rnasplice/main.nf at dev · fhausmann/rnasplice · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    nf-core/rnasplice
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/nf-core/rnasplice
    Website: https://nf-co.re/rnasplice
    Slack  : https://nfcore.slack.com/channels/rnasplice
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

nextflow.enable.dsl = 2

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

def getGenomeAttribute(attribute) {
    if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
        if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
            return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
        }
    }
    return null
}

params.fasta         = getGenomeAttribute('fasta')
params.gff           = getGenomeAttribute('gff')
params.gtf           = getGenomeAttribute('gtf')
params.salmon_index  = getGenomeAttribute('salmon')
params.star_index    = getGenomeAttribute('star')

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { RNASPLICE } from './workflows/rnasplice'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnasplice_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnasplice_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Run main nf-core/rnasplice analysis pipeline
//
workflow NFCORE_RNASPLICE {

    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION (
        params.version,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir
    )

    RNASPLICE ()

    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION (
        params.email,
        params.email_on_fail,
        params.plaintext_email,
        params.outdir,
        params.monochrome_logs,
        params.hook_url,
        RNASPLICE.out.final_multiqc_report
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
    NFCORE_RNASPLICE ()
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/