BioinfoScripts/cleanAltLoc.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 11.07.2009

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

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### cleans alternative location problems in PDB files.                     ###
##############################################################################

&GetOptions(
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

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### SUBROUTINES
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### MAIN
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if(!defined $ARGV[0]){
    print STDERR "Please specify pdb file as 1st parameter. Additionally, a 2nd parameter causes the output into the same file as the input\n.";
    exit;
}

open(F,$ARGV[0]) or die "Couldn't open file \"$ARGV[0]\"\n";
my %h;
my $model = "";
my $i = 0;
my %line;
while(<F>){
    if(/^MODEL /){
	$model = $_;
	$model =~ s/.*(\d+)\s+/$1/;
    }
    if(/^ATOM/){
	my $altLoc  = substr($_, 16, 1);
	$altLoc = "_" if($altLoc eq " ");
	my $atom = substr($_,11,5).substr($_,17,9);
	if(exists $h{$atom}) {
	    if($altLoc eq "_") {
		$h{$atom}=$_;
		$line{$i++} = $atom;
	    } else {
		if(substr($h{$atom}, 16, 1) ne "_") {
		    if(ord($altLoc) < ord(substr($h{$atom}, 16, 1))) {
			$h{$atom}=$_;
			$line{$i++} = $atom;
		    }
		}
	    }
	} else {
	    $h{$atom}=$_;
	    $line{$i++} = $atom;
	}
    }
}
close(F);

if(@ARGV>1){
    open(O,">$ARGV[0]") or die "ERROR: Failed to create output file $ARGV[0]\n";
}
foreach my $i(sort{$a cmp $b} keys %line){
    if(@ARGV > 1) {
	print O $h{$line{$i}};
    } else {
	print $h{$line{$i}};
    }
}
close(O) if(@ARGV>1);