-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
Expand file tree
/
Copy pathnormalize_microarray_example.R
More file actions
executable file
·285 lines (268 loc) · 17.5 KB
/
normalize_microarray_example.R
File metadata and controls
executable file
·285 lines (268 loc) · 17.5 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("affy")
library(AnnotationDbi)
library(limma)
library(affy)
M <- ReadAffy() # Get the CEL files in the directory (all cel files that you want to normalize and get differential expression should be in the working directory)
M.rma <- rma(M, background = T, normalize = T) # Background correction and normalization.
M.rma.e <- exprs(M.rma)
list.celfiles()
dim(M.rma.e) # Check the dimension of the dataset
write.table(M.rma.e , file="normalized_intensity_0324", quote=F, sep='\t') #output normalized intensity
##QC arrays
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("simpleaffy")
library(simpleaffy) # Load the simpleaffy package
M.qc <- qc(M) # Call the qc function
plot(M.qc) # Plot the qc results
## check for degradation
RNAdeg <- AffyRNAdeg(M)
plotAffyRNAdeg(RNAdeg, col=c(1,2,3,4))
summaryAffyRNAdeg(RNAdeg)
#for differential expression :
design7641 <- cbind(
epi_lat.c = c(1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
epi_lat.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
col.c = c(0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
col.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
cortex.c = c(0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
cortex.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
endo_qui.c = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
endo_qui.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0),
stele.c = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
stele.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0),
protophl.c = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0),
protophl.s = c(0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 0,0,0, 1,1,1)) #design is designating which CEL files are control and which ones are treatment
#design hormone
design <-cbind(
mock30 = c(1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
IAA30 = c(0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
zeatin30 = c(0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ABA30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
MJ30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ACC30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
BL30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
mock1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
IAA1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
zeatin1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ABA1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
MJ1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ACC11 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
BL1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
mock3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
IAA3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
zeatin3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ABA3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
MJ3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
ACC3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
BL3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15m30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15G30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15m1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15G1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15m3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
GA15G3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
det2m30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
det2BL30 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0),
det2m1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0, 0,0),
det2BL1 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0, 0,0),
det2m3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1, 0,0),
det2BL3 = c(0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 1,1))
design_aphid = cbind(cont = c(1, 1, 1, 0, 0), treat = c(0, 0, 0, 1, 1))
contrast = makeContrasts(treat-cont, levels = design_aphid)
contrast <- makeContrasts(IAA30-mock30, zeatin30-mock30, GA30-mock30, ABA30-mock30, MJ30-mock30, ACC30-mock30, BL30-mock30,
IAA1-mock1, zeatin1-mock1, GA1-mock1, ABA1-mock1, MJ1-mock1, ACC11-mock1, BL1-mock1,
IAA3-mock3, zeatin3-mock3, GA3-mock3, ABA3-mock3, MJ3-mock3, ACC3-mock3, BL3-mock3,
GA15m30-mock30, det2m30-mock30, GA15G30- mock30, GA15m3-mock3, det2m3-mock3, GA15G3-mock3,
GA15m1-mock1, det2m1-mock1, GA15G1-mock1, det2BL30-mock30, det2BL3-mock3, det2BL1-mock1,
levels = design)
#contrast <- makeContrasts(epi_lat.s-epi_lat.c, col.s-col.c, cortex.s-cortex.c, levels = design)
#make contrast between treatment(salt in this case) - control according to your design #only 3 celltypes as examples
design.df <- as.data.frame(design_aphid)
fit <- lmFit(M.rma.e, design_aphid) #fit data to the design
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast)
fit2 <- eBayes(fit2)
n <- length(featureNames(M.rma))
#n
#top.epi<- topTable(fit2, coef ="epi_lat.s-epi_lat.c", n=n, adjust = 'fdr')
#top.col<- topTable(fit2, coef ="col.s-col.c", n=n, adjust = 'fdr')
top_aphid <- topTable(fit2, coef ="treat - cont", n=n, adjust = 'fdr')
top_IAA30 <- topTable(fit2, coef ="IAA30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_zeatin30<- topTable(fit2, coef ="zeatin30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA30<- topTable(fit2, coef ="GA30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_ABA30<- topTable(fit2, coef ="ABA30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_MJ30<- topTable(fit2, coef ="MJ30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_ACC30<- topTable(fit2, coef ="ACC30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_BL30<- topTable(fit2, coef ="BL30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15m30<- topTable(fit2, coef ="GA15G30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2m30<- topTable(fit2, coef ="det2m30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15G30<- topTable(fit2, coef ="GA15G30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2BL30<- topTable(fit2, coef ="det2BL30 - mock30", n=n, adjust = 'fdr')
top_IAA1<- topTable(fit2, coef ="IAA1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_zeatin1<- topTable(fit2, coef ="zeatin1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA1<- topTable(fit2, coef ="GA1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_ABA1<- topTable(fit2, coef ="ABA1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_MJ1<- topTable(fit2, coef ="MJ1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_ACC1<- topTable(fit2, coef ="ACC11 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_BL1<- topTable(fit2, coef ="BL1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15m1<- topTable(fit2, coef ="GA15G1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2m1<- topTable(fit2, coef ="det2m1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15G1<- topTable(fit2, coef ="GA15G1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2BL1<- topTable(fit2, coef ="det2BL1 - mock1", n=n, adjust = 'fdr')
top_IAA3<- topTable(fit2, coef ="IAA3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_zeatin3<- topTable(fit2, coef ="zeatin3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA3<- topTable(fit2, coef ="GA3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_ABA3<- topTable(fit2, coef ="ABA3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_MJ3<- topTable(fit2, coef ="MJ3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_ACC3<- topTable(fit2, coef ="ACC3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_BL3<- topTable(fit2, coef ="BL3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15m3<- topTable(fit2, coef ="GA15G3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2m3<- topTable(fit2, coef ="det2m3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_GA15G3<- topTable(fit2, coef ="GA15G3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
top_det2BL3<- topTable(fit2, coef ="det2BL3 - mock3", n=n, adjust = 'fdr')
write.table(top_IAA30, file = "contrast_IAA30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_zeatin30, file = "contrast_zeatin30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA30, file = "contrast_GA30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ABA30, file = "contrast_ABA30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_MJ30, file = "contrast_MJ30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ACC30, file = "contrast_ACC30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_BL30, file = "contrast_BL30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15m30, file = "contrast_GA15m30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2m30, file = "contrast_det2m30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15G30, file = "contrast_GA15G30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2BL30, file = "contrast_det2BL30", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_IAA1, file = "contrast_IAA1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_zeatin1, file = "contrast_zeatin1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA1, file = "contrast_GA1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ABA1, file = "contrast_ABA1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_MJ1, file = "contrast_MJ1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ACC1, file = "contrast_ACC1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_BL1, file = "contrast_BL1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15m1, file = "contrast_GA15m1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2m1, file = "contrast_det2m1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15G1, file = "contrast_GA15G1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2BL1, file = "contrast_det2BL1", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_IAA3, file = "contrast_IAA3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_zeatin3, file = "contrast_zeatin3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA3, file = "contrast_GA3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ABA3, file = "contrast_ABA3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_MJ3, file = "contrast_MJ3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_ACC3, file = "contrast_ACC3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_BL3, file = "contrast_BL3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15m3, file = "contrast_GA15m3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2m3, file = "contrast_det2m3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_GA15G3, file = "contrast_GA15G3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_det2BL3, file = "contrast_det2BL3", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top_aphid, file = "contrast_aphid", quote = F, sep = '\t', row.names = T)
write.table(top.col, file = "contrast_col", quote = F, sep = '\t', row.names = T)