No module named 'utils.viz'

[fangqiangqiang406]

测试

python pretrain.py --dataroot ./data/pretrain/pretrain_data.pkl \
--epochs 100 \
--seed 8 \
--batch_size 40 \
--lr 0.00005 \
--weight_decay 0.0001 \
--dataloader_num_workers 24 \
--emdedding_dim 512 \
--hidden_dim 256 \
--layer_num 6 \
--num_heads 16 --gpus 0

有如下报错：

datasets/dataloader.py", line 12
from utils.viz.naive_fg_model import convert_atom_to_fg_nums__to__fg_counts
ModuleNotFoundError: No module named 'utils.viz'

在整个项目路径中也确实没有找到该文件，也没有找到哪个文件中定义了 convert_atom_to_fg_nums__to__fg_counts 该函数。

请问这个问题要怎么解决？

[KazeDog]

很抱歉为您带来不便。这是由于我们提交的版本中，有部分调用已经不被新版本所需要。然而在整理代码的过程中，我们删除了相关旧版本文件，却忽略了此处的函数调用。您可以删除dataloader.py文件中的第34-35，54-56行重新运行代码。我们已经更新了代码版本，修复了这个问题。

[fangqiangqiang406]

非常感谢你的回复。测试过程中发现仓库中提供的预训练模型参数与现在定义的模型参数不一致。

RuntimeError: Error(s) in loading state_dict for Scage:
	size mismatch for atom_feature.embed_list.1.weight: copying a param with shape torch.Size([14, 512]) from checkpoint, the shape in current model is torch.Size([9, 512]).
	size mismatch for atom_feature.embed_list.5.weight: copying a param with shape torch.Size([14, 512]) from checkpoint, the shape in current model is torch.Size([13, 512]).

请问目前仓库中提供的预训练模型不是最新的么？可否提供一份最新的预训练模型权重文件呢？

[3505675604]

@fangqiangqiang406 你解决了这个问题吗

[fangqiangqiang406]

为了测试，我暂时把模型的架构改的跟预训练权重一致。修改 .data_process.compound_tool.CompoundKit 为：

class CompoundKit(object):
    atom_vocab_dict = {
        "atomic_num": list(range(1, 119)) + ['misc'],
        #"chiral_tag": rd_chem_enum_to_list(rdchem.ChiralType.values),
        "chiral_tag": list(rdchem.HybridizationType.values.values()) + [1] ,
        "degree": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 'misc'],
        "explicit_valence": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 'misc'],
        "formal_charge": [-5, -4, -3, -2, -1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 'misc'],
        #"hybridization": rd_chem_enum_to_list(rdchem.HybridizationType.values),
        "hybridization": list(rdchem.HybridizationType.values.values()) + [1],
        "is_aromatic": [0, 1],
        "total_numHs": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 'misc'],
        'atom_is_in_ring': [0, 1],
    }

这个只是为了测试流程，把维度改为一致，不能用于实际项目。等作者上传兼容的权重文件后再改回去，或者自己重新训练一个新的模型

[3505675604]

@fangqiangqiang406 如果重新训练的话（scage/models/layers/embedding.py）

embed = nn.Embedding(CompoundKit.get_atom_feature_size(name) + 5, embed_dim, padding_idx=0)

  (embed_list): ModuleList(
    (0): Embedding(124, 512, padding_idx=0)
    (1): Embedding(9, 512, padding_idx=0)
    (2): Embedding(17, 512, padding_idx=0)
    (3): Embedding(19, 512, padding_idx=0)
    (4): Embedding(22, 512, padding_idx=0)
    (5): Embedding(13, 512, padding_idx=0)
    (6): Embedding(7, 512, padding_idx=0)
    (7): Embedding(15, 512, padding_idx=0)
    (8): Embedding(7, 512, padding_idx=0)
  )

把(1)(5)直接改为14你觉得我这样的做法对吗？

[KazeDog]

这是由于rdkit版本导致的问题，重新安装rdkit==2023.9.4可以解决

[3505675604]

@KazeDog @fangqiangqiang406 非常感谢你们🙏
当我重新安装rdkit==2023.9.4时

ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement rdkit-pypi==2023.9.4 (from versions: 2021.9.2, 2021.9.2.1, 2021.9.3, 2021.9.4, 2021.9.5.1, 2022.3.1b1, 2022.3.1, 2022.3.1.1, 2022.3.2, 2022.3.2.1, 2022.3.3, 2022.3.4, 2022.3.5, 2022.9.1, 2022.9.2, 2022.9.3, 2022.9.4, 2022.9.5, 2023.3.1b1)
ERROR: No matching distribution found for rdkit-pypi==2023.9.4

但我使用了pip install rdkit-pypi==2023.3.1b1解决了这个问题