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您好,李老师,我是动力学的初学者,在使用您的脚本计算结合自由能。
蛋白质是DPP4的一个PDB结构(2rgu),配体是含有一个正电荷的小分子,使用gromacs2020.6进行150ns的动力学之后取最后10ns的101帧计算结合自由能,计算结果:
_pid~MMPBSA.txt
问了一下别人,with DH列的数值是使用了Debye-Hückel方法修正离子对静电相互作用的屏蔽作用,但是像这种括号内外的数值相差过大明显是异常的,我检查了一下脚本中的参数又找不出明显的错误
请问这种情况该怎么修改呢?
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