-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
Expand file tree
/
Copy pathtest_parse_rm_expect.bed
More file actions
658 lines (658 loc) · 27.2 KB
/
test_parse_rm_expect.bed
File metadata and controls
658 lines (658 loc) · 27.2 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
chr21 9411194 9411890 4 L1MEg LINE/L1
chr21 9413266 9414035 8 MER21A LTR/ERVL
chr21 9415344 9415583 7 MER41D LTR/ERV1
chr21 9415590 9416188 4 HAL1 LINE/L1
chr21 9418075 9418396 3 AluSz6 SINE/Alu
chr21 9419556 9419734 10 MamGypsy2-LTR LTR/Gypsy
chr21 9419876 9420248 9 THE1C LTR/ERVL-MaLR
chr21 9421430 9421726 3 AluY SINE/Alu
chr21 9421987 9422289 3 AluSx1 SINE/Alu
chr21 9422779 9423093 4 L1MC5a LINE/L1
chr21 9423240 9423552 4 L1MB1 LINE/L1
chr21 9423877 9424031 4 L1M3d LINE/L1
chr21 9428008 9428070 8 LTR66 LTR/ERVL
chr21 9428420 9429032 6 L2a LINE/L2
chr21 9429075 9429222 4 L1MEh LINE/L1
chr21 9429309 9429650 4 L1M6 LINE/L1
chr21 9430568 9430899 9 MLT1A0 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9431458 9431531 3 FRAM SINE/Alu
chr21 9431531 9431601 7 MER52A LTR/ERV1
chr21 9432735 9432978 3 AluJr SINE/Alu
chr21 9434113 9434393 3 AluSg SINE/Alu
chr21 9436284 9436487 6 L2d LINE/L2
chr21 9439868 9439934 5 MIR3 SINE/MIR
chr21 9441346 9441461 3 AluJo SINE/Alu
chr21 9445757 9446000 4 L1MC4 LINE/L1
chr21 9446478 9446787 3 AluSx SINE/Alu
chr21 9447046 9447398 4 L1MEd LINE/L1
chr21 9448731 9449049 3 AluYb8 SINE/Alu
chr21 9455935 9456254 8 MER77B LTR/ERVL
chr21 9456303 9456398 4 L1MB7 LINE/L1
chr21 9458062 9458236 4 L1P5 LINE/L1
chr21 9460775 9461003 4 L1MB3 LINE/L1
chr21 9461892 9462023 9 MSTB1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9463623 9464009 7 LTR49 LTR/ERV1
chr21 9464009 9464282 3 AluSp SINE/Alu
chr21 9465620 9466050 7 LTR56 LTR/ERV1
chr21 9468196 9468335 4 L1MEf LINE/L1
chr21 9468651 9469058 8 MER54A LTR/ERVL
chr21 9469096 9469434 9 THE1B LTR/ERVL-MaLR
chr21 9472306 9472551 9 MLT1D LTR/ERVL-MaLR
chr21 9472551 9472859 3 AluSc8 SINE/Alu
chr21 9473936 9474329 4 L1MCc LINE/L1
chr21 9475893 9476338 4 L1MB5 LINE/L1
chr21 9476339 9476712 4 L1M4b LINE/L1
chr21 9477803 9478224 9 MLT1C LTR/ERVL-MaLR
chr21 9478277 9479790 4 L1MB4 LINE/L1
chr21 9480720 9481067 6 L2 LINE/L2
chr21 9481923 9482025 8 HERVL-int LTR/ERVL
chr21 9482379 9482569 8 ERVL-B4-int LTR/ERVL
chr21 9486272 9487121 7 MER4D1 LTR/ERV1
chr21 9488090 9488230 5 MIRb SINE/MIR
chr21 9488517 9488858 4 L1PA5 LINE/L1
chr21 9489985 9490406 8 MLT2A2 LTR/ERVL
chr21 9490721 9490776 8 MLT2D LTR/ERVL
chr21 9492298 9492327 7 LTR6A LTR/ERV1
chr21 9493446 9493695 4 L1M5 LINE/L1
chr21 9494038 9494150 8 LTR79 LTR/ERVL
chr21 9495875 9495980 6 L2d2 LINE/L2
chr21 9501571 9501738 10 MamGypLTR3 LTR/Gypsy
chr21 9501944 9502025 4 L1ME4a LINE/L1
chr21 9504220 9504342 4 L1MCa LINE/L1
chr21 9505476 9507669 4 L1PB1 LINE/L1
chr21 9508942 9509304 9 THE1D LTR/ERVL-MaLR
chr21 9510256 9510788 9 MLT1H1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9514135 9514252 6 L2c LINE/L2
chr21 9521696 9521852 4 L1MD3 LINE/L1
chr21 9521872 9522588 4 L1MD2 LINE/L1
chr21 9524083 9524226 4 L1PA13 LINE/L1
chr21 9528419 9530670 4 L1P1 LINE/L1
chr21 9533518 9533981 4 L1PA16 LINE/L1
chr21 9534208 9534440 5 MIR SINE/MIR
chr21 9534511 9534601 6 L2b LINE/L2
chr21 9534915 9535034 8 LTR33 LTR/ERVL
chr21 9541396 9542691 4 L1M1 LINE/L1
chr21 9547944 9548063 3 AluSz SINE/Alu
chr21 9550256 9550388 3 FLAM_C SINE/Alu
chr21 9554485 9555191 4 L1M2 LINE/L1
chr21 9555193 9555852 4 L1MA5 LINE/L1
chr21 9557070 9557367 3 AluSq2 SINE/Alu
chr21 9561717 9562040 7 MER34C_ LTR/ERV1
chr21 9562023 9562110 7 MER67D LTR/ERV1
chr21 9562966 9563266 3 AluSq SINE/Alu
chr21 9570029 9570333 3 AluJb SINE/Alu
chr21 9570458 9570537 9 MLT1L LTR/ERVL-MaLR
chr21 9570626 9570728 9 MSTA LTR/ERVL-MaLR
chr21 9573403 9573524 3 FLAM_A SINE/Alu
chr21 9574097 9574354 7 LTR48 LTR/ERV1
chr21 9574513 9574579 4 L1MC LINE/L1
chr21 9574579 9574876 3 AluYc3 SINE/Alu
chr21 9577122 9577734 9 MLT1E2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9577878 9578638 4 L1MA4 LINE/L1
chr21 9578639 9578741 3 AluJr4 SINE/Alu
chr21 9578741 9579048 3 AluYe5 SINE/Alu
chr21 9579371 9579586 3 AluYk3 SINE/Alu
chr21 9581645 9582107 4 L1M8 LINE/L1
chr21 9582107 9582320 4 L1M7 LINE/L1
chr21 9583960 9584271 4 L1MD1 LINE/L1
chr21 9585065 9585282 4 L1PA7 LINE/L1
chr21 9585893 9587267 4 L1MA5A LINE/L1
chr21 9587269 9587384 3 AluSx3 SINE/Alu
chr21 9588885 9588942 3 Alu SINE/Alu
chr21 9591544 9591640 8 MLT2A1 LTR/ERVL
chr21 9645548 9645725 4 L1M4 LINE/L1
chr21 9646307 9646647 7 MER66A LTR/ERV1
chr21 9649116 9649572 9 MLT1H LTR/ERVL-MaLR
chr21 9651591 9651990 7 MER57A1 LTR/ERV1
chr21 9651990 9652365 7 MER57-int LTR/ERV1
chr21 9656283 9662430 4 L1PA3 LINE/L1
chr21 9665030 9665081 7 MER57A-int LTR/ERV1
chr21 9667530 9667659 9 MLT1H1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 9670670 9671475 4 L1MB2 LINE/L1
chr21 9673877 9673938 4 L1M3 LINE/L1
chr21 9676807 9676853 4 L1MA10 LINE/L1
chr21 9688709 9688961 9 MSTA-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 9692700 9693197 4 L1P3 LINE/L1
chr21 9694507 9694564 7 PRIMA4-int LTR/ERV1
chr21 9696579 9696745 8 MER21B LTR/ERVL
chr21 9697227 9697516 4 L1PA10 LINE/L1
chr21 9700741 9700891 4 L1MB8 LINE/L1
chr21 9705334 9706071 4 L1PB LINE/L1
chr21 9714102 9714387 8 MER21C LTR/ERVL
chr21 9718244 9718543 3 AluSx4 SINE/Alu
chr21 9722818 9723254 4 L1MC4a LINE/L1
chr21 9725752 9725847 4 L1ME1 LINE/L1
chr21 9727340 9727965 4 L1PA15 LINE/L1
chr21 9727965 9728719 7 LTR1B LTR/ERV1
chr21 9728912 9729024 7 LTR1F1 LTR/ERV1
chr21 9729039 9729372 4 L1PREC2 LINE/L1
chr21 9738183 9738584 8 MLT2B3 LTR/ERVL
chr21 9742340 9742501 8 MER68 LTR/ERVL
chr21 9743726 9744164 4 L1MC1 LINE/L1
chr21 9756510 9756801 4 L1ME3C LINE/L1
chr21 9766564 9766795 4 L1ME4b LINE/L1
chr21 9834707 9834899 3 AluSg4 SINE/Alu
chr21 9838752 9841073 4 L1PA4 LINE/L1
chr21 9841734 9842043 3 AluYa5 SINE/Alu
chr21 9846437 9846532 3 AluYc SINE/Alu
chr21 9846837 9847332 7 LTR15 LTR/ERV1
chr21 9848874 9849338 7 MER65C LTR/ERV1
chr21 9849505 9849714 7 MER65-int LTR/ERV1
chr21 9849721 9850463 4 L1PA15-16 LINE/L1
chr21 9852092 9852662 7 MER4CL34 LTR/ERV1
chr21 9853154 9853254 4 L1ME3G LINE/L1
chr21 9855166 9855247 5 MIRc SINE/MIR
chr21 9855635 9855758 4 L1MA3 LINE/L1
chr21 9862958 9863547 7 MER61F LTR/ERV1
chr21 9864449 9864783 7 MER89-int LTR/ERV1
chr21 9885701 9885804 4 L1MA9 LINE/L1
chr21 9899318 9899962 4 L1MC2 LINE/L1
chr21 9902591 9902744 9 MLT1C2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9914953 9915199 4 L1MD LINE/L1
chr21 9917247 9917428 9 MLT1B LTR/ERVL-MaLR
chr21 9919923 9920629 4 L1MA2 LINE/L1
chr21 9924183 9924491 9 MLT1H-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 9924499 9925076 4 L1ME2z LINE/L1
chr21 9930363 9930411 4 L1P4 LINE/L1
chr21 9953931 9954061 9 MLT1G1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 9971040 9971134 7 LTR45C LTR/ERV1
chr21 9976492 9976893 7 LTR49-int LTR/ERV1
chr21 9984993 9985586 7 LOR1-int LTR/ERV1
chr21 9987067 9987084 8 LTR57-int LTR/ERVL
chr21 9989053 9989273 3 AluYf1 SINE/Alu
chr21 9995988 9996298 8 LTR40a LTR/ERVL
chr21 9997473 9997963 7 MER65A LTR/ERV1
chr21 9999109 9999244 10 MamGypLTR1d LTR/Gypsy
chr21 9999267 9999667 8 LTR16A LTR/ERVL
chr21 10000325 10000622 3 AluSc SINE/Alu
chr21 10012095 10012258 10 MamGypsy2-I LTR/Gypsy
chr21 10034596 10034696 4 L1PA2 LINE/L1
chr21 10085206 10085295 3 AluYa8 SINE/Alu
chr21 10086615 10086748 1 (TGGAA)n Simple_repeat
chr21 10087826 10087967 1 (AATGG)n Simple_repeat
chr21 10090500 10090616 7 MER34 LTR/ERV1
chr21 10090800 10091030 7 LTR48B LTR/ERV1
chr21 10132195 10132833 10 MamGypLTR1c LTR/Gypsy
chr21 10133409 10133575 10 MamGyp-int LTR/Gypsy
chr21 10198960 10199097 9 MLT1A1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 10211771 10212078 3 AluSg7 SINE/Alu
chr21 10371978 10372467 8 LTR33A LTR/ERVL
chr21 10375483 10375907 7 MER31B LTR/ERV1
chr21 10389754 10389916 4 L1M4a1 LINE/L1
chr21 10392155 10392358 8 MER77 LTR/ERVL
chr21 10392891 10393230 4 L1MEi LINE/L1
chr21 10394175 10394396 4 L1PA8 LINE/L1
chr21 10400171 10400546 4 L1MEc LINE/L1
chr21 10411237 10411593 8 LTR16B1 LTR/ERVL
chr21 10413236 10413495 9 MLT1J2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 10415269 10415373 9 MLT1J1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 10415966 10416243 4 L1ME3 LINE/L1
chr21 10416431 10416607 8 LTR33A_ LTR/ERVL
chr21 10417615 10418219 4 L1MA6 LINE/L1
chr21 10420819 10421270 7 MER57F LTR/ERV1
chr21 10421502 10421680 7 MER61D LTR/ERV1
chr21 10422291 10425032 7 LTR25-int LTR/ERV1
chr21 10427786 10428194 7 MER52-int LTR/ERV1
chr21 10428148 10428290 7 HUERS-P2-int LTR/ERV1
chr21 10429998 10430061 7 LTR68 LTR/ERV1
chr21 10430773 10435452 4 L1PB3 LINE/L1
chr21 10435771 10436528 4 L1PBb LINE/L1
chr21 10440410 10440658 7 LTR37B LTR/ERV1
chr21 10441723 10441843 4 L1ME3Cz LINE/L1
chr21 10446281 10446823 9 MLT1G3 LTR/ERVL-MaLR
chr21 10449963 10450869 7 LTR1D LTR/ERV1
chr21 10455736 10457280 9 THE1B-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 10457934 10458493 8 LTR80B LTR/ERVL
chr21 10469183 10469387 9 MLT1J-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 10472177 10472335 4 L1ME3F LINE/L1
chr21 10473125 10473550 8 LTR16B LTR/ERVL
chr21 10475209 10475514 3 AluYg6 SINE/Alu
chr21 10494924 10495326 8 MER74A LTR/ERVL
chr21 10497120 10497526 9 MLT1A LTR/ERVL-MaLR
chr21 10502760 10503190 7 MER89 LTR/ERV1
chr21 10503826 10503976 7 MER67A LTR/ERV1
chr21 10503976 10504248 4 L1PA17 LINE/L1
chr21 10509112 10509726 4 L1ME3B LINE/L1
chr21 10533210 10533573 9 MLT1I LTR/ERVL-MaLR
chr21 10533996 10534262 9 MLT1J2-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 10535131 10535630 7 LTR12F LTR/ERV1
chr21 10545196 10545479 4 L1MEj LINE/L1
chr21 10548581 10549026 4 L1ME3A LINE/L1
chr21 10555853 10556006 4 L1MEg2 LINE/L1
chr21 10556211 10556639 7 MER57C1 LTR/ERV1
chr21 10567378 10567488 4 L1PB4 LINE/L1
chr21 10571032 10571543 7 MER4E1 LTR/ERV1
chr21 10576396 10576812 4 L1ME2 LINE/L1
chr21 10589669 10589960 3 AluYm1 SINE/Alu
chr21 10619805 10619899 4 L1PA8A LINE/L1
chr21 10626565 10626604 8 LTR82A LTR/ERVL
chr21 10642670 10642761 9 MLT1H2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 10697897 10703711 2 ALR/Alpha Satellite/centr
chr21 10867617 10867799 7 MER4A1 LTR/ERV1
chr21 10869857 10870495 4 L1M2c LINE/L1
chr21 10918888 10919465 4 L1MC5 LINE/L1
chr21 10931729 10932960 4 L1MA8 LINE/L1
chr21 10936750 10937957 4 L1PA12 LINE/L1
chr21 10953884 10954717 4 L1PA14 LINE/L1
chr21 10962097 10962263 4 L1P2 LINE/L1
chr21 10978271 10978667 7 MER57C2 LTR/ERV1
chr21 10981401 10982755 4 L1ME5 LINE/L1
chr21 11000087 11000394 3 AluYe6 SINE/Alu
chr21 11061735 11061896 4 HAL1ME LINE/L1
chr21 11062463 11062723 9 MSTB LTR/ERVL-MaLR
chr21 11064348 11064742 9 MLT1E1A LTR/ERVL-MaLR
chr21 11071056 11072231 4 L1MDa LINE/L1
chr21 11087313 11087410 5 MIR1_Amn SINE/MIR
chr21 11101874 11101941 9 MSTB-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 11107151 11107314 3 AluSq4 SINE/Alu
chr21 11116038 11116169 7 HERVIP10FH-int LTR/ERV1
chr21 11118143 11118495 9 MLT1J LTR/ERVL-MaLR
chr21 11129583 11129704 3 AluSq10 SINE/Alu
chr21 11132290 11132582 3 AluYk2 SINE/Alu
chr21 11151547 11151744 7 MER4B-int LTR/ERV1
chr21 11162797 11162873 4 L1P4a LINE/L1
chr21 11172733 11172775 7 LTR23 LTR/ERV1
chr21 11179919 11180110 8 ERVL-E-int LTR/ERVL
chr21 14377494 14377624 8 ERV3-16A3_I-int LTR/ERVL
chr21 14378291 14378344 9 MLT1F1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 14401059 14401092 7 LTR37-int LTR/ERV1
chr21 14401738 14402052 7 MER61A LTR/ERV1
chr21 14404072 14404486 4 L1MC3 LINE/L1
chr21 14418884 14419295 10 MamGypLTR3a LTR/Gypsy
chr21 14424282 14424796 7 LTR10A LTR/ERV1
chr21 14424809 14426726 7 HERVIP10F-int LTR/ERV1
chr21 14449021 14449091 9 THE1D-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 14451303 14451355 7 MER51D LTR/ERV1
chr21 14476052 14476348 3 AluYj4 SINE/Alu
chr21 14491021 14492393 7 LTR70 LTR/ERV1
chr21 14561669 14562147 9 MLT1G LTR/ERVL-MaLR
chr21 14563525 14563834 9 MLT1K LTR/ERVL-MaLR
chr21 14565986 14566478 8 MLT2B1 LTR/ERVL
chr21 14567671 14568874 7 LTR12D LTR/ERV1
chr21 14572532 14573197 7 MER39 LTR/ERV1
chr21 14598075 14598115 9 THE1A LTR/ERVL-MaLR
chr21 14598115 14599767 9 THE1A-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 14604341 14604464 7 MER67B LTR/ERV1
chr21 14609894 14610737 4 HAL1b LINE/L1
chr21 14625311 14625617 3 AluYh7 SINE/Alu
chr21 14637646 14638033 9 MSTD LTR/ERVL-MaLR
chr21 14644819 14645076 8 LTR16A2 LTR/ERVL
chr21 14654020 14654315 8 LTR16 LTR/ERVL
chr21 14679164 14679245 7 MER72 LTR/ERV1
chr21 14684749 14684793 3 FAM SINE/Alu
chr21 14727177 14727664 9 MLT1F2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 14742494 14742969 4 L1MDb LINE/L1
chr21 14807133 14807227 7 LTR37A LTR/ERV1
chr21 14813121 14813498 7 LOR1b LTR/ERV1
chr21 14816704 14816908 4 L1MA4A LINE/L1
chr21 14827101 14827394 3 AluSc5 SINE/Alu
chr21 14854936 14854985 7 LTR75_1 LTR/ERV1
chr21 14876688 14877012 4 L1PB2 LINE/L1
chr21 14884921 14885199 7 HERV35I-int LTR/ERV1
chr21 14909119 14909622 7 MER41-int LTR/ERV1
chr21 14909622 14910164 7 MER41A LTR/ERV1
chr21 14936554 14939333 4 L1M2a LINE/L1
chr21 14965966 14966436 7 MER84 LTR/ERV1
chr21 14999903 15000000 7 LTR4 LTR/ERV1
chr21 15000000 15000395 7 LTR61 LTR/ERV1
chr21 15018625 15018731 7 MER4-int LTR/ERV1
chr21 15040892 15042464 4 L1MA1 LINE/L1
chr21 15045586 15046091 4 L1MA7 LINE/L1
chr21 15070117 15070354 10 LTR81A LTR/Gypsy
chr21 15070717 15071246 7 MER67C LTR/ERV1
chr21 15080636 15080823 7 MER49 LTR/ERV1
chr21 15098222 15102503 4 L1PA6 LINE/L1
chr21 15108122 15108694 4 L1HS LINE/L1
chr21 15115757 15115893 8 HERV16-int LTR/ERVL
chr21 15118938 15119070 7 LTR35B LTR/ERV1
chr21 15119301 15120130 7 LTR1E LTR/ERV1
chr21 15128343 15128838 8 LTR108a_Mam LTR/ERVL
chr21 15154696 15154847 6 UCON49 LINE/L2
chr21 15162102 15162587 8 LTR33B LTR/ERVL
chr21 15164219 15164910 7 LTR8 LTR/ERV1
chr21 15171862 15172706 10 LTR81 LTR/Gypsy
chr21 15175890 15176051 7 LTR7B LTR/ERV1
chr21 15179760 15180213 8 LTR101_Mam LTR/ERVL
chr21 15189910 15190087 4 L1ME4c LINE/L1
chr21 15209375 15209782 8 MER70A LTR/ERVL
chr21 15215400 15215789 7 LTR46 LTR/ERV1
chr21 15218084 15218410 8 LTR16C LTR/ERVL
chr21 15295564 15295982 7 MER61C LTR/ERV1
chr21 15298728 15298798 7 MER34C LTR/ERV1
chr21 15400224 15400713 7 MER57E3 LTR/ERV1
chr21 15401761 15402193 7 MER92B LTR/ERV1
chr21 15415878 15416322 7 LTR54B LTR/ERV1
chr21 15451792 15452023 7 PABL_A LTR/ERV1
chr21 15464389 15465856 7 LTR12C LTR/ERV1
chr21 15486638 15487039 7 HERV1_I-int LTR/ERV1
chr21 15487330 15487853 7 HERV1_LTRa LTR/ERV1
chr21 15487853 15488335 7 HERV15-int LTR/ERV1
chr21 15521751 15522511 9 THE1C-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 15528964 15530363 9 MLT1D-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 15567898 15568180 4 L1PA11 LINE/L1
chr21 15593989 15594259 8 LTR102_Mam LTR/ERVL
chr21 15609096 15609313 8 LTR105_Mam LTR/ERVL
chr21 15615137 15615531 8 MLT2F LTR/ERVL
chr21 15615735 15616309 9 MLT1A0-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 15629642 15629689 8 MLT2C2 LTR/ERVL
chr21 15633611 15633938 7 MER61B LTR/ERV1
chr21 15636197 15636781 7 MER34A LTR/ERV1
chr21 15661102 15661592 8 MLT2B2 LTR/ERVL
chr21 15670526 15670686 4 L1M6B LINE/L1
chr21 15757649 15757762 9 MLT1E2-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 15791043 15791693 4 L1M4c LINE/L1
chr21 15809403 15809694 7 LTR78 LTR/ERV1
chr21 15819646 15819859 8 LTR84a LTR/ERVL
chr21 15826783 15827043 9 MLT1O LTR/ERVL-MaLR
chr21 15832638 15833526 7 MER4D LTR/ERV1
chr21 15850980 15851032 4 X9_LINE LINE/L1
chr21 15875377 15875909 9 MLT1E LTR/ERVL-MaLR
chr21 15876010 15876204 4 L1PBa LINE/L1
chr21 15906837 15906992 3 AluYh3 SINE/Alu
chr21 15932628 15932816 7 LTR8B LTR/ERV1
chr21 16004459 16004697 8 LTR67B LTR/ERVL
chr21 16070754 16071172 7 MER110 LTR/ERV1
chr21 16097333 16097641 4 HAL1M8 LINE/L1
chr21 16101548 16101979 7 MER92-int LTR/ERV1
chr21 16102109 16102556 8 LTR40c LTR/ERVL
chr21 16110149 16110589 4 L1ME3E LINE/L1
chr21 16125653 16125862 4 L1M3de LINE/L1
chr21 16168804 16170590 4 L1M3c LINE/L1
chr21 16179439 16179845 9 MSTC LTR/ERVL-MaLR
chr21 16180108 16180265 7 HUERS-P1-int LTR/ERV1
chr21 16202778 16203294 8 MLT2B4 LTR/ERVL
chr21 16213346 16213951 7 LTR1A2 LTR/ERV1
chr21 16219423 16219622 7 MER34A1 LTR/ERV1
chr21 16229287 16229426 6 X24_LINE LINE/L2
chr21 16262192 16262567 8 MLT2C1 LTR/ERVL
chr21 16272393 16272543 9 MLT1M LTR/ERVL-MaLR
chr21 16423007 16423267 8 MER74B LTR/ERVL
chr21 16443842 16445125 9 MLT1F1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 16445894 16446290 9 MSTB2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 16493796 16494075 6 L2-3_Crp LINE/L2
chr21 16580836 16581357 10 MamGypLTR1a LTR/Gypsy
chr21 16648178 16648495 8 LTR16E1 LTR/ERVL
chr21 16673271 16673637 8 LTR18A LTR/ERVL
chr21 16684762 16685102 10 LTR81C LTR/Gypsy
chr21 16685110 16685262 10 MamGypLTR2c LTR/Gypsy
chr21 16698364 16700562 7 MER52D LTR/ERV1
chr21 16712522 16712605 9 MLT1N2 LTR/ERVL-MaLR
chr21 16763492 16763890 7 MER57B1 LTR/ERV1
chr21 16773147 16773683 9 MLT1K-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 16779746 16779946 6 L2-2_Mam LINE/L2
chr21 16782202 16782286 10 MamGypLTR1b LTR/Gypsy
chr21 16790312 16790443 7 LTR78B LTR/ERV1
chr21 16857043 16857542 8 LTR53 LTR/ERVL
chr21 16904173 16904620 8 MER68B LTR/ERVL
chr21 16904707 16904859 8 LTR50 LTR/ERVL
chr21 16920774 16920972 8 LTR16E2 LTR/ERVL
chr21 16930147 16930777 7 LTR9 LTR/ERV1
chr21 16931095 16931724 7 MER4A LTR/ERV1
chr21 16934389 16934763 8 LTR32 LTR/ERVL
chr21 16956089 16956803 8 LTR62 LTR/ERVL
chr21 16959202 16959276 6 X15_LINE LINE/L2
chr21 17010919 17011466 7 MER4B LTR/ERV1
chr21 17013948 17014555 8 LTR82B LTR/ERVL
chr21 17064692 17065473 7 LTR39 LTR/ERV1
chr21 17074227 17074950 4 L1MCb LINE/L1
chr21 17094101 17094712 9 MSTB1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 17110993 17111450 7 LTR2 LTR/ERV1
chr21 17115029 17116082 7 LTR27E LTR/ERV1
chr21 17115992 17116098 7 LTR28B LTR/ERV1
chr21 17123314 17123557 8 LTR41B LTR/ERVL
chr21 17125246 17125770 7 LTR72 LTR/ERV1
chr21 17126019 17126552 7 MER34C2 LTR/ERV1
chr21 17133591 17134295 7 MER50 LTR/ERV1
chr21 17153139 17153735 8 HERVL40-int LTR/ERVL
chr21 17154001 17154454 4 L1M2b LINE/L1
chr21 17277809 17278175 4 L1MEa LINE/L1
chr21 17281023 17281141 7 MER65B LTR/ERV1
chr21 17282204 17283125 7 MER101-int LTR/ERV1
chr21 17295367 17295480 9 MLT1I-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 17300152 17300843 8 LTR41C LTR/ERVL
chr21 17309046 17309115 10 MamGypLTR2b LTR/Gypsy
chr21 17312491 17312592 9 MLT1F LTR/ERVL-MaLR
chr21 17312598 17313617 9 MLT1F-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 17330524 17330815 7 MER34B LTR/ERV1
chr21 17351929 17352385 7 LTR7 LTR/ERV1
chr21 17352385 17352757 7 HERVH-int LTR/ERV1
chr21 17414624 17414828 8 LTR16B2 LTR/ERVL
chr21 17713347 17713675 7 MER57E1 LTR/ERV1
chr21 17724184 17724882 7 MER50B LTR/ERV1
chr21 17760946 17761482 7 MER41C LTR/ERV1
chr21 17788548 17788646 9 MLT1E1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 18016076 18016667 9 MLT1E3 LTR/ERVL-MaLR
chr21 18242207 18242514 8 LTR16A1 LTR/ERVL
chr21 18345663 18345706 9 MSTA1 LTR/ERVL-MaLR
chr21 18350189 18350270 8 LTR41 LTR/ERVL
chr21 18473657 18474026 8 MER70B LTR/ERVL
chr21 18517487 18517544 7 MER34D LTR/ERV1
chr21 18565610 18566022 7 LTR19A LTR/ERV1
chr21 18601122 18602486 9 MLT1C2-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 18643564 18643625 4 L1M4a2 LINE/L1
chr21 18665426 18665468 7 LTR9B LTR/ERV1
chr21 18669696 18677759 7 HERV9-int LTR/ERV1
chr21 18821797 18822382 7 MER41E LTR/ERV1
chr21 18929450 18929565 7 LTR65 LTR/ERV1
chr21 19037651 19038073 7 LTR54 LTR/ERV1
chr21 19039042 19039363 7 LTR51 LTR/ERV1
chr21 19039879 19039961 7 MER101B LTR/ERV1
chr21 19062557 19063184 7 MER41B LTR/ERV1
chr21 19076546 19080159 4 L1PBa1 LINE/L1
chr21 19097325 19097386 7 MER50-int LTR/ERV1
chr21 19113991 19114627 7 MER39B LTR/ERV1
chr21 19208092 19208735 7 ERV24B_Prim-int LTR/ERV1
chr21 19242820 19243108 8 ERVL-int LTR/ERVL
chr21 19277007 19277466 8 LTR40b LTR/ERVL
chr21 19294376 19294517 8 LTR16D LTR/ERVL
chr21 19315833 19316573 4 L1M3b LINE/L1
chr21 19376020 19376396 7 LTR64 LTR/ERV1
chr21 19406535 19406668 8 LTR83 LTR/ERVL
chr21 19427565 19427718 4 L1ME3D LINE/L1
chr21 19456629 19457238 4 L1M2a1 LINE/L1
chr21 19522179 19522774 7 MER4E LTR/ERV1
chr21 19560670 19560748 6 L2-1_AMi LINE/L2
chr21 19795623 19795723 8 LTR33C LTR/ERVL
chr21 19833288 19833771 7 LOR1a LTR/ERV1
chr21 19915610 19916043 8 LTR47A LTR/ERVL
chr21 19991867 19991905 8 LTR80A LTR/ERVL
chr21 19993952 19994407 8 LTR47B3 LTR/ERVL
chr21 20034992 20036016 9 MSTD-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20042147 20042668 7 LTR31 LTR/ERV1
chr21 20093817 20094541 7 LTR8A LTR/ERV1
chr21 20094607 20094656 8 LTR86B2 LTR/ERVL
chr21 20123891 20124197 3 AluYk12 SINE/Alu
chr21 20125061 20125839 7 LTR17 LTR/ERV1
chr21 20125839 20126131 7 HERV17-int LTR/ERV1
chr21 20146877 20147533 7 LTR28C LTR/ERV1
chr21 20168155 20168519 7 MER57B2 LTR/ERV1
chr21 20176478 20176985 7 LTR10D LTR/ERV1
chr21 20289873 20290321 8 LTR42 LTR/ERVL
chr21 20342383 20342703 3 AluYk4 SINE/Alu
chr21 20356966 20358381 8 MER21-int LTR/ERVL
chr21 20422337 20422475 9 MLT1A-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20425493 20425604 8 LTR53-int LTR/ERVL
chr21 20425967 20426059 8 LTR52 LTR/ERVL
chr21 20462203 20462860 9 MLT1C-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20502436 20502958 7 LTR27D LTR/ERV1
chr21 20510465 20510937 7 MER31A LTR/ERV1
chr21 20552679 20552723 3 AluYi6 SINE/Alu
chr21 20645774 20646284 9 MLT1J1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20656905 20657158 8 LTR40A1 LTR/ERVL
chr21 20703509 20703815 3 AluYb9 SINE/Alu
chr21 20764095 20764203 10 MamGypLTR4 LTR/Gypsy
chr21 20842023 20842698 9 MLT1G-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20842748 20842975 9 MLT1G3-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 20863955 20864498 7 LTR38 LTR/ERV1
chr21 20898360 20898640 8 LTR84b LTR/ERVL
chr21 20914470 20915011 7 LTR24C LTR/ERV1
chr21 20915333 20915698 7 MER83C LTR/ERV1
chr21 20927963 20928417 7 MER4C LTR/ERV1
chr21 20938949 20939530 8 LTR75B LTR/ERVL
chr21 21051433 21051775 7 HUERS-P3b-int LTR/ERV1
chr21 21071856 21072077 8 LTR108c_Mam LTR/ERVL
chr21 21154044 21154872 7 LTR1 LTR/ERV1
chr21 21167376 21167444 8 MER76 LTR/ERVL
chr21 21262070 21262241 8 LTR86B1 LTR/ERVL
chr21 21282083 21282575 7 MER66B LTR/ERV1
chr21 21309657 21309800 7 MER65D LTR/ERV1
chr21 21367961 21370153 7 HERVE_a-int LTR/ERV1
chr21 21376739 21377254 7 MER66C LTR/ERV1
chr21 21482705 21482996 7 MER72B LTR/ERV1
chr21 21505235 21505595 7 MER51B LTR/ERV1
chr21 21509639 21510078 7 MER57D LTR/ERV1
chr21 21551857 21552143 9 MLT-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 21568771 21569322 7 MER87 LTR/ERV1
chr21 21577246 21577868 7 LTR12 LTR/ERV1
chr21 21585277 21585656 7 LTR25 LTR/ERV1
chr21 21585652 21585717 7 MER61E LTR/ERV1
chr21 21590490 21591546 9 MLT1A1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 21630498 21631244 8 MER54B LTR/ERVL
chr21 21638404 21638929 8 LTR108d_Mam LTR/ERVL
chr21 21640247 21640624 7 MER110A LTR/ERV1
chr21 21643212 21643681 7 LTR2B LTR/ERV1
chr21 21646124 21646533 7 LTR7C LTR/ERV1
chr21 21720421 21720738 10 LTR81B LTR/Gypsy
chr21 21727340 21727644 7 MER92A LTR/ERV1
chr21 21761156 21761798 7 LTR30 LTR/ERV1
chr21 21769104 21770058 7 LTR28 LTR/ERV1
chr21 21775636 21776041 7 LTR12_ LTR/ERV1
chr21 21780715 21781617 7 MER4D0 LTR/ERV1
chr21 21823378 21823708 8 LTR16D2 LTR/ERVL
chr21 21831745 21832385 4 L1M3a LINE/L1
chr21 21909911 21910956 7 MER52C LTR/ERV1
chr21 21928609 21928723 10 LTR104_Mam LTR/Gypsy
chr21 22015736 22015815 8 ERV3-16A3_LTR LTR/ERVL
chr21 22102399 22102552 8 MER68-int LTR/ERVL
chr21 22106923 22107444 8 LTR75 LTR/ERVL
chr21 22148340 22148601 7 MER61-int LTR/ERV1
chr21 22154318 22154835 7 LTR10F LTR/ERV1
chr21 22672091 22672124 8 LTR108b_Mam LTR/ERVL
chr21 22771161 22771659 7 MER87B LTR/ERV1
chr21 22798553 22798731 8 LTR86A1 LTR/ERVL
chr21 22918432 22919074 9 MLT1H2-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 22933295 22933696 8 LTR47B2 LTR/ERVL
chr21 23201361 23201905 7 LTR59 LTR/ERV1
chr21 23202935 23203730 7 LTR1D1 LTR/ERV1
chr21 23403700 23403966 7 LTR27 LTR/ERV1
chr21 23495670 23496323 7 LTR1A1 LTR/ERV1
chr21 23530743 23531118 9 MST-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 23558674 23558843 9 MLT1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 23641865 23642246 7 LTR23-int LTR/ERV1
chr21 23671424 23671902 7 MER110-int LTR/ERV1
chr21 23715191 23715354 7 ERV24_Prim-int LTR/ERV1
chr21 23768914 23769943 7 MER51-int LTR/ERV1
chr21 23888585 23889201 7 LTR77 LTR/ERV1
chr21 24085245 24085301 7 LTR43B LTR/ERV1
chr21 24098439 24098925 7 LTR45B LTR/ERV1
chr21 24099080 24099172 7 MER101 LTR/ERV1
chr21 24124515 24124619 4 L1MEg1 LINE/L1
chr21 24145526 24146086 7 MER90a LTR/ERV1
chr21 24231829 24231933 8 LTR57 LTR/ERVL
chr21 24375697 24375802 4 L1P LINE/L1
chr21 24587589 24588019 8 LTR47A2 LTR/ERVL
chr21 24613280 24613510 4 L1MEb LINE/L1
chr21 24628420 24629102 7 LTR38C LTR/ERV1
chr21 24730451 24730521 7 LTR10C LTR/ERV1
chr21 24739184 24739948 7 LTR1F LTR/ERV1
chr21 24770598 24770931 7 MER34-int LTR/ERV1
chr21 24794665 24795088 9 MLT1G1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 24994072 24994563 8 LTR108e_Mam LTR/ERVL
chr21 25314977 25315576 7 MER4A1_ LTR/ERV1
chr21 25335706 25336031 8 LTR18C LTR/ERVL
chr21 25336032 25341974 8 HERVL18-int LTR/ERVL
chr21 25359504 25359780 9 THE1-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 25384981 25385063 4 L1M LINE/L1
chr21 25501108 25501317 8 MER70C LTR/ERVL
chr21 25644745 25645470 7 LTR19C LTR/ERV1
chr21 25666739 25666795 7 MER66-int LTR/ERV1
chr21 25667993 25668395 7 MER66D LTR/ERV1
chr21 25708998 25709102 8 LTR52-int LTR/ERVL
chr21 25843067 25843389 8 MER88 LTR/ERVL
chr21 25881869 25882093 7 LTR12B LTR/ERV1
chr21 26010391 26010490 7 EUTREP7 LTR/ERV1
chr21 26213528 26214150 7 LTR9C LTR/ERV1
chr21 26364066 26365382 7 HUERS-P3-int LTR/ERV1
chr21 26366848 26366987 7 HERV9NC-int LTR/ERV1
chr21 26634589 26635208 7 PRIMA4_LTR LTR/ERV1
chr21 26706166 26706605 8 LTR47B4 LTR/ERVL
chr21 26747802 26750392 4 L1M3f LINE/L1
chr21 26847187 26847258 8 MLT2E LTR/ERVL
chr21 26926261 26927557 9 MLT1B-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 27054742 27055491 7 LTR1B0 LTR/ERV1
chr21 27251900 27252320 7 LTR36 LTR/ERV1
chr21 27368804 27369350 7 LTR38B LTR/ERV1
chr21 27588336 27588823 7 PrimLTR79 LTR/ERV1
chr21 27776641 27776934 7 MER90 LTR/ERV1
chr21 28054891 28054951 6 X13_LINE LINE/L2
chr21 28238806 28239360 7 MER51A LTR/ERV1
chr21 28576525 28576644 9 MLT1L-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 28674087 28674462 7 LTR109A2 LTR/ERV1
chr21 28675389 28675747 7 MER34B-int LTR/ERV1
chr21 28796466 28796922 7 LTR35A LTR/ERV1
chr21 29103628 29103720 10 LTR81AB LTR/Gypsy
chr21 30014593 30015344 7 LTR1C LTR/ERV1
chr21 30266615 30266926 3 AluYk11 SINE/Alu
chr21 30606421 30607218 7 LTR1B1 LTR/ERV1
chr21 30728572 30730243 7 HERV9N-int LTR/ERV1
chr21 30770897 30771043 6 L2-1_Crp LINE/L2
chr21 30779334 30779792 7 LTR26 LTR/ERV1
chr21 30873838 30873992 6 L2-3_AMi LINE/L2
chr21 31405791 31406504 7 LTR27C LTR/ERV1
chr21 31501653 31502399 7 LTR1F2 LTR/ERV1
chr21 31579158 31579694 7 LTR26C LTR/ERV1
chr21 31616061 31616478 7 LTR21A LTR/ERV1
chr21 31787205 31787637 7 PABL_A-int LTR/ERV1
chr21 32130042 32130410 8 LTR86A2 LTR/ERVL
chr21 32477215 32477688 7 LTR29 LTR/ERV1
chr21 32565928 32566569 7 LTR9D LTR/ERV1
chr21 32936874 32937297 7 LTR44 LTR/ERV1
chr21 32992414 32993014 7 LTR9A1 LTR/ERV1
chr21 34071586 34071926 7 LTR60B LTR/ERV1
chr21 34250906 34251469 7 LTR26E LTR/ERV1
chr21 34573104 34573380 8 LTR86C LTR/ERVL
chr21 34610173 34610282 7 MER83 LTR/ERV1
chr21 34697900 34698223 7 LTR34 LTR/ERV1
chr21 34739550 34740018 7 LTR10B1 LTR/ERV1
chr21 34784520 34784734 7 PABL_B LTR/ERV1
chr21 35978417 35978746 7 MER83B LTR/ERV1
chr21 36013497 36014106 7 LTR76 LTR/ERV1
chr21 37118061 37118355 7 MER41G LTR/ERV1
chr21 37215045 37215553 8 MLT2B5 LTR/ERVL
chr21 37239746 37240088 8 MER74C LTR/ERVL
chr21 37280634 37281231 7 LTR71B LTR/ERV1
chr21 37377405 37377741 7 MER48 LTR/ERV1
chr21 37435577 37436122 7 HERVFH19-int LTR/ERV1
chr21 37481546 37482017 7 LTR2C LTR/ERV1
chr21 38432746 38432814 4 L1P3b LINE/L1
chr21 38585831 38586111 3 AluYh3a3 SINE/Alu
chr21 38939288 38939828 8 LTR18B LTR/ERVL
chr21 39195183 39195420 4 L1M3e LINE/L1
chr21 39485535 39486463 7 MER83B-int LTR/ERV1
chr21 39486327 39486485 7 MER84-int LTR/ERV1
chr21 39596485 39597405 7 HERV3-int LTR/ERV1
chr21 40730212 40730279 7 PRIMA41-int LTR/ERV1
chr21 40950150 40950407 7 LTR10B2 LTR/ERV1
chr21 41327622 41327997 7 MER95 LTR/ERV1
chr21 41949208 41949474 7 HERVS71-int LTR/ERV1
chr21 41949474 41950001 7 LTR6B LTR/ERV1
chr21 42016299 42016757 7 MER51E LTR/ERV1
chr21 42070125 42070513 7 LTR71A LTR/ERV1
chr21 42172217 42172620 9 MSTC-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 42332781 42333100 8 MER73 LTR/ERVL
chr21 42447297 42448368 7 LTR2752 LTR/ERV1
chr21 42796727 42796845 7 HERV1_LTRe LTR/ERV1
chr21 42797058 42797505 7 LTR7Y LTR/ERV1
chr21 43465559 43465616 3 AluYd8 SINE/Alu
chr21 43839340 43839798 9 MLT1E1A-int LTR/ERVL-MaLR
chr21 43885078 43885608 7 LTR26B LTR/ERV1
chr21 44024995 44025038 7 LTR10E LTR/ERV1
chr21 44094423 44094490 3 AluYh9 SINE/Alu
chr21 44337223 44338136 7 HERVH48-int LTR/ERV1
chr21 44352917 44353504 7 Harlequin-int LTR/ERV1
chr21 44361839 44362001 7 MER92C LTR/ERV1
chr21 44375518 44376015 7 HERVE-int LTR/ERV1
chr21 44468510 44468724 7 LTR24 LTR/ERV1
chr21 44551801 44552060 7 LTR24B LTR/ERV1
chr21 47151088 47151574 7 LTR72B LTR/ERV1
chr21 47378277 47378413 7 MER31-int LTR/ERV1