bootstrap 의존성이 있어서 jQuery를 덜어내는 것은 불가능할 것으로 보입니다. 더 정확하게는 scrollspy 기능을 재개발 해야하는데, cross-browsing을 고려하면서 재개발하는 수고보다는 그냥 jQuery를 쓰는게 더 저렴하지 않은가 싶습니다. 대신 babel-polyfill에서 필요한 것 빼고는 모두 빼내면 빌드시간과 용량이 감소할 것으로 보입니다.