Дать возможность каждый раз по вызову команды "Загрузить данные" обращаться к файлу внешней обработки непосредственно на файловой системе.

А то можно внести исправления в ЕПФ, но забыть подгрузить его на кладке Внешние файлы. 
Ну или, хотя бы, третьей колонкой дату загруженного файла вывести.
А идеально, сверять дату загруженного файла с датой файла  на диске и выдавать запрос.

Просто, есть желание отдать обработину в пользование бухам, а им эти лишние танцы ни к чему :)