git clone時に--separate-git-dir=...オプションを使用して作業ツリーを分離したリポジトリをagit.vimで見た際、 未コミット差分が "fatal: This operation must be run in a work tree" とエラーになります。 agit.vimの他にvim-fugitiveが入っていると現象が発生し、 agit.vim単独では発生しません。