CDS to blocks loses a base?

[sjanssen2]

I have just manually looked at two examples where I compared the metatranscriptome_reference.fasta with
the generateblocks/oak_reference.fa files and found that in both these examples the last base is clipped. I now wonder if this is a systematic off by one error or a concidence?

>SP60_RS03675
ATGAAACGCATCCTATTATTAATTCTACTTAGCGCCCTTGGCACCTCTAGTATAGCAGGC
GAGCAAATTCGACTCTACAAGCAGTACGTGGTAGGCATGCCTAAAGTTTTTTTACAAAAA
GCCCATCCATTAGAAGACTGCTCTGCTAGGTACGAACAAGGCACCTTGTGCTTAAAAAAC
CATTCTTTAGCAGGTGAAGAAGCTGAGCTGGCCTTTCGCTTTCTAAATGATCGCCTGGTT
TCTACCGTATTGATGCTACCGCTAACAGATGTCAGCAAAGTTAAAAAAATGTTCCATGCG
CTTAAAACCCAATTTGACTTAGTTTTAATTGAAGATGGGAAAGAAAAATTCGACATCCTC
GAGGTCAGTGCCAATACCTTTAATAAAGATGAATTTACCCAAATGATTGCCGATTTTGAA
AATGAGGCATATCAAAATCATAACATTAAGTACACTTTTATCAGCAAAGAAGAATTTGTA
GCACAATCTAGAAAATCTCATAATTTTGCTGATATTTTTAAAAACGCACCGCTACAAATG
CGCGCTGCCACTTACAGCGTTGGACGTAAAGACGGGCAAGTTATCGCCACCATTAGCTTT
ATTGTGCCGGGTATTACCGAAAGCTATCTTGATCAAAATCCAATTGTTGAAGACTTT

>SP60_RS03675_block0
ATGAAACGCATCCTATTATTAATTCTACTTAGCGCCCTTGGCACCTCTAGTATAGCAGGC
GAGCAAATTCGACTCTACAAGCAGTACGTGGTAGGCATGCCTAAAGTTTTTTTACAAAAA
GCCCATCCATTAGAAGACTGCTCTGCTAGGTACGAACAAGGCACCTTGTGCTTAAAAAAC
CATTCTTTAGCAGGTGAAGAAGCTGAGCTGGCCTTTCGCTTTCTAAATGATCGCCTGGTT
TCTACCGTATTGATGCTACCGCTAACAGATGTCAGCAAAGTTAAAAAAATGTTCCATGCG
CTTAAAACCCAATTTGACTTAGTTTTAATTGAAGATGGGAAAGAAAAATTCGACATCCTC
GAGGTCAGTGCCAATACCTTTAATAAAGATGAATTTACCCAAATGATTGCCGATTTTGAA
AATGAGGCATATCAAAATCATAACATTAAGTACACTTTTATCAGCAAAGAAGAATTTGTA
GCACAATCTAGAAAATCTCATAATTTTGCTGATATTTTTAAAAACGCACCGCTACAAATG
CGCGCTGCCACTTACAGCGTTGGACGTAAAGACGGGCAAGTTATCGCCACCATTAGCTTT
ATTGTGCCGGGTATTACCGAAAGCTATCTTGATCAAAATCCAATTGTTGAAGACTT

>SP60_RS02450
ATGAAAGTAAAAAACAAGTATGTGATTCGTTCACGTATTTCAGAGGCCAAATTTAGGCAA
ATAATTTTGTTGTTTTCTGAGGATTCGAGTGCAACTCAAATCTCTCATTTAACAAGTTTA
AGCAGGCAAACAATTAACAAATATTTAACTGCTATTAGACTTAGAATTTTAGAGTTATCT
TTGCTTCAATCTGATCCTTTAGTGGGTCAGATTGAAGTTGACGAAAGTTATTTTGGCGCA
CGGCGCGTCCGCGGAAAACGCGGCCGTGGTGCCAGGGGTAAAACAATAGTATTTGGTTTA
TTGAAACGTGGCGATCAAGTGTACACTGAAATAGTTCCAGACTGTAGTAGCGCCACCCTG
CAAAGGATTATCAAGGGTAAGACTAGTATTGATAGCGTTATTCATTCAGATGGATGGCGC
GGGTATAATGGGCTTGTAGATTTTGATTATAAGAAGCACTTTAGAGTGCATCATAGTAAG
AATGAATTTGCCAGAGGTAATTCACATATTAATGGAATTGAATCATTCTGGGGTTATGCT
AAAAATAGATTGGTAAAGTTTAAAGGAATGGATAAAAGTATGTTTAATTTACACTTAAAA
GAATGCGAATTTAGATTTAATAATCGCAAGCAAAATATTTATAAAGTTTTGCTTGGAATG
TTTAGAAAAGAGTCGCTTAAGTTGTCA

>SP60_RS02450_block0
ATGAAAGTAAAAAACAAGTATGTGATTCGTTCACGTATTTCAGAGGCCAAATTTAGGCAA
ATAATTTTGTTGTTTTCTGAGGATTCGAGTGCAACTCAAATCTCTCATTTAACAAGTTTA
AGCAGGCAAACAATTAACAAATATTTAACTGCTATTAGACTTAGAATTTTAGAGTTATCT
TTGCTTCAATCTGATCCTTTAGTGGGTCAGATTGAAGTTGACGAAAGTTATTTTGGCGCA
CGGCGCGTCCGCGGAAAACGCGGCCGTGGTGCCAGGGGTAAAACAATAGTATTTGGTTTA
TTGAAACGTGGCGATCAAGTGTACACTGAAATAGTTCCAGACTGTAGTAGCGCCACCCTG
CAAAGGATTATCAAGGGTAAGACTAGTATTGATAGCGTTATTCATTCAGATGGATGGCGC
GGGTATAATGGGCTTGTAGATTTTGATTATAAGAAGCACTTTAGAGTGCATCATAGTAAG
AATGAATTTGCCAGAGGTAATTCACATATTAATGGAATTGAATCATTCTGGGGTTATGCT
AAAAATAGATTGGTAAAGTTTAAAGGAATGGATAAAAGTATGTTTAATTTACACTTAAAA
GAATGCGAATTTAGATTTAATAATCGCAAGCAAAATATTTATAAAGTTTTGCTTGGAATG
TTTAGAAAAGAGTCGCTTAAGTTGTC

[tensulin]

Maybe has something todo with python string indexing compared to bowtie2's alignment index. I will double check