Consulta de incorporación de efecto aleatorio Family_recode y estimación de heredabilidad

[MARCPUCV]

Muy buenas noches Gustavo, tanto tiempo quería hacerte una consulta es sobre un modelo que estoy ajustando quiero verificar si como pedí el modelo el efecto Family_recode está siendo tomado como aleatorio? Otra cosa, respecto a la estimación de heredabilidad genera varios valores, se debe sacar el valor promedio y eso es lo que se reportaría como heredabilidad al final? Desde ya muchas gracias por tu ayuda. Saludos!!!

Z <-model.matrix(Y_Lochy$Family_recode-1)
set.seed(1234)
ETA_Lochy_TLOE<- list(list( Trial_tank + Body_Weight, data=Y_Lochy, model= "FIXED"),list(K=A_Lochy,model="RKHS"),
list(X=Z,model="BRR",saveEffects=T)) # Adding Family_recode as a random effect
Model_Lochy_TLOE<-BGLR(y=y_TLOE,response_type = "gaussian", ETA=ETA_Lochy_TLOE)

Var_a <- scan('ETA_2_varU.dat')
Var_Fam <- scan('ETA_3_varB.dat')
Var_E <- scan('varE.dat')
Var_P = Var_a + Var_Fam + Var_E
h2_Lochy_BGLR = Var_a/(Var_P)

TAMBIÉN LO HICE ASÍ

To estimate variance components

Var_e_Lochy_TLOE <- Model_Lochy_TLOE$varE # Estimation of residual variance
Var_a_Lochy_TLOE <- Model_Lochy_TLOE$ETA[[2]]$varU # Estimation of additive genetic
Var_f_Lochy_TLOE <- Model_Lochy_TLOE$ETA[[3]]$varB # Estimation of family variance
Var_pheno_Lochy_TLOE <- Var_a_Lochy_TLOE + Var_f_Lochy_TLOE + Var_e_Lochy_TLOE # Total phenotypic variance
h2_Lochy_TLOE <- round(Var_a_Lochy_TLOE / Var_pheno_Lochy_TLOE,2) # Narrow-sense heritability (h²)

[perpdgo]

Que tal Angélica, En el modelo que tienes list(X=Z,model="BRR",saveEffects=T), estaría incluyendo el término Z*b en el modelo, donde b ~ NM(0, \sigma^2_b*I), es decir se asigna una distribución normal multivariada con media cero y varianza \sigma^2_b *I al vector b donde I es la matriz identidad. Respecto a la heredabilidad, se recomienda especificar más iteraciones de las que tiene por defecto la función, por ejemplo nIter=30000, burnIn=15000, thin=10. El programa guardará el histórico de las iteraciones adelgazadas (30000/10=3000), por lo que habrá que eliminar la primera mitad (15000/10=1500) y sobre estas que quedan habría que obtener el promedio, algo así: h2_Lochy_BGLR = Var_a/(Var_P) mean(h2_Lochy_BGLR[1501:3000]) Saludos.

…

On Mon, Nov 25, 2024 at 6:10 PM María Angélica Rueda Calderón < ***@***.***> wrote: Muy buenas noches Gustavo, tanto tiempo quería hacerte una consulta es sobre un modelo que estoy ajustando quiero verificar si como pedí el modelo el efecto Family_recode está siendo tomado como aleatorio? Otra cosa, respecto a la estimación de heredabilidad genera varios valores, se debe sacar el valor promedio y eso es lo que se reportaría como heredabilidad al final? Desde ya muchas gracias por tu ayuda. Saludos!!! Z <-model.matrix(Y_Lochy$Family_recode-1) set.seed(1234) ETA_Lochy_TLOE<- list(list( Trial_tank + Body_Weight, data=Y_Lochy, model= "FIXED"),list(K=A_Lochy,model="RKHS"), list(X=Z,model="BRR",saveEffects=T)) # Adding Family_recode as a random effect Model_Lochy_TLOE<-BGLR(y=y_TLOE,response_type = "gaussian", ETA=ETA_Lochy_TLOE) Var_a <- scan('ETA_2_varU.dat') Var_Fam <- scan('ETA_3_varB.dat') Var_E <- scan('varE.dat') Var_P = Var_a + Var_Fam + Var_E h2_Lochy_BGLR = Var_a/(Var_P) — Reply to this email directly, view it on GitHub <#80>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AC3ARLTGZ3QMGVV52L6K4ED2CO355AVCNFSM6AAAAABSPFTDVCVHI2DSMVQWIX3LMV43ASLTON2WKOZSGY4TENRXGIYDAOI> . You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

[MARCPUCV]

Hola Gustavo mil gracias por tu respuesta. Saludos!!!