При работе с ORM иногда приходится добавлять множество записей в одну транзакцию, поэтому используем конструкции вида
$collection = MacroregionTable::createCollection();
foreach ($items as $item) {
$collection->add($item);
}
$collection->save(true);
// или
MacroregionTable::addMulti($items, true);
Когда сущность обычная и наследуется от Bitrix\Main\ORM\Data\DataManager все проходит корректно. Но когда сущность является описанием Highload-блока, то её родитель Bitrix\Highloadblock\DataManager, которому при сохранение трубеются дополнительные действия. Поэтому некоторые методы вроде add и update в нем переопределены, а вот метод addMulti не переопределен и сохранение происходит некорректно. Отсутствуют записи в таблицах множественных значений!
То есть значения множественных полей сериализовались, но не внеслись в отдельную таблицу этого поля
Основаня таблица с корректными сериализованными значениями

