BioinfoScripts/count.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.01.2000

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### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
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use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
no autovivification;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $col,
    $del,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # Print this help
    "col:i"      => \$col,      # Column number of values to be counted. If not provided, entire line will be used. Starts with 0
    "del:s"      => \$del,      # Column delimiter. Default is tab
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

$del = "\\t" if(!defined $del);

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

my %h = ();
my $n = 0;
while(<>) {
    chomp($_);
    if(defined $col) {
	my @a = split(/$del/);
	$h{$a[$col]}++;
    } else {
	$h{$_}++;
    }
    $n++;
}
foreach my $k (sort {$h{$b}<=>$h{$a} || $a cmp $b} keys %h) {
    printf("%s\t%i\t%.4f\n", $k, $h{$k}, $h{$k}/$n);
}