SSCEが上書きされる

[SpriteStudio]

再現手順：

1. SS上でセル編集ウィンドウにて原点を調整。

2. PSD素材修正＆PSDtoSS6 GUI にてアトラスpng＆ssce再作成。※この際にssce読込みにチェックを入れる。
   →★この再作成後に ssce 内の原点情報が0 0 などとリセットされてたら PSDtoSS の問題

3. SS上にて再コンバートしたssceをリロード
   →★ここでリセットされてたら本体の問題。SS5ではOKだったとのことからデグレ

4. 原点がゼロにリセットされてしまう。

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次に、SS6 上で単純に、ssce を作って原点変更→外部(エディタとか)で原点情報いじって保存→リロード
で再現したら PSDtoSS で再作成した ssce かどうかは関係なく、ほぼリロード処理のデグレに絞れると思います。