BioinfoScripts/blast_parser.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.01.2000

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### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
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###############################################################################

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
use List::Util qw[min max sum];

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $minIdent,
    $maxEvalue,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"       => \$help,      # print this help
    "minIdent=s"  => \$minIdent,  # only print out hits with sequence identity above this threshold
    "maxEvalue=s" => \$maxEvalue, # only print out hits with E-values below this threshold
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

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### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############
if(!defined $minIdent) {
    print STDERR "\n\tPlease provide a minimum identity value threshold. Try $0 -help to get more information\n\n";
    exit;
}
if(!defined $maxEvalue) {
    print STDERR "\n\tPlease provide a maximum E-value threshold. Try $0 -help to get more information\n\n";
    exit;
}

while(my $l = <>) {
    chomp($l);
    my ($query, $hit, $ident, $alignLength, $mismatch, $gapopen, $queryStart, $queryEnd, $hitStart, $hitEnd, $eValue, $bitScore) = split(/\t/, $l);
    print "$l\n" if($ident > $minIdent and $eValue < $maxEvalue);
}