Если сделать новую установку копии плагина, то при сохранении будет записан только один ПВЗ (последний). Этого не происходит, если не трогать идентификаторы ПВЗ, а дать им самим автонумероваться. Похоже, ошибка в подсчете строк, если идентификатор не числовой, то каждый раз создается ПВЗ с индексом 0 или вообще пустым. Он и перезаписывает их всех. Проверить и исправить