ │ │ └── 📄 PolicyViolationLogger.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Cognitive/
│ │ │ ├── 📁 ContextEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 ContextBuilder.php
│ │ │ │ ├── 📄 ContextCompressor.php
│ │ │ │ └── 📄 ContextMemoryStore.php
│ │ │ ├── 📁 ReasoningEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 ChainOfThoughtEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 TreeOfThoughtEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 ReActFramework.php
│ │ │ ├── 📁 RecommendationEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 CollaborativeFilter.php
│ │ │ │ ├── 📄 ContentBasedFilter.php
│ │ │ │ ├── 📄 HybridRanker.php
│ │ │ │ └── 📄 ColdStartHandler.php
│ │ │ └── 📁 OptimizationEngine/
│ │ │ ├── 📄 HyperparameterOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowOptimizer.php
│ │ │ └── 📄 ResourceAllocator.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Agents/
│ │ │ ├── 📁 AgentRuntime/
│ │ │ │ ├── 📄 AgentExecutor.php
│ │ │ │ ├── 📄 AgentContext.php
│ │ │ │ ├── 📄 AgentLifecycleManager.php
│ │ │ │ └── 📄 AgentProgressReporter.php
│ │ │ ├── 📁 AgentPlanner/
│ │ │ │ ├── 📄 TaskDecomposer.php
│ │ │ │ ├── 📄 DAGPlanner.php
│ │ │ │ ├── 📄 DependencyResolver.php
│ │ │ │ └── 📄 PlanOptimizer.php
│ │ │ ├── 📁 AgentMemory/
│ │ │ │ ├── 📄 ShortTermMemory.php
│ │ │ │ ├── 📄 LongTermMemory.php
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticMemory.php
│ │ │ │ └── 📄 MemoryConsolidator.php
│ │ │ ├── 📁 AgentTools/
│ │ │ │ ├── 📄 ToolRegistry.php
│ │ │ │ ├── 📄 ToolPermissionGuard.php
│ │ │ │ ├── 📄 WebSearchTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatabaseReadTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatabaseWriteTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 CodeExecutionTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 FileReadTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 APICallTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 GraphQueryTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 VectorSearchTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 ComputationTool.php
│ │ │ │ └── 📄 EmailSendTool.php
│ │ │ └── 📁 AgentGovernance/
│ │ │ ├── 📄 AgentAuditLogger.php
│ │ │ ├── 📄 HumanInLoopGateway.php
│ │ │ ├── 📄 AgentRateLimiter.php
│ │ │ └── 📄 AgentPermissionPolicy.php
│ │ │
│ │ ├── FeatureStore/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 FeatureRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureMaterializer.php
│ │ │ ├── 📄 FeaturePipeline.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureVersionManager.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureServingAPI.php
│ │ │ ├── 📄 OfflineFeatureStore.php
│ │ │ └── 📄 OnlineFeatureStore.php
│ │ │
│ │ ├── DataPrivacy/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 PrivacyVault.php
│ │ │ ├── 📄 PIIClassifier.php
│ │ │ ├── 📄 DataMaskingService.php
│ │ │ ├── 📄 SecureEnclaveManager.php
│ │ │ └── 📄 PrivacyRiskScorer.php
│ │ │
│ │ ├── CostIntelligence/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 CostTracker.php
│ │ │ ├── 📄 ModelUsageCostAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📄 ComputeCostOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 BudgetGuard.php
│ │ │ └── 📄 CostForecastEngine.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Search/
│ │ │ ├── 📁 SemanticSearchEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 VectorSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 HybridSearchService.php
│ │ │ │ └── 📄 IndexManager.php
│ │ │ ├── 📁 QueryPlanner/
│ │ │ │ ├── 📄 QueryParser.php
│ │ │ │ ├── 📄 IntentClassifier.php
│ │ │ │ ├── 📄 QueryExpander.php
│ │ │ │ └── 📄 SynonymRegistry.php
│ │ │ └── 📁 RankingEngine/
│ │ │ ├── 📄 BM25Ranker.php
│ │ │ ├── 📄 NeuralReranker.php
│ │ │ ├── 📄 PersonalizedRanker.php
│ │ │ └── 📄 SearchAnalyticsTracker.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Compute/
│ │ │ ├── 📁 ComputeOrchestrator/
│ │ │ │ ├── 📄 ComputeScheduler.php
│ │ │ │ ├── 📄 ResourceAllocator.php
│ │ │ │ └── 📄 ComputeJobTracker.php
│ │ │ ├── 📁 GPUClusterManager/
│ │ │ │ ├── 📄 GPUNodeManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 SpotInstanceManager.php
│ │ │ │ └── 📄 GPUMemoryAllocator.php
│ │ │ └── 📁 SimulationEngine/
│ │ │ ├── 📄 SimulationRunner.php
│ │ │ ├── 📄 SandboxedEnvironment.php
│ │ │ └── 📄 ResultCollector.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Impact/
│ │ │ ├── 📁 ImpactPredictionEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 CitationForecastModel.php
│ │ │ │ ├── 📄 JournalFitScorer.php
│ │ │ │ └── 📄 BroaderImpactAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📁 InfluenceGraph/
│ │ │ │ ├── 📄 InfluenceMapper.php
│ │ │ │ └── 📄 IntellectualLineageTracer.php
│ │ │ └── 📁 PolicyImpactTracker/
│ │ │ ├── 📄 PolicyMentionDetector.php
│ │ │ └── 📄 CivicImpactScore.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Export/
│ │ │ ├── 📄 PDFExporter.php
│ │ │ ├── 📄 LaTeXExporter.php
│ │ │ ├── 📄 WordExporter.php
│ │ │ ├── 📄 BibTeXExporter.php
│ │ │ ├── 📄 RISExporter.php
│ │ │ ├── 📄 CSVExporter.php
│ │ │ └── 📄 CSLFormatter.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Email/
│ │ │ ├── 📄 MailProvider.php
│ │ │ ├── 📄 MailgunDriver.php
│ │ │ ├── 📄 SESDriver.php
│ │ │ ├── 📄 PostmarkDriver.php
│ │ │ ├── 📄 TemplateRenderer.php
│ │ │ ├── 📄 DeliveryTracker.php
│ │ │ └── 📄 UnsubscribeManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── 📄 EventTracker.php
│ │ │ ├── 📄 FunnelAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📄 CohortEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ReportBuilder.php
│ │ │ └── 📄 DashboardDataService.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Notification/
│ │ │ ├── 📄 NotificationRouter.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 PushNotificationService.php
│ │ │ ├── 📄 InAppNotificationService.php
│ │ │ └── 📄 NotificationBatcher.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 DataPipeline/
│ │ │ ├── 📄 PipelineOrchestrator.php
│ │ │ ├── 📄 TransformationEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ValidationPipeline.php
│ │ │ ├── 📄 ProvenanceTracker.php
│ │ │ └── 📄 ETLJobManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 FeatureFlags/
│ │ │ ├── 📄 FlagManager.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentEngine.php
│ │ │ ├── 📄 RolloutController.php
│ │ │ ├── 📄 FlagRepository.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureRegistry.php
│ │ │ └── 📄 AudienceSegmenter.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 NLP/
│ │ │ ├── 📄 TokenizerService.php
│ │ │ ├── 📄 EntityExtractor.php
│ │ │ ├── 📄 LanguageDetector.php
│ │ │ ├── 📄 SummarizationEngine.php
│ │ │ ├── 📄 KeywordExtractor.php
│ │ │ └── 📄 SentimentAnalyzer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Orchestration/
│ │ │ ├── 📄 ResearchOrchestrator.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowGraph.php
│ │ │ ├── 📄 CheckpointManager.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowScheduler.php
│ │ │ └── 📄 HumanInLoopGateway.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 SystematicReview/
│ │ │ ├── 📄 PICOFramework.php
│ │ │ ├── 📄 PRISMAFlowEngine.php
│ │ │ ├── 📄 StudyScreeningEngine.php
│ │ │ ├── 📄 QualityAssessmentEngine.php
│ │ │ └── 📄 GRADESynthesizer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 FederatedLearning/
│ │ │ ├── 📄 FederationCoordinator.php
│ │ │ ├── 📄 GradientAggregator.php
│ │ │ ├── 📄 DifferentialPrivacyEngine.php
│ │ │ ├── 📄 SecureAggregationProtocol.php
│ │ │ └── 📄 ModelMerger.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 SecurityMonitoring/
│ │ │ ├── 📄 IntrusionDetectionSystem.php
│ │ │ ├── 📄 ThreatIntelFeed.php
│ │ │ ├── 📄 SuspiciousActivityDetector.php
│ │ │ ├── 📄 AnomalyDetector.php
│ │ │ ├── 📄 SecurityIncidentManager.php
│ │ │ ├── 📄 VulnerabilityScanner.php
│ │ │ └── 📄 SOCAlertDispatcher.php
│ │ │
│ │ └── 📁 DataLineage/
│ │ ├── 📄 LineageTracker.php
│ │ ├── 📄 TransformationGraph.php
│ │ ├── 📄 DataImpactAnalyzer.php
│ │ ├── 📄 LineageVisualizer.php
│ │ ├── 📄 UpstreamDependencyMapper.php
│ │ └── 📄 DataQualityLineage.php
│ │
│ ├── 📁 Infrastructure/
│ │ ├── 📁 Database/
│ │ │ ├── 📄 ConnectionPool.php
│ │ │ ├── 📄 QueryBuilder.php
│ │ │ ├── 📄 QueryOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 MigrationRunner.php
│ │ │ ├── 📄 TransactionManager.php
│ │ │ ├── 📄 ReadWriteSplitter.php
│ │ │ ├── 📄 ShardRouter.php
│ │ │ └── 📄 DatabaseHealthMonitor.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 GraphInfrastructure/
│ │ │ ├── 📄 GraphDatabaseConnector.php
│ │ │ ├── 📄 Neo4jDriver.php
│ │ │ ├── 📄 GraphQueryOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 GraphIndexManager.php
│ │ │ ├── 📄 GraphCache.php
│ │ │ ├── 📄 GraphConnectionPool.php
│ │ │ ├── 📄 GraphTransactionManager.php
│ │ │ ├── 📄 GraphHealthMonitor.php
│ │ │ └── 📄 GraphMigrationRunner.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 VectorStore/
│ │ │ ├── 📄 VectorStoreManager.php
│ │ │ ├── 📄 EmbeddingPipeline.php
│ │ │ ├── 📄 SimilaritySearch.php
│ │ │ ├── 📄 VectorIndexManager.php
│ │ │ └── 📁 Drivers/
│ │ │ ├── 📄 PgVectorDriver.php
│ │ │ ├── 📄 WeaviateDriver.php
│ │ │ └── 📄 PineconeDriver.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Realtime/
│ │ │ ├── 📄 WebSocketServer.php
│ │ │ ├── 📄 ConnectionManager.php
│ │ │ ├── 📄 ChannelManager.php
│ │ │ ├── 📄 PresenceEngine.php
│ │ │ ├── 📄 EventBroadcaster.php
│ │ │ ├── 📄 CRDTConflictResolver.php
│ │ │ ├── 📄 RoomManager.php
│ │ │ ├── 📄 HeartbeatMonitor.php
│ │ │ ├── 📄 ReconnectionHandler.php
│ │ │ └── 📄 MessageSerializer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Storage/
│ │ │ ├── 📄 FileStorageManager.php
│ │ │ ├── 📄 ObjectStorageConnector.php
│ │ │ ├── 📄 BackupManager.php
│ │ │ ├── 📄 PresignedURLGenerator.php
│ │ │ ├── 📄 ChunkedUploadManager.php
│ │ │ ├── 📄 CDNManager.php
│ │ │ └── 📄 AssetOptimizer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Queue/
│ │ │ ├── 📄 JobQueue.php
│ │ │ ├── 📄 JobDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 WorkerManager.php
│ │ │ ├── 📄 RetryPolicy.php
│ │ │ ├── 📄 DeadLetterQueue.php
│ │ │ └── 📄 QueueMonitor.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Scheduler/
│ │ │ ├── 📄 SchedulerRuntime.php
│ │ │ ├── 📄 CronRegistry.php
│ │ │ └── 📄 DistributedLock.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 ServiceMesh/
│ │ │ ├── 📄 ServiceRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 ServiceDiscovery.php
│ │ │ ├── 📄 CircuitBreaker.php
│ │ │ ├── 📄 RetryHandler.php
│ │ │ └── 📄 LoadBalancer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Search/
│ │ │ ├── 📄 ElasticsearchClient.php
│ │ │ ├── 📄 IndexDefinitionManager.php
│ │ │ ├── 📄 BulkIndexer.php
│ │ │ └── 📄 SearchQueryBuilder.php
│ │ │
│ │ └── Replication/ ← NEW
│ │ ├── 📄 RegionRouter.php
│ │ ├── 📄 MultiRegionSyncManager.php
│ │ ├── 📄 ConflictResolver.php
│ │ └── 📄 ReplicaHealthMonitor.php
│ │
│ ├── 📁 APIs/
│ │ ├── 📁 Public/
│ │ │ ├── 📄 AuthAPI.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ResearchAPI.php
│ │ │ ├── 📄 KnowledgeAPI.php
│ │ │ ├── 📄 AgentAPI.php
│ │ │ ├── 📄 AnalyticsAPI.php
│ │ │ ├── 📄 CommunityAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ExportAPI.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ProfileAPI.php
│ │ │ └── 📄 MarketplaceAPI.php
│ │ ├── 📁 Internal/
│ │ │ ├── 📄 AgentAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ComputeAPI.php
│ │ │ ├── 📄 IndexAPI.php
│ │ │ ├── 📄 TenantProvisioningAPI.php
│ │ │ ├── 📄 HealthAPI.php
│ │ │ └── 📄 FederatedLearningAPI.php
│ │ ├── 📁 Admin/
│ │ │ ├── 📄 UserManagementAPI.php
│ │ │ ├── 📄 SystemConfigAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ComplianceAPI.php
│ │ │ ├── 📄 BillingAPI.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureFlagAPI.php
│ │ │ └── 📄 AuditLogAPI.php
│ │ ├── 📁 GraphQL/
│ │ │ ├── 📁 Schema/
│ │ │ │ ├── UserSchema.graphql
│ │ │ │ ├── ProjectSchema.graphql
│ │ │ │ ├── DatasetSchema.graphql
│ │ │ │ └── KnowledgeSchema.graphql
│ │ │ ├── 📁 Resolvers/
│ │ │ │ ├── 📄 UserResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectResolver.php
│ │ │ │ └── 📄 KnowledgeResolver.php
│ │ │ └── 📁 Subscriptions/
│ │ │ ├── 📄 CollaborationSubscription.php
│ │ │ └── 📄 AgentProgressSubscription.php
│ │ ├── 📁 Streaming/
│ │ │ ├── 📄 SSEHandler.php
│ │ │ ├── 📄 StreamingResponseBuilder.php
│ │ │ └── 📄 AIStreamingEndpoint.php
│ │ └── 📁 Webhooks/
│ │ ├── 📄 PaymentWebhook.php
│ │ ├── 📄 EventWebhook.php
│ │ ├── 📄 OrcidWebhook.php
│ │ ├── 📄 GitHubWebhook.php
│ │ ├── 📄 StripeWebhook.php
│ │ └── 📄 SemanticScholarWebhook.php
│ │
│ ├── 📁 Workers/
│ │ ├── 📁 QueueWorkers/
│ │ │ ├── 📄 EmailWorker.php
│ │ │ ├── 📄 AIWorker.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetProcessingWorker.php
│ │ │ ├── 📄 GraphIndexWorker.php
│ │ │ ├── 📄 EmbeddingWorker.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationWorker.php
│ │ │ ├── 📄 CitationSyncWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ReportGenerationWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ThumbnailWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ExportWorker.php
│ │ │ ├── 📄 PlagiarismCheckWorker.php
│ │ │ ├── KnowledgeLakeWorker.php ← NEW
│ │ │ └── 📄 CleanupWorker.php
│ │ ├── 📁 EventConsumers/
│ │ │ ├── 📄 KnowledgeEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 CollaborationEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 EconomyEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 AnalyticsEventConsumer.php
│ │ │ ├── SecurityEventConsumer.php ← NEW
│ │ │ └── 📄 AuditEventConsumer.php
│ │ └── 📁 Schedulers/
│ │ ├── 📄 DailyAnalytics.php
│ │ ├── 📄 DatasetReindex.php
│ │ ├── 📄 KnowledgeRefresh.php
│ │ ├── 📄 CitationCountUpdater.php
│ │ ├── 📄 ReputationScoreUpdater.php
│ │ ├── 📄 EmbeddingRefresher.php
│ │ ├── 📄 GrantDeadlineNotifier.php
│ │ ├── 📄 EmbargoLifter.php
│ │ ├── 📄 TokenCleanup.php
│ │ ├── KnowledgeLakeIngestor.php ← NEW
│ │ └── 📄 SystemHealthReporter.php
│ │
│ └── 📁 Agents/
│ ├── 📁 LiteratureReviewAgent/
│ │ ├── 📄 LiteratureReviewAgent.php
│ │ ├── 📄 PaperClusterer.php
│ │ └── 📄 SummaryGenerator.php
│ ├── 📁 MethodologyAdvisorAgent/
│ │ ├── 📄 MethodologyAdvisorAgent.php
│ │ ├── 📄 DesignSelector.php
│ │ └── 📄 FrameworkMatcher.php
│ ├── 📁 StatisticalAdvisorAgent/
│ │ ├── 📄 StatisticalAdvisorAgent.php
│ │ ├── 📄 TestSelector.php
│ │ └── 📄 AssumptionChecker.php
│ ├── 📁 ResearchGapAgent/
│ │ ├── 📄 ResearchGapAgent.php
│ │ ├── 📄 GapScorer.php
│ │ └── 📄 OpportunityRanker.php
│ ├── 📁 WritingAssistantAgent/
│ │ ├── 📄 WritingAssistantAgent.php
│ │ ├── 📄 AbstractGenerator.php
│ │ ├── 📄 StructureAdvisor.php
│ │ └── 📄 StyleGuideEnforcer.php
│ ├── 📁 DiscoveryAgent/
│ │ ├── 📄 DiscoveryAgent.php
│ │ ├── 📄 ResearcherMatcher.php
│ │ └── 📄 DatasetRecommender.php
│ ├── 📁 PeerReviewAgent/
│ │ ├── 📄 PeerReviewAgent.php
│ │ ├── 📄 ReviewGeneratorAgent.php
│ │ ├── 📄 PlagiarismDetectorAgent.php
│ │ └── 📄 ReviewerSuggester.php
│ ├── 📁 DataCleaningAgent/
│ │ ├── 📄 DataCleaningAgent.php
│ │ ├── 📄 OutlierDetectorAgent.php
│ │ ├── 📄 SchemaInferenceAgent.php
│ │ └── 📄 MissingValueImputer.php
│ ├── 📁 GrantWritingAgent/
│ │ ├── 📄 GrantWritingAgent.php
│ │ ├── 📄 GrantMatcherAgent.php
│ │ ├── 📄 ProposalDrafterAgent.php
│ │ └── 📄 BudgetJustificationAgent.php
│ ├── 📁 ExperimentDesignAgent/
│ │ ├── 📄 ExperimentDesignAgent.php
│ │ ├── 📄 PowerAnalysisAgent.php
│ │ ├── 📄 ControlGroupDesignerAgent.php
│ │ └── 📄 SampleSizeCalculator.php
│ ├── 📁 CitationVerificationAgent/
│ │ ├── 📄 CitationVerificationAgent.php
│ │ ├── 📄 RetractionCheckerAgent.php
│ │ ├── 📄 DOIResolverAgent.php
│ │ └── 📄 CitationContextVerifier.php
│ ├── 📁 TrendForecastingAgent/
│ │ ├── 📄 TrendForecastingAgent.php
│ │ ├── 📄 TopicModelingAgent.php
│ │ └── 📄 EmergingFieldDetectorAgent.php
│ ├── 📁 ReproducibilityAgent/
│ │ ├── 📄 ReproducibilityAgent.php
│ │ ├── 📄 CodeAuditAgent.php
│ │ ├── 📄 DataSufficiencyAgent.php
│ │ └── 📄 EnvironmentReplicator.php
│ └── 📁 TranslationAgent/
│ ├── 📄 TranslationAgent.php
│ ├── 📄 AbstractTranslatorAgent.php
│ └── 📄 CrossLanguageSearchAgent.php
│
├── KnowledgeLake/ ← NEW TOP-LEVEL
│ ├── 📁 Ingestion/
│ │ ├── 📄 PaperIngestor.php
│ │ ├── 📄 DatasetIngestor.php
│ │ ├── 📄 PatentIngestor.php
│ │ ├── 📄 GrantIngestor.php
│ │ ├── 📄 ConferenceIngestor.php
│ │ ├── 📄 ThesisIngestor.php
│ │ ├── 📄 BookIngestor.php
│ │ └── 📄 ClinicalTrialIngestor.php
│ ├── 📁 Normalization/
│ │ ├── 📄 MetadataNormalizer.php
│ │ ├── 📄 CitationParser.php
│ │ ├── 📄 AuthorDisambiguator.php
│ │ ├── 📄 InstitutionResolver.php
│ │ ├── 📄 DateNormalizer.php
│ │ ├── 📄 LanguageNormalizer.php
│ │ └── 📄 SchemaMapper.php
│ ├── 📁 Deduplication/
│ │ ├── 📄 DuplicateDetector.php
│ │ ├── 📄 SimilarityMatcher.php
│ │ ├── 📄 FuzzyTitleMatcher.php
│ │ └── 📄 DOICanonicalizer.php
│ ├── 📁 Enrichment/
│ │ ├── 📄 TopicClassifier.php
│ │ ├── 📄 MethodExtractor.php
│ │ ├── 📄 DatasetLinker.php
│ │ ├── 📄 CitationContextExtractor.php
│ │ ├── 📄 KeyphraseEnricher.php
│ │ ├── 📄 AbstractEmbedder.php
│ │ └── 📄 ImpactScoreEnricher.php
│ └── 📁 Pipeline/
│ ├── 📄 LakePipelineOrchestrator.php
│ ├── 📄 IngestionJobScheduler.php
│ ├── 📄 QualityGateChecker.php
│ └── 📄 LakeHealthMonitor.php
│
├── ResearchIdentity/ ← NEW TOP-LEVEL
│ ├── 📄 ORCIDResolver.php
│ ├── 📄 AuthorDisambiguationEngine.php
│ ├── 📄 ResearcherGraph.php
│ ├── 📄 ContributionTracker.php
│ ├── 📄 IdentityTrustScore.php
│ ├── 📄 AffiliationResolver.php
│ ├── 📄 NameVariantDetector.php
│ ├── 📄 CoAuthorshipMapper.php
│ ├── 📄 ResearcherProfileSynthesizer.php
│ └── 📄 IdentityMergeEngine.php
│
├── 📁 Frontend/
│ ├── 📁 Pages/
│ │ ├── 📁 Landing/
│ │ │ ├── ⚛️ HeroSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FeaturesSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PricingSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ TestimonialsSection.jsx
│ │ │ └── ⚛️ CTASection.jsx
│ │ ├── 📁 Auth/
│ │ │ ├── ⚛️ Login.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Register.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ForgotPassword.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MFASetup.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PasskeyEnrollment.jsx
│ │ ├── 📁 Onboarding/
│ │ │ ├── ⚛️ WelcomeWizard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProfileSetup.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ InstitutionSetup.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PreferencesSetup.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ProductTour.jsx
│ │ ├── 📁 Dashboard/
│ │ │ ├── ⚛️ DashboardPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ActivityFeed.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MetricsRow.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AISuggestionPanel.jsx
│ │ ├── 📁 Workspace/
│ │ │ ├── ⚛️ WorkspacePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DocumentEditor.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SplitPaneLayout.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AIAssistantPanel.jsx
│ │ ├── 📁 ResearchProjects/
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectsListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectCreatePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MilestoneTracker.jsx
│ │ │ └── ⚛️ TeamManagement.jsx
│ │ ├── 📁 DatasetLibrary/
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetUploadPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetPreviewTable.jsx
│ │ │ └── ⚛️ VersionHistoryPanel.jsx
│ │ ├── 📁 KnowledgeExplorer/
│ │ │ ├── ⚛️ KnowledgeExplorerPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ GraphCanvas.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PaperDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ConceptDetailPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ CitationPathFinder.jsx
│ │ ├── 📁 KnowledgeLake/
│ │ │ ├── ⚛️ LakeExplorerPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ IngestionStatusPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DeduplicationReviewPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ LakeHealthDashboard.jsx
│ │ ├── 📁 ResearchIdentity/
│ │ │ ├── ⚛️ ResearcherIdentityPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ContributionTimelinePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CoAuthorshipGraphPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ IdentityVerificationPage.jsx
│ │ ├── 📁 AISafety/
│ │ │ ├── ⚛️ SafetyDashboardPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PromptAuditLogPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ GuardrailConfigPage.jsx
│ │ ├── 📁 Marketplace/
│ │ │ ├── ⚛️ MarketplacePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ListingDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CreateListingPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PurchaseFlow.jsx
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── ⚛️ AnalyticsDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ImpactDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CitationTrends.jsx
│ │ │ └── ⚛️ UsageReports.jsx
│ │ ├── 📁 Profile/
│ │ │ ├── ⚛️ ResearcherProfilePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PublicationsList.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CollaboratorGraph.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ExpertiseMap.jsx
│ │ ├── 📁 PeerReview/
│ │ │ ├── ⚛️ SubmissionPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ReviewerDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ReviewFormPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ DecisionPage.jsx
│ │ ├── 📁 Community/
│ │ │ ├── ⚛️ ForumsPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ThreadPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ QandAPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MentorshipPage.jsx
│ │ ├── 📁 Grants/
│ │ │ ├── ⚛️ GrantsDiscoveryPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ GrantDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ApplicationPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ApplicationTrackerPage.jsx
│ │ ├── 📁 Agents/
│ │ │ ├── ⚛️ AgentLibraryPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentTaskLauncherPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentRunHistoryPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AgentDetailPage.jsx
│ │ ├── 📁 Publishing/
│ │ │ ├── ⚛️ ManuscriptEditorPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SubmissionFlowPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PublicationStatusPage.jsx
│ │ ├── 📁 PreRegistration/
│ │ │ ├── ⚛️ PreRegisterPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProtocolBuilderPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ RegistryBrowserPage.jsx
│ │ ├── 📁 Experiments/
│ │ │ ├── ⚛️ ExperimentsListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ExperimentDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ RunComparatorPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MetricsChartPanel.jsx
│ │ ├── 📁 DataLineage/
│ │ │ ├── ⚛️ LineageExplorerPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ TransformationGraphPage.jsx
│ │ ├── 📁 Admin/
│ │ │ ├── ⚛️ AdminDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ UserManagementPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SystemHealthPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ComplianceDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FeatureFlagsPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SecurityMonitoringPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ BillingOverviewPage.jsx
│ │ ├── 📁 Notifications/
│ │ │ ├── ⚛️ NotificationCenterPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ NotificationPreferencesPage.jsx
│ │ └── 📁 Settings/
│ │ ├── ⚛️ AccountSettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ SecuritySettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ BillingSettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ IntegrationsPage.jsx
│ │ └── ⚛️ InstitutionSettingsPage.jsx
│ │
│ ├── 📁 Components/
│ │ ├── 📁 Navigation/
│ │ │ ├── ⚛️ TopNav.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Sidebar.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Breadcrumb.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CommandPalette.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MobileNav.jsx
│ │ ├── 📁 WorkspaceUI/
│ │ │ ├── ⚛️ RichTextEditor.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FileTree.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SplitPane.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ChangeTracker.jsx
│ │ ├── 📁 GraphVisualizer/
│ │ │ ├── ⚛️ GraphCanvas.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ NodeDetailCard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ EdgeLabeler.jsx
│ │ │ └── ⚛️ GraphTimeline.jsx
│ │ ├── 📁 CollaborationTools/
│ │ │ ├── ⚛️ PresenceAvatars.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CommentThread.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CursorOverlay.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ConflictResolutionUI.jsx
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── ⚛️ AIChat.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentStatusCard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ TaskProgressPanel.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SuggestionBubble.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SafetyIndicator.jsx
│ │ │ └── ⚛️ StreamingTextDisplay.jsx
│ │ ├── 📁 Data/
│ │ │ ├── ⚛️ DataTable.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetPreview.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SchemaViewer.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ProvenanceTimeline.jsx
│ │ ├── 📁 Charts/
│ │ │ ├── ⚛️ ImpactChart.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CitationHeatMap.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MetricsLineChart.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ScatterPlot.jsx
│ │ └── 📁 UI/
│ │ ├── ⚛️ StatCard.jsx
│ │ ├── ⚛️ EmptyState.jsx
│ │ ├── ⚛️ SkeletonLoader.jsx
│ │ ├── ⚛️ ErrorBoundary.jsx
│ │ ├── ⚛️ ConfirmDialog.jsx
│ │ ├── ⚛️ ExportModal.jsx
│ │ ├── ⚛️ ShareModal.jsx
│ │ └── ⚛️ ToastSystem.jsx
│ │
│ ├── 📁 DesignSystem/
│ │ ├── 📁 tokens/
│ │ │ ├── ⚛️ colors.ts
│ │ │ ├── ⚛️ typography.ts
│ │ │ ├── ⚛️ spacing.ts
│ │ │ └── ⚛️ shadows.ts
│ │ ├── 📁 foundations/
│ │ │ ├── reset.css
│ │ │ └── globals.css
│ │ └── 📁 storybook/
│ │ ├── 📁 .storybook/
│ │ └── 📁 stories/
│ │
│ ├── 📁 Hooks/
│ │ ├── ⚛️ useAuth.ts
│ │ ├── ⚛️ useWebSocket.ts
│ │ ├── ⚛️ useAgent.ts
│ │ ├── ⚛️ useKnowledgeGraph.ts
│ │ └── ⚛️ useCollaboration.ts
│ │
│ ├── 📁 State/
│ │ ├── ⚛️ authStore.ts
│ │ ├── ⚛️ projectStore.ts
│ │ ├── ⚛️ agentStore.ts
│ │ └── ⚛️ notificationStore.ts
│ │
│ └── 📁 Assets/
│ ├── 📁 CSS/
│ ├── 📁 JS/
│ ├── 📁 Images/
│ └── 📁 Fonts/
│
├── 📁 Database/
│ ├── 📁 Migrations/
│ │ ├── 📄 0001_create_users_table.php
│ │ ├── 📄 0002_create_institutions_table.php
│ │ ├── 📄 0003_create_research_projects_table.php
│ │ ├── 📄 0004_create_datasets_table.php
│ │ ├── 📄 0005_create_papers_table.php
│ │ ├── 📄 0006_create_citations_table.php
│ │ ├── 📄 0007_create_knowledge_graph_tables.php
│ │ ├── 📄 0008_create_agents_tables.php
│ │ ├── 📄 0009_create_economy_tables.php
│ │ ├── 📄 0010_create_compliance_tables.php
│ │ ├── 📄 0011_create_peer_review_tables.php
│ │ ├── 📄 0012_create_publishing_tables.php
│ │ ├── 📄 0013_create_community_tables.php
│ │ ├── 📄 0014_create_notifications_tables.php
│ │ ├── 📄 0015_create_experiments_tables.php
│ │ ├── 📄 0016_create_knowledge_lake_tables.php
│ │ ├── 📄 0017_create_research_identity_tables.php
│ │ └── 📄 0018_create_data_lineage_tables.php
│ ├── 📁 Seeders/
│ │ ├── 📄 DatabaseSeeder.php
│ │ ├── 📄 UserSeeder.php
│ │ ├── 📄 InstitutionSeeder.php
│ │ ├── 📄 ProjectSeeder.php
│ │ └── 📄 KnowledgeGraphSeeder.php
│ └── 📁 Factories/
│ ├── 📄 UserFactory.php
│ ├── 📄 ProjectFactory.php
│ ├── 📄 DatasetFactory.php
│ └── 📄 PaperFactory.php
│
├── 📁 Console/
│ ├── 📁 Commands/
│ │ ├── 📄 ReindexKnowledgeGraph.php
│ │ ├── 📄 SyncCitationsFromAPIs.php
│ │ ├── 📄 RecalculateReputationScores.php
│ │ ├── 📄 ProvisionTenant.php
│ │ ├── 📄 DeprovisionTenant.php
│ │ ├── 📄 RegenerateEmbeddings.php
│ │ ├── 📄 PruneExpiredTokens.php
│ │ ├── 📄 ExportComplianceReport.php
│ │ ├── 📄 SeedGrantsFromFundingAPIs.php
│ │ ├── 📄 RunKnowledgeLakeIngestion.php
│ │ ├── 📄 RebuildResearchIdentityGraph.php
│ │ └── 📄 RunSystemHealthCheck.php
│ └── 📄 Kernel.php
│
├── 📁 Listeners/
│ ├── 📄 SendWelcomeEmail.php
│ ├── 📄 CreateDefaultWorkspace.php
│ ├── 📄 UpdateKnowledgeGraph.php
│ ├── 📄 TrackAnalyticsEvent.php
│ ├── 📄 NotifyProjectMembers.php
│ ├── 📄 UpdateReputationOnCitation.php
│ ├── 📄 TriggerEmbeddingGeneration.php
│ ├── 📄 WriteAuditLog.php
│ ├── 📄 TriggerKnowledgeLakeEnrichment.php
│ ├── 📄 UpdateResearchIdentityGraph.php
│ └── 📄 BroadcastCollaborationEvent.php
│
├── 📁 Notifications/
│ ├── 📄 WelcomeNotification.php
│ ├── 📄 ProjectInviteNotification.php
│ ├── 📄 AgentTaskCompleteNotification.php
│ ├── 📄 NewCitationNotification.php
│ ├── 📄 GrantDeadlineReminderNotification.php
│ ├── 📄 ReviewAssignedNotification.php
│ ├── 📄 DatasetAccessRequestNotification.php
│ └── 📄 SystemAlertNotification.php
│
├── 📁 Config/
│ ├── 📄 app.php
│ ├── 📄 database.php
│ ├── 📄 services.php
│ ├── 📄 features.php
│ ├── 📄 cache.php
│ ├── 📄 queue.php
│ ├── 📄 mail.php
│ ├── 📄 storage.php
│ ├── 📄 security.php
│ ├── 📄 ai.php
│ ├── 📄 ai_safety.php
│ ├── 📄 agents.php
│ ├── 📄 search.php
│ ├── 📄 ratelimits.php
│ ├── 📄 integrations.php
│ ├── 📄 multitenancy.php
│ ├── 📄 compliance.php
│ ├── 📄 knowledge_lake.php
│ ├── 📄 research_identity.php
│ ├── 📄 realtime.php
│ └── 📄 federated_learning.php
│
├── 📁 Routes/
│ ├── 📄 web.php
│ ├── 📄 api.php
│ ├── 📄 api_v2.php
│ ├── 📄 internal.php
│ ├── 📄 admin.php
│ ├── 📄 graphql.php
│ └── 📄 webhooks.php
│
├── 📁 Tests/
│ ├── 📁 Unit/
│ │ ├── 📁 Domains/
│ │ ├── 📁 Services/
│ │ ├── 📁 KnowledgeLake/
│ │ └── 📁 Agents/
│ ├── 📁 Integration/
│ │ ├── 📁 APIs/
│ │ ├── 📁 Workers/
│ │ └── 📁 Database/
│ ├── 📁 E2E/
│ │ ├── 📁 Auth/
│ │ ├── 📁 ProjectWorkflow/
│ │ └── 📁 AgentExecution/
│ ├── 📁 Performance/
│ │ ├── 📄 APILoadTest.php
│ │ ├── 📄 SearchBenchmark.php
│ │ ├── 📄 GraphTraversalBenchmark.php
│ │ └── 📄 RealtimeBenchmark.php
│ └── 📁 Security/
│ ├── 📄 AuthPenetrationTest.php
│ ├── 📄 InjectionTest.php
│ ├── 📄 AISafetyTest.php
│ └── 📄 RateLimitTest.php
│
├── 📁 Storage/
│ ├── 📁 logs/
│ ├── 📁 uploads/
│ ├── 📁 datasets/
│ ├── 📁 exports/
│ ├── 📁 embeddings/
│ ├── 📁 agent_artifacts/
│ ├── 📁 experiment_runs/
│ ├── 📁 knowledge_lake/
│ └── 📁 backups/
│
├── 📁 Scripts/
│ ├── deploy.sh
│ ├── migrate.sh
│ ├── seed.sh
│ ├── rollback.sh
│ ├── health_check.sh
│ └── reindex.sh
│
├── 📁 DevOps/
│ ├── 📁 docker/
│ │ ├── Dockerfile.php-app
│ │ ├── Dockerfile.ai-service
│ │ ├── Dockerfile.worker
│ │ ├── Dockerfile.scheduler
│ │ ├── Dockerfile.lake-ingestor
│ │ ├── ⚙️ docker-compose.yml
│ │ └── ⚙️ docker-compose.prod.yml
│ ├── 📁 kubernetes/
│ │ ├── namespace.yaml
│ │ ├── 📁 deployments/
│ │ │ ├── php-app.yaml
│ │ │ ├── ai-service.yaml
│ │ │ ├── worker.yaml
│ │ │ ├── scheduler.yaml
│ │ │ ├── websocket.yaml
│ │ │ └── lake-ingestor.yaml
│ │ ├── 📁 services/
│ │ ├── 📁 ingress/
│ │ ├── 📁 hpa/
│ │ ├── 📁 configmaps/
│ │ └── 📁 secrets/
│ ├── 📁 terraform/
│ │ ├── main.tf
│ │ ├── variables.tf
│ │ ├── outputs.tf
│ │ └── 📁 modules/
│ │ ├── 📁 kubernetes/
│ │ ├── 📁 database/
│ │ ├── 📁 storage/
│ │ └── 📁 networking/
│ └── 📁 helm/
│ └── 📁 scholarflow/
│ ├── Chart.yaml
│ ├── values.yaml
│ └── 📁 templates/
│
├── 📁 Documentation/
│ ├── 📁 API/
│ │ ├── openapi.yaml
│ │ └── ⚙️ postman_collection.json
│ ├── 📁 Architecture/
│ │ ├── 📁 ADR/
│ │ │ ├── ADR-001-php-monolith.md
│ │ │ ├── ADR-002-neo4j-choice.md
│ │ │ ├── ADR-003-vector-store.md
│ │ │ ├── ADR-004-knowledge-lake.md
│ │ │ └── ADR-005-realtime-engine.md
│ │ ├── 📁 diagrams/
│ │ └── system_design.md
│ └── 📁 Runbooks/
│ ├── incident_response.md
│ ├── database_failover.md
│ └── scaling_procedures.md
│
├── 📁 .github/
│ ├── 📁 workflows/
│ │ ├── ⚙️ ci.yml
│ │ ├── ⚙️ cd-staging.yml
│ │ ├── ⚙️ cd-production.yml
│ │ └── ⚙️ security-scan.yml
│ ├── CODEOWNERS
│ ├── pull_request_template.md
│ └── 📁 issue_templates/
│
├── 📁 public/
│ ├── 📄 index.php
│ └── 📁 assets/
│
├── 📁 vendor/
├── 📁 node_modules/
├── ⚙️ .env.example
├── ⚙️ composer.json
├── ⚙️ package.json
├── phpunit.xml
├── phpstan.neon
├── ⚙️ .phpcs.xml
└── README.md
📁 config/
│ ├── 📄 app.php
│ ├── 📄 database.php
│ ├── 📄 ai.php
│ ├── 📄 auth.php
│ ├── 📄 cache.php
│ ├── 📄 services.php
│ └── 📄 logging.php
📁 public/
│ ├── 📄 index.php
│ ├── ⚙️ .htaccess
│ └── robots.txt
📁 tests/
│ ├── 📁 Unit/
│ ├── 📁 Feature/
│ ├── 📁 Integration/
│ └── 📄 TestCase.php
📁 storage/
│ ├── 📁 app/
│ ├── 📁 framework/
│ └── 📁 logs/
📁 resources/
│ ├── 📁 lang/
│ └── 📁 views/
📁 docker/
│ ├── 📁 php/
│ │ └── Dockerfile
│ ├── 📁 nginx/
│ │ └── default.conf
│ └── ⚙️ docker-compose.yml
📁 .github/
│ └── 📁 workflows/
│ ├── ⚙️ ci.yml
│ └── ⚙️ cd.yml
⚙️ .env.example
⚙️ composer.json
⚙️ package.json
README.md
Core Architectural Code Stubs
app/Core/Kernel/ApplicationKernel.php
container = new ServiceContainer();
$this->loadModules();
return $this;
}
private function loadModules() {
$loader = new ModuleLoader($this->container);
$this->modules = $loader->loadAll();
}
public function handle(Request $request) {
$router = $this->container->get(Router::class);
return $router->dispatch($request);
}
}
app/Core/Http/Router.php
routes[] = [
'method' => $method,
'path' => $path,
'handler' => $handler,
'middleware' => $middleware
];
}
public function dispatch(Request $request) {
foreach ($this->routes as $route) {
if ($this->matches($route, $request)) {
return $this->runRoute($route, $request);
}
}
throw new NotFoundException();
}
}
app/Core/Security/AuthManager.php
session = $session;
$this->userRepository = $userRepo;
}
public function login($credentials) {
$user = $this->userRepository->findByEmail($credentials['email']);
if ($user && password_verify($credentials['password'], $user->password)) {
$this->session->set('user_id', $user->id);
return true;
}
return false;
}
public function user() {
if ($id = $this->session->get('user_id')) {
return $this->userRepository->find($id);
}
return null;
}
}
Frontend/Pages/Dashboard/DashboardPage.jsx
import React, { useEffect, useState } from 'react';
import { useAuth } from '../../Hooks/useAuth';
import Sidebar from '../../Components/Navigation/Sidebar';
import MetricsRow from './MetricsRow';
import AISuggestionPanel from './AISuggestionPanel';
const DashboardPage = () => {
const { user } = useAuth();
const [metrics, setMetrics] = useState(null);
useEffect(() => {
fetch('/api/dashboard/metrics')
.then(res => res.json())
.then(data => setMetrics(data));
}, []);
return (
Welcome back, {user?.name}
);
};
export default DashboardPage;
ScholarFlow Project Structure
This document outlines the complete, 'perfect' structure for the ScholarFlow research platform, including core backend, frontend, infrastructure, and DevOps components.
Legend
📁 Directory (Blue)
📄 PHP File (Green)
⚛️ React/JSX File (Orange)
⚙️ Config/DevOps (Gray)
Full Directory Structure
📁 scholarflow/
│
├── 📁 app/
│ │
│ ├── 📁 Core/
│ │ ├── 📁 Bootstrap/
│ │ │ ├── 📄 RuntimeLoader.php
│ │ │ ├── 📄 EnvironmentLoader.php
│ │ │ └── 📄 ErrorHandler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Kernel/
│ │ │ ├── 📄 ApplicationKernel.php
│ │ │ ├── 📄 ServiceContainer.php
│ │ │ ├── 📄 ModuleLoader.php
│ │ │ ├── 📄 ConsoleKernel.php
│ │ │ └── 📄 WorkerKernel.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Http/
│ │ │ ├── 📄 Router.php
│ │ │ ├── 📄 Request.php
│ │ │ ├── 📄 Response.php
│ │ │ ├── 📄 Controller.php
│ │ │ ├── 📄 MiddlewarePipeline.php
│ │ │ ├── 📄 StreamingResponse.php
│ │ │ ├── 📄 SSEResponse.php
│ │ │ └── 📁 Middleware/
│ │ │ ├── 📄 AuthMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CSRFMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 RateLimitMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 TenantMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CORSMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 LoggingMiddleware.php
│ │ │ ├── 📄 CompressionMiddleware.php
│ │ │ └── 📄 MaintenanceModeMiddleware.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Security/
│ │ │ ├── 📄 AuthManager.php
│ │ │ ├── 📄 CSRFProtection.php
│ │ │ ├── 📄 EncryptionManager.php
│ │ │ ├── 📄 TokenManager.php
│ │ │ ├── 📄 PasswordManager.php
│ │ │ ├── 📄 MFAManager.php
│ │ │ ├── 📄 PasskeyManager.php
│ │ │ ├── 📄 IPReputationChecker.php
│ │ │ ├── 📄 BruteForceProtector.php
│ │ │ ├── 📄 SSRFGuard.php
│ │ │ ├── 📄 ContentSecurityPolicy.php
│ │ │ ├── 📄 FileUploadSanitizer.php
│ │ │ ├── 📄 PromptInjectionGuard.php
│ │ │ └── 📄 APIKeyManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Session/
│ │ │ ├── 📄 SessionManager.php
│ │ │ ├── 📄 CookieHandler.php
│ │ │ └── 📁 SessionStore/
│ │ │ ├── 📄 RedisSessionStore.php
│ │ │ └── 📄 DatabaseSessionStore.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Cache/
│ │ │ ├── 📄 CacheManager.php
│ │ │ ├── 📄 MemoryCache.php
│ │ │ ├── 📄 RedisCache.php
│ │ │ ├── 📄 NullCache.php
│ │ │ └── 📄 CacheTagManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Logging/
│ │ │ ├── 📄 Logger.php
│ │ │ ├── 📄 LogRotationManager.php
│ │ │ ├── 📄 StructuredLogger.php
│ │ │ ├── 📄 AuditLogger.php
│ │ │ └── 📁 Handlers/
│ │ │ ├── 📄 ElasticsearchHandler.php
│ │ │ ├── 📄 SlackAlertHandler.php
│ │ │ └── 📄 SentryHandler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 EventDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 EventBus.php
│ │ │ ├── 📄 EventStore.php
│ │ │ ├── 📄 DomainEvent.php
│ │ │ ├── 📄 EventSubscriber.php
│ │ │ └── 📄 AsyncEventPublisher.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Observability/
│ │ │ ├── 📄 HealthCheckManager.php
│ │ │ ├── 📄 MetricsCollector.php
│ │ │ ├── 📄 TraceManager.php
│ │ │ ├── 📄 PerformanceProfiler.php
│ │ │ ├── 📄 SlowQueryDetector.php
│ │ │ └── 📁 Probes/
│ │ │ ├── 📄 LivenessProbe.php
│ │ │ ├── 📄 ReadinessProbe.php
│ │ │ └── 📄 StartupProbe.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Multitenancy/
│ │ │ ├── 📄 TenantResolver.php
│ │ │ ├── 📄 TenantContext.php
│ │ │ ├── 📄 TenantManager.php
│ │ │ ├── 📄 TenantIsolator.php
│ │ │ ├── 📄 TenantProvisioner.php
│ │ │ ├── 📄 TenantMigrationRunner.php
│ │ │ └── 📄 TenantOffboarder.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Extensions/
│ │ │ ├── 📄 PluginRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 PluginManifest.php
│ │ │ ├── 📄 PluginLoader.php
│ │ │ ├── 📄 HookSystem.php
│ │ │ ├── 📄 PluginSandbox.php
│ │ │ └── 📄 ExtensionMarketplace.php
│ │ │
│ │ └── 📁 Pipeline/
│ │ ├── 📄 Pipeline.php
│ │ ├── 📄 PipelineStage.php
│ │ └── 📄 PipelineResult.php
│ │
│ ├── 📁 Contracts/
│ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ ├── 📄 IUserRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IProjectRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IDatasetRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IPaperRepository.php
│ │ │ ├── 📄 IKnowledgeGraphRepository.php
│ │ │ └── 📄 IGrantRepository.php
│ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ ├── 📄 IAuthService.php
│ │ │ ├── 📄 ISearchService.php
│ │ │ ├── 📄 IStorageService.php
│ │ │ ├── 📄 INotificationService.php
│ │ │ ├── 📄 IEmailService.php
│ │ │ └── 📄 IExportService.php
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── 📄 IModelProvider.php
│ │ │ ├── 📄 IAgentExecutor.php
│ │ │ ├── 📄 IEmbeddingProvider.php
│ │ │ ├── 📄 IVectorStore.php
│ │ │ └── 📄 IInferenceEngine.php
│ │ └── 📁 Infrastructure/
│ │ ├── 📄 ICacheDriver.php
│ │ ├── 📄 IStorageDriver.php
│ │ ├── 📄 IQueueDriver.php
│ │ └── 📄 IDatabaseDriver.php
│ │
│ ├── 📁 Exceptions/
│ │ ├── 📄 DomainException.php
│ │ ├── 📄 ValidationException.php
│ │ ├── 📄 AuthenticationException.php
│ │ ├── 📄 AuthorizationException.php
│ │ ├── 📄 NotFoundException.php
│ │ ├── 📄 RateLimitException.php
│ │ ├── 📄 AIServiceException.php
│ │ ├── 📄 AgentException.php
│ │ ├── 📄 InfrastructureException.php
│ │ ├── 📄 TenantException.php
│ │ ├── 📄 PaymentException.php
│ │ ├── 📄 StorageException.php
│ │ └── 📄 ExternalAPIException.php
│ │
│ ├── 📁 Domains/
│ │ ├── 📁 Identity/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 User.php
│ │ │ │ ├── 📄 Institution.php
│ │ │ │ ├── 📄 Profile.php
│ │ │ │ ├── 📄 OAuthAccount.php
│ │ │ │ ├── 📄 ApiKey.php
│ │ │ │ └── 📄 UserPreferences.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ ├── 📄 UserRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 UserService.php
│ │ │ │ ├── 📄 InstitutionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProfileService.php
│ │ │ │ ├── 📄 OrcidSyncService.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpersonationService.php
│ │ │ ├── 📁 Policies/
│ │ │ │ ├── 📄 UserPolicy.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionPolicy.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 UserRegistered.php
│ │ │ ├── 📄 UserSuspended.php
│ │ │ └── 📄 InstitutionProvisioned.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 ResearchProjects/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 ResearchProject.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectMember.php
│ │ │ │ ├── 📄 Milestone.php
│ │ │ │ ├── 📄 Methodology.php
│ │ │ │ ├── 📄 ResearchNote.php
│ │ │ │ └── 📄 ProjectTemplate.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 MilestoneRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MilestoneService.php
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateService.php
│ │ │ │ └── 📄 ProjectAnalyticsService.php
│ │ │ ├── 📁 Workflows/
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectStateMachine.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewWorkflow.php
│ │ │ │ └── 📄 PublicationWorkflow.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 ProjectCreated.php
│ │ │ ├── 📄 ProjectPublished.php
│ │ │ └── 📄 MemberInvited.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Collaboration/
│ │ │ ├── 📁 Messaging/
│ │ │ │ ├── 📄 MessageService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ThreadService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MessageRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 DirectMessageService.php
│ │ │ ├── 📁 Workspace/
│ │ │ │ ├── 📄 WorkspaceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DocumentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 OperationalTransform.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConflictResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 CommentService.php
│ │ │ │ └── 📄 AnnotationService.php
│ │ │ ├── 📁 Presence/
│ │ │ │ ├── 📄 PresenceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 CursorTracker.php
│ │ │ │ └── 📄 ActivityBroadcaster.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 DocumentChanged.php
│ │ │ ├── 📄 CommentAdded.php
│ │ │ └── 📄 CollaboratorJoined.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Knowledge/
│ │ │ ├── 📁 Ontology/
│ │ │ │ ├── 📄 OntologyService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConceptTaxonomy.php
│ │ │ │ ├── 📄 WikidataIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 OntologyMapper.php
│ │ │ ├── 📁 KnowledgeGraph/
│ │ │ │ ├── 📄 GraphService.php
│ │ │ │ ├── 📄 GraphQueryEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 SubgraphExtractor.php
│ │ │ │ ├── 📄 PathFinder.php
│ │ │ │ └── 📄 GraphIngestionPipeline.php
│ │ │ ├── 📁 CitationSystem/
│ │ │ │ ├── 📄 CitationService.php
│ │ │ │ ├── 📄 CitationFormatter.php
│ │ │ │ ├── 📄 DOIResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 CrossRefIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 RetractionWatcher.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PaperIndexed.php
│ │ │ ├── 📄 CitationAdded.php
│ │ │ └── 📄 ConceptLinked.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Dataset/
│ │ │ ├── 📁 DatasetManager/
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetValidator.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatasetQualityScorer.php
│ │ │ │ ├── 📄 FAIRMetadataManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 SchemaInferenceEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 DataPreviewGenerator.php
│ │ │ ├── 📁 Versioning/
│ │ │ │ ├── 📄 VersionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ChecksumService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DeltaStorage.php
│ │ │ │ └── 📄 ProvenanceTracker.php
│ │ │ ├── 📁 DatasetAccess/
│ │ │ │ ├── 📄 AccessControlService.php
│ │ │ │ ├── 📄 EmbargoManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 DUAManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 DownloadTokenService.php
│ │ │ │ └── 📄 ExternalRegistrySync.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 DatasetPublished.php
│ │ │ ├── 📄 VersionCreated.php
│ │ │ └── 📄 DatasetAccessed.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Economy/
│ │ │ ├── 📁 Marketplace/
│ │ │ │ ├── 📄 ListingService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PurchaseService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewService.php
│ │ │ │ ├── 📄 RevenueShareEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 LicenseManager.php
│ │ │ ├── 📁 Grants/
│ │ │ │ ├── 📄 GrantService.php
│ │ │ │ ├── 📄 EligibilityChecker.php
│ │ │ │ ├── 📄 ApplicationManager.php
│ │ │ │ └── 📄 GrantMatchingEngine.php
│ │ │ ├── 📁 Reputation/
│ │ │ │ ├── 📄 ReputationEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReputationFactors.php
│ │ │ │ ├── 📄 BadgeSystem.php
│ │ │ │ └── 📄 LeaderboardService.php
│ │ │ ├── 📁 Billing/
│ │ │ │ ├── 📄 SubscriptionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 InvoiceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 StripeGateway.php
│ │ │ │ ├── 📄 UsageMeteringService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PricingEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 UsageAggregator.php
│ │ │ │ └── 📄 DiscountEngine.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PurchaseCompleted.php
│ │ │ ├── 📄 SubscriptionUpgraded.php
│ │ │ └── 📄 GrantAwarded.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Governance/
│ │ │ ├── 📁 Policies/
│ │ │ │ ├── 📄 PolicyEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 PolicyRepository.php
│ │ │ │ └── 📄 InstitutionalPolicyManager.php
│ │ │ ├── 📁 Moderation/
│ │ │ │ ├── 📄 ModerationService.php
│ │ │ │ ├── 📄 FlagQueue.php
│ │ │ │ ├── 📄 AIPreScreener.php
│ │ │ │ └── 📄 HumanReviewAssigner.php
│ │ │ ├── 📁 Compliance/
│ │ │ │ ├── 📄 GDPRService.php
│ │ │ │ ├── 📄 DataResidencyManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConsentManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 ExportControlChecker.php
│ │ │ │ ├── 📄 IRBWorkflowService.php
│ │ │ │ └── 📄 HIPAAComplianceService.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 PolicyViolationFlagged.php
│ │ │ └── 📄 ComplianceReportGenerated.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 PeerReview/
│ │ │ ├── 📁 Entities/
│ │ │ │ ├── 📄 Submission.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewRound.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewAssignment.php
│ │ │ │ └── 📄 ReviewDecision.php
│ │ │ ├── 📁 Repositories/
│ │ │ │ └── 📄 SubmissionRepository.php
│ │ │ ├── 📁 Services/
│ │ │ │ ├── 📄 SubmissionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ReviewerAssignmentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 BlindReviewService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ConflictOfInterestChecker.php
│ │ │ │ └── 📄 DecisionService.php
│ │ │ ├── 📁 Workflows/
│ │ │ │ ├── 📄 SingleBlindWorkflow.php
│ │ │ │ ├── 📄 DoubleBlindWorkflow.php
│ │ │ │ └── 📄 OpenReviewWorkflow.php
│ │ │ └── 📁 Events/
│ │ │ ├── 📄 SubmissionReceived.php
│ │ │ ├── 📄 ReviewCompleted.php
│ │ │ └── 📄 DecisionMade.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Publishing/
│ │ │ ├── 📁 Manuscript/
│ │ │ │ ├── 📄 ManuscriptService.php
│ │ │ │ ├── 📄 FormattingService.php
│ │ │ │ └── 📄 TemplateLibrary.php
│ │ │ ├── 📁 Submission/
│ │ │ │ ├── 📄 JournalSubmissionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PreprintServerConnector.php
│ │ │ │ └── 📄 SubmissionTrackerService.php
│ │ │ ├── 📁 DOI/
│ │ │ │ ├── 📄 DOIMintingService.php
│ │ │ │ └── 📄 DataCiteConnector.php
│ │ │ └── 📁 Embargoes/
│ │ │ ├── 📄 EmbargoPolicy.php
│ │ │ └── 📄 EmbargoLifterScheduler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── 📁 ResearchImpact/
│ │ │ │ ├── 📄 HIndexCalculator.php
│ │ │ │ ├── 📄 CitationVelocityTracker.php
│ │ │ │ ├── 📄 AltmetricIntegration.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpactReportGenerator.php
│ │ │ ├── 📁 UsageMetrics/
│ │ │ │ ├── 📄 PageViewTracker.php
│ │ │ │ ├── 📄 FeatureUsageTracker.php
│ │ │ │ └── 📄 RetentionAnalyzer.php
│ │ │ └── 📁 TrendAnalysis/
│ │ │ ├── 📄 ResearchTrendDetector.php
│ │ │ ├── 📄 FieldEmergenceTracker.php
│ │ │ └── 📄 CohortAnalyzer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Notifications/
│ │ │ ├── 📁 Channels/
│ │ │ │ ├── 📄 EmailChannel.php
│ │ │ │ ├── 📄 InAppChannel.php
│ │ │ │ ├── 📄 PushChannel.php
│ │ │ │ └── 📄 SMSChannel.php
│ │ │ ├── 📁 Templates/
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateRegistry.php
│ │ │ │ ├── 📄 TemplateRenderer.php
│ │ │ │ └── 📄 LocalizationManager.php
│ │ │ └── 📁 Preferences/
│ │ │ ├── 📄 NotificationPreferenceService.php
│ │ │ └── 📄 DigestScheduler.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Community/
│ │ │ ├── 📁 Forums/
│ │ │ │ ├── 📄 ForumService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ThreadService.php
│ │ │ │ └── 📄 PostModerator.php
│ │ │ ├── 📁 QandA/
│ │ │ │ ├── 📄 QuestionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 AnswerService.php
│ │ │ │ └── 📄 VotingSystem.php
│ │ │ ├── 📁 Mentorship/
│ │ │ │ ├── 📄 MentorMatchingService.php
│ │ │ │ ├── 📄 MentorshipProgramManager.php
│ │ │ │ └── 📄 ProgressTracker.php
│ │ │ └── 📁 Challenges/
│ │ │ ├── 📄 ChallengeService.php
│ │ │ ├── 📄 LeaderboardManager.php
│ │ │ └── 📄 SubmissionEvaluator.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Experiments/
│ │ │ ├── 📁 ExperimentTracker/
│ │ │ │ ├── 📄 ExperimentService.php
│ │ │ │ ├── 📄 RunManager.php
│ │ │ │ └── 📄 ParameterLogger.php
│ │ │ ├── 📁 MetricsLogger/
│ │ │ │ ├── 📄 MetricSeries.php
│ │ │ │ ├── 📄 MetricAggregator.php
│ │ │ │ └── 📄 MetricVisualizer.php
│ │ │ ├── 📁 ArtifactStore/
│ │ │ │ ├── 📄 ArtifactUploader.php
│ │ │ │ ├── 📄 ArtifactVersioner.php
│ │ │ │ └── 📄 ModelCheckpointManager.php
│ │ │ └── 📁 HyperparameterOptimizer/
│ │ │ ├── 📄 GridSearchEngine.php
│ │ │ ├── 📄 BayesianOptimizer.php
│ │ │ └── 📄 EarlyStoppingPolicy.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 PreRegistration/
│ │ │ ├── 📁 ProtocolManager/
│ │ │ │ ├── 📄 ProtocolService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProtocolTemplateLibrary.php
│ │ │ │ └── 📄 AmendmentTracker.php
│ │ │ ├── 📁 TimestampService/
│ │ │ │ ├── 📄 CryptographicStamper.php
│ │ │ │ └── 📄 BlockchainAnchorService.php
│ │ │ ├── 📁 HypothesisVault/
│ │ │ │ ├── 📄 HypothesisLocker.php
│ │ │ │ └── 📄 HypothesisValidator.php
│ │ │ └── 📁 OSFIntegration/
│ │ │ ├── 📄 OSFConnector.php
│ │ │ └── 📄 OSFSyncService.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Integrations/
│ │ │ ├── 📁 Connectors/
│ │ │ │ ├── 📄 ZoteroConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 MendeleyConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 EndNoteConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 GitHubConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 JupyterConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 SlackConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 TeamsConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 ZenodoConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 FigshareConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 OrcidConnector.php
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticScholarConnector.php
│ │ │ │ └── 📄 PubMedConnector.php
│ │ │ ├── 📁 OAuth/
│ │ │ │ ├── 📄 OAuthProviderRegistry.php
│ │ │ │ └── 📄 TokenExchangeService.php
│ │ │ └── 📁 Webhooks/
│ │ │ ├── 📄 InboundWebhookRouter.php
│ │ │ └── 📄 WebhookVerifier.php
│ │ │
│ │ ├── DataCatalog/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 CatalogService.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetCatalogRepository.php
│ │ │ ├── 📄 MetadataIndexer.php
│ │ │ ├── 📄 DataStewardshipManager.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetQualityScore.php
│ │ │ ├── 📄 SchemaRegistry.php
│ │ │ └── 📄 DataOwnershipRegistry.php
│ │ │
│ │ ├── Reproducibility/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 ReproducibilityValidator.php
│ │ │ ├── 📄 EnvironmentSnapshotService.php
│ │ │ ├── 📄 DependencyLockfileManager.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentReplayService.php
│ │ │ └── 📄 ReproducibilityScore.php
│ │ │
│ │ ├── WorkflowTemplates/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 WorkflowTemplateRepository.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowTemplateEngine.php
│ │ │ ├── 📄 TemplateMarketplace.php
│ │ │ └── 📄 TemplateValidator.php
│ │ │
│ │ ├── ExperimentGraph/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 ExperimentGraphBuilder.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentDependencyTracker.php
│ │ │ └── 📄 ExperimentLineageMapper.php
│ │ │
│ │ └── CollaborationTimeline/ ← NEW
│ │ ├── 📄 TimelineService.php
│ │ ├── 📄 ActivityFeedBuilder.php
│ │ └── 📄 TimelineIndexer.php
│ │
│ ├── 📁 Services/
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── 📁 ResearchAI/
│ │ │ │ ├── 📄 LiteratureSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 GapDetectionService.php
│ │ │ │ ├── 📄 BiasDetectionService.php
│ │ │ │ └── 📄 ImpactPredictionService.php
│ │ │ ├── 📁 ModelRegistry/
│ │ │ │ ├── 📄 ModelRegistryService.php
│ │ │ │ ├── 📄 ModelMetadata.php
│ │ │ │ ├── 📄 ModelRouter.php
│ │ │ │ ├── 📄 ABTestRouter.php
│ │ │ │ ├── 📄 FallbackChainManager.php
│ │ │ │ └── 📄 CostOptimizer.php
│ │ │ ├── 📁 InferenceEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 InferenceService.php
│ │ │ │ ├── 📄 PromptBuilder.php
│ │ │ │ ├── 📄 PromptVersionManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 OutputParser.php
│ │ │ │ ├── 📄 StreamingInference.php
│ │ │ │ └── 📄 InferenceCache.php
│ │ │ └── 📁 TrainingEngine/
│ │ │ ├── 📄 FineTuningManager.php
│ │ │ ├── 📄 TrainingJobScheduler.php
│ │ │ ├── 📄 EvaluationHarness.php
│ │ │ └── 📄 ModelCheckpointer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 AISafety/
│ │ │ ├── 📄 PromptFirewall.php
│ │ │ ├── 📄 ModelGuardrails.php
│ │ │ ├── 📄 ToxicityDetector.php
│ │ │ ├── 📄 OutputValidator.php
│ │ │ ├── 📄 HallucinationDetector.php
│ │ │ ├── 📄 AIUsageAuditor.php
│ │ │ ├── 📄 JailbreakDetector.php
│ │ │ ├── 📄 BiasAuditor.php
│ │ │ ├── 📄 SafetyScorecard.php
│ │ │ └── 📄 SafetyPolicyEnforcer.php
│ │ │
│ │ ├── AIGovernance/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 PolicyEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ModelUsagePolicy.php
│ │ │ ├── 📄 PromptPolicyValidator.php
│ │ │ ├── 📄 AgentPolicyEnforcer.php
│ │ │ ├── 📄 SensitiveDataDetector.php
│ │ │ └── 📄 PolicyViolationLogger.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Cognitive/
│ │ │ ├── 📁 ContextEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 ContextBuilder.php
│ │ │ │ ├── 📄 ContextCompressor.php
│ │ │ │ └── 📄 ContextMemoryStore.php
│ │ │ ├── 📁 ReasoningEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 ChainOfThoughtEngine.php
│ │ │ │ ├── 📄 TreeOfThoughtEngine.php
│ │ │ │ └── 📄 ReActFramework.php
│ │ │ ├── 📁 RecommendationEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 CollaborativeFilter.php
│ │ │ │ ├── 📄 ContentBasedFilter.php
│ │ │ │ ├── 📄 HybridRanker.php
│ │ │ │ └── 📄 ColdStartHandler.php
│ │ │ └── 📁 OptimizationEngine/
│ │ │ ├── 📄 HyperparameterOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowOptimizer.php
│ │ │ └── 📄 ResourceAllocator.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Agents/
│ │ │ ├── 📁 AgentRuntime/
│ │ │ │ ├── 📄 AgentExecutor.php
│ │ │ │ ├── 📄 AgentContext.php
│ │ │ │ ├── 📄 AgentLifecycleManager.php
│ │ │ │ └── 📄 AgentProgressReporter.php
│ │ │ ├── 📁 AgentPlanner/
│ │ │ │ ├── 📄 TaskDecomposer.php
│ │ │ │ ├── 📄 DAGPlanner.php
│ │ │ │ ├── 📄 DependencyResolver.php
│ │ │ │ └── 📄 PlanOptimizer.php
│ │ │ ├── 📁 AgentMemory/
│ │ │ │ ├── 📄 ShortTermMemory.php
│ │ │ │ ├── 📄 LongTermMemory.php
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticMemory.php
│ │ │ │ └── 📄 MemoryConsolidator.php
│ │ │ ├── 📁 AgentTools/
│ │ │ │ ├── 📄 ToolRegistry.php
│ │ │ │ ├── 📄 ToolPermissionGuard.php
│ │ │ │ ├── 📄 WebSearchTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatabaseReadTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 DatabaseWriteTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 CodeExecutionTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 FileReadTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 APICallTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 GraphQueryTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 VectorSearchTool.php
│ │ │ │ ├── 📄 ComputationTool.php
│ │ │ │ └── 📄 EmailSendTool.php
│ │ │ └── 📁 AgentGovernance/
│ │ │ ├── 📄 AgentAuditLogger.php
│ │ │ ├── 📄 HumanInLoopGateway.php
│ │ │ ├── 📄 AgentRateLimiter.php
│ │ │ └── 📄 AgentPermissionPolicy.php
│ │ │
│ │ ├── FeatureStore/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 FeatureRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureMaterializer.php
│ │ │ ├── 📄 FeaturePipeline.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureVersionManager.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureServingAPI.php
│ │ │ ├── 📄 OfflineFeatureStore.php
│ │ │ └── 📄 OnlineFeatureStore.php
│ │ │
│ │ ├── DataPrivacy/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 PrivacyVault.php
│ │ │ ├── 📄 PIIClassifier.php
│ │ │ ├── 📄 DataMaskingService.php
│ │ │ ├── 📄 SecureEnclaveManager.php
│ │ │ └── 📄 PrivacyRiskScorer.php
│ │ │
│ │ ├── CostIntelligence/ ← NEW
│ │ │ ├── 📄 CostTracker.php
│ │ │ ├── 📄 ModelUsageCostAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📄 ComputeCostOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 BudgetGuard.php
│ │ │ └── 📄 CostForecastEngine.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Search/
│ │ │ ├── 📁 SemanticSearchEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 SemanticSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 VectorSearchService.php
│ │ │ │ ├── 📄 HybridSearchService.php
│ │ │ │ └── 📄 IndexManager.php
│ │ │ ├── 📁 QueryPlanner/
│ │ │ │ ├── 📄 QueryParser.php
│ │ │ │ ├── 📄 IntentClassifier.php
│ │ │ │ ├── 📄 QueryExpander.php
│ │ │ │ └── 📄 SynonymRegistry.php
│ │ │ └── 📁 RankingEngine/
│ │ │ ├── 📄 BM25Ranker.php
│ │ │ ├── 📄 NeuralReranker.php
│ │ │ ├── 📄 PersonalizedRanker.php
│ │ │ └── 📄 SearchAnalyticsTracker.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Compute/
│ │ │ ├── 📁 ComputeOrchestrator/
│ │ │ │ ├── 📄 ComputeScheduler.php
│ │ │ │ ├── 📄 ResourceAllocator.php
│ │ │ │ └── 📄 ComputeJobTracker.php
│ │ │ ├── 📁 GPUClusterManager/
│ │ │ │ ├── 📄 GPUNodeManager.php
│ │ │ │ ├── 📄 SpotInstanceManager.php
│ │ │ │ └── 📄 GPUMemoryAllocator.php
│ │ │ └── 📁 SimulationEngine/
│ │ │ ├── 📄 SimulationRunner.php
│ │ │ ├── 📄 SandboxedEnvironment.php
│ │ │ └── 📄 ResultCollector.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Impact/
│ │ │ ├── 📁 ImpactPredictionEngine/
│ │ │ │ ├── 📄 CitationForecastModel.php
│ │ │ │ ├── 📄 JournalFitScorer.php
│ │ │ │ └── 📄 BroaderImpactAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📁 InfluenceGraph/
│ │ │ │ ├── 📄 InfluenceMapper.php
│ │ │ │ └── 📄 IntellectualLineageTracer.php
│ │ │ └── 📁 PolicyImpactTracker/
│ │ │ ├── 📄 PolicyMentionDetector.php
│ │ │ └── 📄 CivicImpactScore.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Export/
│ │ │ ├── 📄 PDFExporter.php
│ │ │ ├── 📄 LaTeXExporter.php
│ │ │ ├── 📄 WordExporter.php
│ │ │ ├── 📄 BibTeXExporter.php
│ │ │ ├── 📄 RISExporter.php
│ │ │ ├── 📄 CSVExporter.php
│ │ │ └── 📄 CSLFormatter.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Email/
│ │ │ ├── 📄 MailProvider.php
│ │ │ ├── 📄 MailgunDriver.php
│ │ │ ├── 📄 SESDriver.php
│ │ │ ├── 📄 PostmarkDriver.php
│ │ │ ├── 📄 TemplateRenderer.php
│ │ │ ├── 📄 DeliveryTracker.php
│ │ │ └── 📄 UnsubscribeManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── 📄 EventTracker.php
│ │ │ ├── 📄 FunnelAnalyzer.php
│ │ │ ├── 📄 CohortEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ReportBuilder.php
│ │ │ └── 📄 DashboardDataService.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Notification/
│ │ │ ├── 📄 NotificationRouter.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 PushNotificationService.php
│ │ │ ├── 📄 InAppNotificationService.php
│ │ │ └── 📄 NotificationBatcher.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 DataPipeline/
│ │ │ ├── 📄 PipelineOrchestrator.php
│ │ │ ├── 📄 TransformationEngine.php
│ │ │ ├── 📄 ValidationPipeline.php
│ │ │ ├── 📄 ProvenanceTracker.php
│ │ │ └── 📄 ETLJobManager.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 FeatureFlags/
│ │ │ ├── 📄 FlagManager.php
│ │ │ ├── 📄 ExperimentEngine.php
│ │ │ ├── 📄 RolloutController.php
│ │ │ ├── 📄 FlagRepository.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureRegistry.php
│ │ │ └── 📄 AudienceSegmenter.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 NLP/
│ │ │ ├── 📄 TokenizerService.php
│ │ │ ├── 📄 EntityExtractor.php
│ │ │ ├── 📄 LanguageDetector.php
│ │ │ ├── 📄 SummarizationEngine.php
│ │ │ ├── 📄 KeywordExtractor.php
│ │ │ └── 📄 SentimentAnalyzer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Orchestration/
│ │ │ ├── 📄 ResearchOrchestrator.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowGraph.php
│ │ │ ├── 📄 CheckpointManager.php
│ │ │ ├── 📄 WorkflowScheduler.php
│ │ │ └── 📄 HumanInLoopGateway.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 SystematicReview/
│ │ │ ├── 📄 PICOFramework.php
│ │ │ ├── 📄 PRISMAFlowEngine.php
│ │ │ ├── 📄 StudyScreeningEngine.php
│ │ │ ├── 📄 QualityAssessmentEngine.php
│ │ │ └── 📄 GRADESynthesizer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 FederatedLearning/
│ │ │ ├── 📄 FederationCoordinator.php
│ │ │ ├── 📄 GradientAggregator.php
│ │ │ ├── 📄 DifferentialPrivacyEngine.php
│ │ │ ├── 📄 SecureAggregationProtocol.php
│ │ │ └── 📄 ModelMerger.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 SecurityMonitoring/
│ │ │ ├── 📄 IntrusionDetectionSystem.php
│ │ │ ├── 📄 ThreatIntelFeed.php
│ │ │ ├── 📄 SuspiciousActivityDetector.php
│ │ │ ├── 📄 AnomalyDetector.php
│ │ │ ├── 📄 SecurityIncidentManager.php
│ │ │ ├── 📄 VulnerabilityScanner.php
│ │ │ └── 📄 SOCAlertDispatcher.php
│ │ │
│ │ └── 📁 DataLineage/
│ │ ├── 📄 LineageTracker.php
│ │ ├── 📄 TransformationGraph.php
│ │ ├── 📄 DataImpactAnalyzer.php
│ │ ├── 📄 LineageVisualizer.php
│ │ ├── 📄 UpstreamDependencyMapper.php
│ │ └── 📄 DataQualityLineage.php
│ │
│ ├── 📁 Infrastructure/
│ │ ├── 📁 Database/
│ │ │ ├── 📄 ConnectionPool.php
│ │ │ ├── 📄 QueryBuilder.php
│ │ │ ├── 📄 QueryOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 MigrationRunner.php
│ │ │ ├── 📄 TransactionManager.php
│ │ │ ├── 📄 ReadWriteSplitter.php
│ │ │ ├── 📄 ShardRouter.php
│ │ │ └── 📄 DatabaseHealthMonitor.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 GraphInfrastructure/
│ │ │ ├── 📄 GraphDatabaseConnector.php
│ │ │ ├── 📄 Neo4jDriver.php
│ │ │ ├── 📄 GraphQueryOptimizer.php
│ │ │ ├── 📄 GraphIndexManager.php
│ │ │ ├── 📄 GraphCache.php
│ │ │ ├── 📄 GraphConnectionPool.php
│ │ │ ├── 📄 GraphTransactionManager.php
│ │ │ ├── 📄 GraphHealthMonitor.php
│ │ │ └── 📄 GraphMigrationRunner.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 VectorStore/
│ │ │ ├── 📄 VectorStoreManager.php
│ │ │ ├── 📄 EmbeddingPipeline.php
│ │ │ ├── 📄 SimilaritySearch.php
│ │ │ ├── 📄 VectorIndexManager.php
│ │ │ └── 📁 Drivers/
│ │ │ ├── 📄 PgVectorDriver.php
│ │ │ ├── 📄 WeaviateDriver.php
│ │ │ └── 📄 PineconeDriver.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Realtime/
│ │ │ ├── 📄 WebSocketServer.php
│ │ │ ├── 📄 ConnectionManager.php
│ │ │ ├── 📄 ChannelManager.php
│ │ │ ├── 📄 PresenceEngine.php
│ │ │ ├── 📄 EventBroadcaster.php
│ │ │ ├── 📄 CRDTConflictResolver.php
│ │ │ ├── 📄 RoomManager.php
│ │ │ ├── 📄 HeartbeatMonitor.php
│ │ │ ├── 📄 ReconnectionHandler.php
│ │ │ └── 📄 MessageSerializer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Storage/
│ │ │ ├── 📄 FileStorageManager.php
│ │ │ ├── 📄 ObjectStorageConnector.php
│ │ │ ├── 📄 BackupManager.php
│ │ │ ├── 📄 PresignedURLGenerator.php
│ │ │ ├── 📄 ChunkedUploadManager.php
│ │ │ ├── 📄 CDNManager.php
│ │ │ └── 📄 AssetOptimizer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Queue/
│ │ │ ├── 📄 JobQueue.php
│ │ │ ├── 📄 JobDispatcher.php
│ │ │ ├── 📄 WorkerManager.php
│ │ │ ├── 📄 RetryPolicy.php
│ │ │ ├── 📄 DeadLetterQueue.php
│ │ │ └── 📄 QueueMonitor.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Scheduler/
│ │ │ ├── 📄 SchedulerRuntime.php
│ │ │ ├── 📄 CronRegistry.php
│ │ │ └── 📄 DistributedLock.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 ServiceMesh/
│ │ │ ├── 📄 ServiceRegistry.php
│ │ │ ├── 📄 ServiceDiscovery.php
│ │ │ ├── 📄 CircuitBreaker.php
│ │ │ ├── 📄 RetryHandler.php
│ │ │ └── 📄 LoadBalancer.php
│ │ │
│ │ ├── 📁 Search/
│ │ │ ├── 📄 ElasticsearchClient.php
│ │ │ ├── 📄 IndexDefinitionManager.php
│ │ │ ├── 📄 BulkIndexer.php
│ │ │ └── 📄 SearchQueryBuilder.php
│ │ │
│ │ └── Replication/ ← NEW
│ │ ├── 📄 RegionRouter.php
│ │ ├── 📄 MultiRegionSyncManager.php
│ │ ├── 📄 ConflictResolver.php
│ │ └── 📄 ReplicaHealthMonitor.php
│ │
│ ├── 📁 APIs/
│ │ ├── 📁 Public/
│ │ │ ├── 📄 AuthAPI.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ResearchAPI.php
│ │ │ ├── 📄 KnowledgeAPI.php
│ │ │ ├── 📄 AgentAPI.php
│ │ │ ├── 📄 AnalyticsAPI.php
│ │ │ ├── 📄 CommunityAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ExportAPI.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ProfileAPI.php
│ │ │ └── 📄 MarketplaceAPI.php
│ │ ├── 📁 Internal/
│ │ │ ├── 📄 AgentAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ComputeAPI.php
│ │ │ ├── 📄 IndexAPI.php
│ │ │ ├── 📄 TenantProvisioningAPI.php
│ │ │ ├── 📄 HealthAPI.php
│ │ │ └── 📄 FederatedLearningAPI.php
│ │ ├── 📁 Admin/
│ │ │ ├── 📄 UserManagementAPI.php
│ │ │ ├── 📄 SystemConfigAPI.php
│ │ │ ├── 📄 ComplianceAPI.php
│ │ │ ├── 📄 BillingAPI.php
│ │ │ ├── 📄 FeatureFlagAPI.php
│ │ │ └── 📄 AuditLogAPI.php
│ │ ├── 📁 GraphQL/
│ │ │ ├── 📁 Schema/
│ │ │ │ ├── UserSchema.graphql
│ │ │ │ ├── ProjectSchema.graphql
│ │ │ │ ├── DatasetSchema.graphql
│ │ │ │ └── KnowledgeSchema.graphql
│ │ │ ├── 📁 Resolvers/
│ │ │ │ ├── 📄 UserResolver.php
│ │ │ │ ├── 📄 ProjectResolver.php
│ │ │ │ └── 📄 KnowledgeResolver.php
│ │ │ └── 📁 Subscriptions/
│ │ │ ├── 📄 CollaborationSubscription.php
│ │ │ └── 📄 AgentProgressSubscription.php
│ │ ├── 📁 Streaming/
│ │ │ ├── 📄 SSEHandler.php
│ │ │ ├── 📄 StreamingResponseBuilder.php
│ │ │ └── 📄 AIStreamingEndpoint.php
│ │ └── 📁 Webhooks/
│ │ ├── 📄 PaymentWebhook.php
│ │ ├── 📄 EventWebhook.php
│ │ ├── 📄 OrcidWebhook.php
│ │ ├── 📄 GitHubWebhook.php
│ │ ├── 📄 StripeWebhook.php
│ │ └── 📄 SemanticScholarWebhook.php
│ │
│ ├── 📁 Workers/
│ │ ├── 📁 QueueWorkers/
│ │ │ ├── 📄 EmailWorker.php
│ │ │ ├── 📄 AIWorker.php
│ │ │ ├── 📄 DatasetProcessingWorker.php
│ │ │ ├── 📄 GraphIndexWorker.php
│ │ │ ├── 📄 EmbeddingWorker.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationWorker.php
│ │ │ ├── 📄 CitationSyncWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ReportGenerationWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ThumbnailWorker.php
│ │ │ ├── 📄 ExportWorker.php
│ │ │ ├── 📄 PlagiarismCheckWorker.php
│ │ │ ├── KnowledgeLakeWorker.php ← NEW
│ │ │ └── 📄 CleanupWorker.php
│ │ ├── 📁 EventConsumers/
│ │ │ ├── 📄 KnowledgeEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 CollaborationEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 EconomyEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 NotificationEventConsumer.php
│ │ │ ├── 📄 AnalyticsEventConsumer.php
│ │ │ ├── SecurityEventConsumer.php ← NEW
│ │ │ └── 📄 AuditEventConsumer.php
│ │ └── 📁 Schedulers/
│ │ ├── 📄 DailyAnalytics.php
│ │ ├── 📄 DatasetReindex.php
│ │ ├── 📄 KnowledgeRefresh.php
│ │ ├── 📄 CitationCountUpdater.php
│ │ ├── 📄 ReputationScoreUpdater.php
│ │ ├── 📄 EmbeddingRefresher.php
│ │ ├── 📄 GrantDeadlineNotifier.php
│ │ ├── 📄 EmbargoLifter.php
│ │ ├── 📄 TokenCleanup.php
│ │ ├── KnowledgeLakeIngestor.php ← NEW
│ │ └── 📄 SystemHealthReporter.php
│ │
│ └── 📁 Agents/
│ ├── 📁 LiteratureReviewAgent/
│ │ ├── 📄 LiteratureReviewAgent.php
│ │ ├── 📄 PaperClusterer.php
│ │ └── 📄 SummaryGenerator.php
│ ├── 📁 MethodologyAdvisorAgent/
│ │ ├── 📄 MethodologyAdvisorAgent.php
│ │ ├── 📄 DesignSelector.php
│ │ └── 📄 FrameworkMatcher.php
│ ├── 📁 StatisticalAdvisorAgent/
│ │ ├── 📄 StatisticalAdvisorAgent.php
│ │ ├── 📄 TestSelector.php
│ │ └── 📄 AssumptionChecker.php
│ ├── 📁 ResearchGapAgent/
│ │ ├── 📄 ResearchGapAgent.php
│ │ ├── 📄 GapScorer.php
│ │ └── 📄 OpportunityRanker.php
│ ├── 📁 WritingAssistantAgent/
│ │ ├── 📄 WritingAssistantAgent.php
│ │ ├── 📄 AbstractGenerator.php
│ │ ├── 📄 StructureAdvisor.php
│ │ └── 📄 StyleGuideEnforcer.php
│ ├── 📁 DiscoveryAgent/
│ │ ├── 📄 DiscoveryAgent.php
│ │ ├── 📄 ResearcherMatcher.php
│ │ └── 📄 DatasetRecommender.php
│ ├── 📁 PeerReviewAgent/
│ │ ├── 📄 PeerReviewAgent.php
│ │ ├── 📄 ReviewGeneratorAgent.php
│ │ ├── 📄 PlagiarismDetectorAgent.php
│ │ └── 📄 ReviewerSuggester.php
│ ├── 📁 DataCleaningAgent/
│ │ ├── 📄 DataCleaningAgent.php
│ │ ├── 📄 OutlierDetectorAgent.php
│ │ ├── 📄 SchemaInferenceAgent.php
│ │ └── 📄 MissingValueImputer.php
│ ├── 📁 GrantWritingAgent/
│ │ ├── 📄 GrantWritingAgent.php
│ │ ├── 📄 GrantMatcherAgent.php
│ │ ├── 📄 ProposalDrafterAgent.php
│ │ └── 📄 BudgetJustificationAgent.php
│ ├── 📁 ExperimentDesignAgent/
│ │ ├── 📄 ExperimentDesignAgent.php
│ │ ├── 📄 PowerAnalysisAgent.php
│ │ ├── 📄 ControlGroupDesignerAgent.php
│ │ └── 📄 SampleSizeCalculator.php
│ ├── 📁 CitationVerificationAgent/
│ │ ├── 📄 CitationVerificationAgent.php
│ │ ├── 📄 RetractionCheckerAgent.php
│ │ ├── 📄 DOIResolverAgent.php
│ │ └── 📄 CitationContextVerifier.php
│ ├── 📁 TrendForecastingAgent/
│ │ ├── 📄 TrendForecastingAgent.php
│ │ ├── 📄 TopicModelingAgent.php
│ │ └── 📄 EmergingFieldDetectorAgent.php
│ ├── 📁 ReproducibilityAgent/
│ │ ├── 📄 ReproducibilityAgent.php
│ │ ├── 📄 CodeAuditAgent.php
│ │ ├── 📄 DataSufficiencyAgent.php
│ │ └── 📄 EnvironmentReplicator.php
│ └── 📁 TranslationAgent/
│ ├── 📄 TranslationAgent.php
│ ├── 📄 AbstractTranslatorAgent.php
│ └── 📄 CrossLanguageSearchAgent.php
│
├── KnowledgeLake/ ← NEW TOP-LEVEL
│ ├── 📁 Ingestion/
│ │ ├── 📄 PaperIngestor.php
│ │ ├── 📄 DatasetIngestor.php
│ │ ├── 📄 PatentIngestor.php
│ │ ├── 📄 GrantIngestor.php
│ │ ├── 📄 ConferenceIngestor.php
│ │ ├── 📄 ThesisIngestor.php
│ │ ├── 📄 BookIngestor.php
│ │ └── 📄 ClinicalTrialIngestor.php
│ ├── 📁 Normalization/
│ │ ├── 📄 MetadataNormalizer.php
│ │ ├── 📄 CitationParser.php
│ │ ├── 📄 AuthorDisambiguator.php
│ │ ├── 📄 InstitutionResolver.php
│ │ ├── 📄 DateNormalizer.php
│ │ ├── 📄 LanguageNormalizer.php
│ │ └── 📄 SchemaMapper.php
│ ├── 📁 Deduplication/
│ │ ├── 📄 DuplicateDetector.php
│ │ ├── 📄 SimilarityMatcher.php
│ │ ├── 📄 FuzzyTitleMatcher.php
│ │ └── 📄 DOICanonicalizer.php
│ ├── 📁 Enrichment/
│ │ ├── 📄 TopicClassifier.php
│ │ ├── 📄 MethodExtractor.php
│ │ ├── 📄 DatasetLinker.php
│ │ ├── 📄 CitationContextExtractor.php
│ │ ├── 📄 KeyphraseEnricher.php
│ │ ├── 📄 AbstractEmbedder.php
│ │ └── 📄 ImpactScoreEnricher.php
│ └── 📁 Pipeline/
│ ├── 📄 LakePipelineOrchestrator.php
│ ├── 📄 IngestionJobScheduler.php
│ ├── 📄 QualityGateChecker.php
│ └── 📄 LakeHealthMonitor.php
│
├── ResearchIdentity/ ← NEW TOP-LEVEL
│ ├── 📄 ORCIDResolver.php
│ ├── 📄 AuthorDisambiguationEngine.php
│ ├── 📄 ResearcherGraph.php
│ ├── 📄 ContributionTracker.php
│ ├── 📄 IdentityTrustScore.php
│ ├── 📄 AffiliationResolver.php
│ ├── 📄 NameVariantDetector.php
│ ├── 📄 CoAuthorshipMapper.php
│ ├── 📄 ResearcherProfileSynthesizer.php
│ └── 📄 IdentityMergeEngine.php
│
├── 📁 Frontend/
│ ├── 📁 Pages/
│ │ ├── 📁 Landing/
│ │ │ ├── ⚛️ HeroSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FeaturesSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PricingSection.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ TestimonialsSection.jsx
│ │ │ └── ⚛️ CTASection.jsx
│ │ ├── 📁 Auth/
│ │ │ ├── ⚛️ Login.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Register.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ForgotPassword.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MFASetup.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PasskeyEnrollment.jsx
│ │ ├── 📁 Onboarding/
│ │ │ ├── ⚛️ WelcomeWizard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProfileSetup.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ InstitutionSetup.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PreferencesSetup.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ProductTour.jsx
│ │ ├── 📁 Dashboard/
│ │ │ ├── ⚛️ DashboardPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ActivityFeed.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MetricsRow.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AISuggestionPanel.jsx
│ │ ├── 📁 Workspace/
│ │ │ ├── ⚛️ WorkspacePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DocumentEditor.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SplitPaneLayout.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AIAssistantPanel.jsx
│ │ ├── 📁 ResearchProjects/
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectsListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProjectCreatePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MilestoneTracker.jsx
│ │ │ └── ⚛️ TeamManagement.jsx
│ │ ├── 📁 DatasetLibrary/
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetUploadPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetPreviewTable.jsx
│ │ │ └── ⚛️ VersionHistoryPanel.jsx
│ │ ├── 📁 KnowledgeExplorer/
│ │ │ ├── ⚛️ KnowledgeExplorerPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ GraphCanvas.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PaperDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ConceptDetailPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ CitationPathFinder.jsx
│ │ ├── 📁 KnowledgeLake/
│ │ │ ├── ⚛️ LakeExplorerPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ IngestionStatusPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DeduplicationReviewPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ LakeHealthDashboard.jsx
│ │ ├── 📁 ResearchIdentity/
│ │ │ ├── ⚛️ ResearcherIdentityPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ContributionTimelinePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CoAuthorshipGraphPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ IdentityVerificationPage.jsx
│ │ ├── 📁 AISafety/
│ │ │ ├── ⚛️ SafetyDashboardPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PromptAuditLogPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ GuardrailConfigPage.jsx
│ │ ├── 📁 Marketplace/
│ │ │ ├── ⚛️ MarketplacePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ListingDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CreateListingPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PurchaseFlow.jsx
│ │ ├── 📁 Analytics/
│ │ │ ├── ⚛️ AnalyticsDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ImpactDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CitationTrends.jsx
│ │ │ └── ⚛️ UsageReports.jsx
│ │ ├── 📁 Profile/
│ │ │ ├── ⚛️ ResearcherProfilePage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ PublicationsList.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CollaboratorGraph.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ExpertiseMap.jsx
│ │ ├── 📁 PeerReview/
│ │ │ ├── ⚛️ SubmissionPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ReviewerDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ReviewFormPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ DecisionPage.jsx
│ │ ├── 📁 Community/
│ │ │ ├── ⚛️ ForumsPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ThreadPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ QandAPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MentorshipPage.jsx
│ │ ├── 📁 Grants/
│ │ │ ├── ⚛️ GrantsDiscoveryPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ GrantDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ApplicationPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ApplicationTrackerPage.jsx
│ │ ├── 📁 Agents/
│ │ │ ├── ⚛️ AgentLibraryPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentTaskLauncherPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentRunHistoryPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ AgentDetailPage.jsx
│ │ ├── 📁 Publishing/
│ │ │ ├── ⚛️ ManuscriptEditorPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SubmissionFlowPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ PublicationStatusPage.jsx
│ │ ├── 📁 PreRegistration/
│ │ │ ├── ⚛️ PreRegisterPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ProtocolBuilderPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ RegistryBrowserPage.jsx
│ │ ├── 📁 Experiments/
│ │ │ ├── ⚛️ ExperimentsListPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ExperimentDetailPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ RunComparatorPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MetricsChartPanel.jsx
│ │ ├── 📁 DataLineage/
│ │ │ ├── ⚛️ LineageExplorerPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ TransformationGraphPage.jsx
│ │ ├── 📁 Admin/
│ │ │ ├── ⚛️ AdminDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ UserManagementPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SystemHealthPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ ComplianceDashboard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FeatureFlagsPage.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SecurityMonitoringPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ BillingOverviewPage.jsx
│ │ ├── 📁 Notifications/
│ │ │ ├── ⚛️ NotificationCenterPage.jsx
│ │ │ └── ⚛️ NotificationPreferencesPage.jsx
│ │ └── 📁 Settings/
│ │ ├── ⚛️ AccountSettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ SecuritySettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ BillingSettingsPage.jsx
│ │ ├── ⚛️ IntegrationsPage.jsx
│ │ └── ⚛️ InstitutionSettingsPage.jsx
│ │
│ ├── 📁 Components/
│ │ ├── 📁 Navigation/
│ │ │ ├── ⚛️ TopNav.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Sidebar.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ Breadcrumb.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CommandPalette.jsx
│ │ │ └── ⚛️ MobileNav.jsx
│ │ ├── 📁 WorkspaceUI/
│ │ │ ├── ⚛️ RichTextEditor.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ FileTree.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SplitPane.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ChangeTracker.jsx
│ │ ├── 📁 GraphVisualizer/
│ │ │ ├── ⚛️ GraphCanvas.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ NodeDetailCard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ EdgeLabeler.jsx
│ │ │ └── ⚛️ GraphTimeline.jsx
│ │ ├── 📁 CollaborationTools/
│ │ │ ├── ⚛️ PresenceAvatars.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CommentThread.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CursorOverlay.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ConflictResolutionUI.jsx
│ │ ├── 📁 AI/
│ │ │ ├── ⚛️ AIChat.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ AgentStatusCard.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ TaskProgressPanel.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SuggestionBubble.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SafetyIndicator.jsx
│ │ │ └── ⚛️ StreamingTextDisplay.jsx
│ │ ├── 📁 Data/
│ │ │ ├── ⚛️ DataTable.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ DatasetPreview.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ SchemaViewer.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ProvenanceTimeline.jsx
│ │ ├── 📁 Charts/
│ │ │ ├── ⚛️ ImpactChart.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ CitationHeatMap.jsx
│ │ │ ├── ⚛️ MetricsLineChart.jsx
│ │ │ └── ⚛️ ScatterPlot.jsx
│ │ └── 📁 UI/
│ │ ├── ⚛️ StatCard.jsx
│ │ ├── ⚛️ EmptyState.jsx
│ │ ├── ⚛️ SkeletonLoader.jsx
│ │ ├── ⚛️ ErrorBoundary.jsx
│ │ ├── ⚛️ ConfirmDialog.jsx
│ │ ├── ⚛️ ExportModal.jsx
│ │ ├── ⚛️ ShareModal.jsx
│ │ └── ⚛️ ToastSystem.jsx
│ │
│ ├── 📁 DesignSystem/
│ │ ├── 📁 tokens/
│ │ │ ├── ⚛️ colors.ts
│ │ │ ├── ⚛️ typography.ts
│ │ │ ├── ⚛️ spacing.ts
│ │ │ └── ⚛️ shadows.ts
│ │ ├── 📁 foundations/
│ │ │ ├── reset.css
│ │ │ └── globals.css
│ │ └── 📁 storybook/
│ │ ├── 📁 .storybook/
│ │ └── 📁 stories/
│ │
│ ├── 📁 Hooks/
│ │ ├── ⚛️ useAuth.ts
│ │ ├── ⚛️ useWebSocket.ts
│ │ ├── ⚛️ useAgent.ts
│ │ ├── ⚛️ useKnowledgeGraph.ts
│ │ └── ⚛️ useCollaboration.ts
│ │
│ ├── 📁 State/
│ │ ├── ⚛️ authStore.ts
│ │ ├── ⚛️ projectStore.ts
│ │ ├── ⚛️ agentStore.ts
│ │ └── ⚛️ notificationStore.ts
│ │
│ └── 📁 Assets/
│ ├── 📁 CSS/
│ ├── 📁 JS/
│ ├── 📁 Images/
│ └── 📁 Fonts/
│
├── 📁 Database/
│ ├── 📁 Migrations/
│ │ ├── 📄 0001_create_users_table.php
│ │ ├── 📄 0002_create_institutions_table.php
│ │ ├── 📄 0003_create_research_projects_table.php
│ │ ├── 📄 0004_create_datasets_table.php
│ │ ├── 📄 0005_create_papers_table.php
│ │ ├── 📄 0006_create_citations_table.php
│ │ ├── 📄 0007_create_knowledge_graph_tables.php
│ │ ├── 📄 0008_create_agents_tables.php
│ │ ├── 📄 0009_create_economy_tables.php
│ │ ├── 📄 0010_create_compliance_tables.php
│ │ ├── 📄 0011_create_peer_review_tables.php
│ │ ├── 📄 0012_create_publishing_tables.php
│ │ ├── 📄 0013_create_community_tables.php
│ │ ├── 📄 0014_create_notifications_tables.php
│ │ ├── 📄 0015_create_experiments_tables.php
│ │ ├── 📄 0016_create_knowledge_lake_tables.php
│ │ ├── 📄 0017_create_research_identity_tables.php
│ │ └── 📄 0018_create_data_lineage_tables.php
│ ├── 📁 Seeders/
│ │ ├── 📄 DatabaseSeeder.php
│ │ ├── 📄 UserSeeder.php
│ │ ├── 📄 InstitutionSeeder.php
│ │ ├── 📄 ProjectSeeder.php
│ │ └── 📄 KnowledgeGraphSeeder.php
│ └── 📁 Factories/
│ ├── 📄 UserFactory.php
│ ├── 📄 ProjectFactory.php
│ ├── 📄 DatasetFactory.php
│ └── 📄 PaperFactory.php
│
├── 📁 Console/
│ ├── 📁 Commands/
│ │ ├── 📄 ReindexKnowledgeGraph.php
│ │ ├── 📄 SyncCitationsFromAPIs.php
│ │ ├── 📄 RecalculateReputationScores.php
│ │ ├── 📄 ProvisionTenant.php
│ │ ├── 📄 DeprovisionTenant.php
│ │ ├── 📄 RegenerateEmbeddings.php
│ │ ├── 📄 PruneExpiredTokens.php
│ │ ├── 📄 ExportComplianceReport.php
│ │ ├── 📄 SeedGrantsFromFundingAPIs.php
│ │ ├── 📄 RunKnowledgeLakeIngestion.php
│ │ ├── 📄 RebuildResearchIdentityGraph.php
│ │ └── 📄 RunSystemHealthCheck.php
│ └── 📄 Kernel.php
│
├── 📁 Listeners/
│ ├── 📄 SendWelcomeEmail.php
│ ├── 📄 CreateDefaultWorkspace.php
│ ├── 📄 UpdateKnowledgeGraph.php
│ ├── 📄 TrackAnalyticsEvent.php
│ ├── 📄 NotifyProjectMembers.php
│ ├── 📄 UpdateReputationOnCitation.php
│ ├── 📄 TriggerEmbeddingGeneration.php
│ ├── 📄 WriteAuditLog.php
│ ├── 📄 TriggerKnowledgeLakeEnrichment.php
│ ├── 📄 UpdateResearchIdentityGraph.php
│ └── 📄 BroadcastCollaborationEvent.php
│
├── 📁 Notifications/
│ ├── 📄 WelcomeNotification.php
│ ├── 📄 ProjectInviteNotification.php
│ ├── 📄 AgentTaskCompleteNotification.php
│ ├── 📄 NewCitationNotification.php
│ ├── 📄 GrantDeadlineReminderNotification.php
│ ├── 📄 ReviewAssignedNotification.php
│ ├── 📄 DatasetAccessRequestNotification.php
│ └── 📄 SystemAlertNotification.php
│
├── 📁 Config/
│ ├── 📄 app.php
│ ├── 📄 database.php
│ ├── 📄 services.php
│ ├── 📄 features.php
│ ├── 📄 cache.php
│ ├── 📄 queue.php
│ ├── 📄 mail.php
│ ├── 📄 storage.php
│ ├── 📄 security.php
│ ├── 📄 ai.php
│ ├── 📄 ai_safety.php
│ ├── 📄 agents.php
│ ├── 📄 search.php
│ ├── 📄 ratelimits.php
│ ├── 📄 integrations.php
│ ├── 📄 multitenancy.php
│ ├── 📄 compliance.php
│ ├── 📄 knowledge_lake.php
│ ├── 📄 research_identity.php
│ ├── 📄 realtime.php
│ └── 📄 federated_learning.php
│
├── 📁 Routes/
│ ├── 📄 web.php
│ ├── 📄 api.php
│ ├── 📄 api_v2.php
│ ├── 📄 internal.php
│ ├── 📄 admin.php
│ ├── 📄 graphql.php
│ └── 📄 webhooks.php
│
├── 📁 Tests/
│ ├── 📁 Unit/
│ │ ├── 📁 Domains/
│ │ ├── 📁 Services/
│ │ ├── 📁 KnowledgeLake/
│ │ └── 📁 Agents/
│ ├── 📁 Integration/
│ │ ├── 📁 APIs/
│ │ ├── 📁 Workers/
│ │ └── 📁 Database/
│ ├── 📁 E2E/
│ │ ├── 📁 Auth/
│ │ ├── 📁 ProjectWorkflow/
│ │ └── 📁 AgentExecution/
│ ├── 📁 Performance/
│ │ ├── 📄 APILoadTest.php
│ │ ├── 📄 SearchBenchmark.php
│ │ ├── 📄 GraphTraversalBenchmark.php
│ │ └── 📄 RealtimeBenchmark.php
│ └── 📁 Security/
│ ├── 📄 AuthPenetrationTest.php
│ ├── 📄 InjectionTest.php
│ ├── 📄 AISafetyTest.php
│ └── 📄 RateLimitTest.php
│
├── 📁 Storage/
│ ├── 📁 logs/
│ ├── 📁 uploads/
│ ├── 📁 datasets/
│ ├── 📁 exports/
│ ├── 📁 embeddings/
│ ├── 📁 agent_artifacts/
│ ├── 📁 experiment_runs/
│ ├── 📁 knowledge_lake/
│ └── 📁 backups/
│
├── 📁 Scripts/
│ ├── deploy.sh
│ ├── migrate.sh
│ ├── seed.sh
│ ├── rollback.sh
│ ├── health_check.sh
│ └── reindex.sh
│
├── 📁 DevOps/
│ ├── 📁 docker/
│ │ ├── Dockerfile.php-app
│ │ ├── Dockerfile.ai-service
│ │ ├── Dockerfile.worker
│ │ ├── Dockerfile.scheduler
│ │ ├── Dockerfile.lake-ingestor
│ │ ├── ⚙️ docker-compose.yml
│ │ └── ⚙️ docker-compose.prod.yml
│ ├── 📁 kubernetes/
│ │ ├── namespace.yaml
│ │ ├── 📁 deployments/
│ │ │ ├── php-app.yaml
│ │ │ ├── ai-service.yaml
│ │ │ ├── worker.yaml
│ │ │ ├── scheduler.yaml
│ │ │ ├── websocket.yaml
│ │ │ └── lake-ingestor.yaml
│ │ ├── 📁 services/
│ │ ├── 📁 ingress/
│ │ ├── 📁 hpa/
│ │ ├── 📁 configmaps/
│ │ └── 📁 secrets/
│ ├── 📁 terraform/
│ │ ├── main.tf
│ │ ├── variables.tf
│ │ ├── outputs.tf
│ │ └── 📁 modules/
│ │ ├── 📁 kubernetes/
│ │ ├── 📁 database/
│ │ ├── 📁 storage/
│ │ └── 📁 networking/
│ └── 📁 helm/
│ └── 📁 scholarflow/
│ ├── Chart.yaml
│ ├── values.yaml
│ └── 📁 templates/
│
├── 📁 Documentation/
│ ├── 📁 API/
│ │ ├── openapi.yaml
│ │ └── ⚙️ postman_collection.json
│ ├── 📁 Architecture/
│ │ ├── 📁 ADR/
│ │ │ ├── ADR-001-php-monolith.md
│ │ │ ├── ADR-002-neo4j-choice.md
│ │ │ ├── ADR-003-vector-store.md
│ │ │ ├── ADR-004-knowledge-lake.md
│ │ │ └── ADR-005-realtime-engine.md
│ │ ├── 📁 diagrams/
│ │ └── system_design.md
│ └── 📁 Runbooks/
│ ├── incident_response.md
│ ├── database_failover.md
│ └── scaling_procedures.md
│
├── 📁 .github/
│ ├── 📁 workflows/
│ │ ├── ⚙️ ci.yml
│ │ ├── ⚙️ cd-staging.yml
│ │ ├── ⚙️ cd-production.yml
│ │ └── ⚙️ security-scan.yml
│ ├── CODEOWNERS
│ ├── pull_request_template.md
│ └── 📁 issue_templates/
│
├── 📁 public/
│ ├── 📄 index.php
│ └── 📁 assets/
│
├── 📁 vendor/
container = new ServiceContainer(); $this->loadModules(); return $this; } private function loadModules() { $loader = new ModuleLoader($this->container); $this->modules = $loader->loadAll(); } public function handle(Request $request) { $router = $this->container->get(Router::class); return $router->dispatch($request); } } app/Core/Http/Router.php routes[] = [ 'method' => $method, 'path' => $path, 'handler' => $handler, 'middleware' => $middleware ]; } public function dispatch(Request $request) { foreach ($this->routes as $route) { if ($this->matches($route, $request)) { return $this->runRoute($route, $request); } } throw new NotFoundException(); } } app/Core/Security/AuthManager.php session = $session; $this->userRepository = $userRepo; } public function login($credentials) { $user = $this->userRepository->findByEmail($credentials['email']); if ($user && password_verify($credentials['password'], $user->password)) { $this->session->set('user_id', $user->id); return true; } return false; } public function user() { if ($id = $this->session->get('user_id')) { return $this->userRepository->find($id); } return null; } } Frontend/Pages/Dashboard/DashboardPage.jsx import React, { useEffect, useState } from 'react'; import { useAuth } from '../../Hooks/useAuth'; import Sidebar from '../../Components/Navigation/Sidebar'; import MetricsRow from './MetricsRow'; import AISuggestionPanel from './AISuggestionPanel'; const DashboardPage = () => { const { user } = useAuth(); const [metrics, setMetrics] = useState(null); useEffect(() => { fetch('/api/dashboard/metrics') .then(res => res.json()) .then(data => setMetrics(data)); }, []); return (├── 📁 node_modules/
├── ⚙️ .env.example
├── ⚙️ composer.json
├── ⚙️ package.json
├── phpunit.xml
├── phpstan.neon
├── ⚙️ .phpcs.xml
└── README.md
📁 config/
│ ├── 📄 app.php
│ ├── 📄 database.php
│ ├── 📄 ai.php
│ ├── 📄 auth.php
│ ├── 📄 cache.php
│ ├── 📄 services.php
│ └── 📄 logging.php
📁 public/
│ ├── 📄 index.php
│ ├── ⚙️ .htaccess
│ └── robots.txt
📁 tests/
│ ├── 📁 Unit/
│ ├── 📁 Feature/
│ ├── 📁 Integration/
│ └── 📄 TestCase.php
📁 storage/
│ ├── 📁 app/
│ ├── 📁 framework/
│ └── 📁 logs/
📁 resources/
│ ├── 📁 lang/
│ └── 📁 views/
📁 docker/
│ ├── 📁 php/
│ │ └── Dockerfile
│ ├── 📁 nginx/
│ │ └── default.conf
│ └── ⚙️ docker-compose.yml
📁 .github/
│ └── 📁 workflows/
│ ├── ⚙️ ci.yml
│ └── ⚙️ cd.yml
⚙️ .env.example
⚙️ composer.json
⚙️ package.json
README.md
Core Architectural Code Stubs
app/Core/Kernel/ApplicationKernel.php
Welcome back, {user?.name}