Skip to content

使用gmx_mmpbsa.bsh脚本计算结果异常 #12

@terrareserch

Description

@terrareserch

您好,李老师,我是动力学的初学者,在使用您的脚本计算结合自由能。
蛋白质是DPP4的一个PDB结构(2rgu),配体是含有一个正电荷的小分子,使用gromacs2020.6进行150ns的动力学之后取最后10ns的101帧计算结合自由能,计算结果:

_pid~MMPBSA.txt
问了一下别人,with DH列的数值是使用了Debye-Hückel方法修正离子对静电相互作用的屏蔽作用,但是像这种括号内外的数值相差过大明显是异常的,我检查了一下脚本中的参数又找不出明显的错误

gmx_mmpbsa.txt

请问这种情况该怎么修改呢?

Metadata

Metadata

Assignees

No one assigned

    Labels

    No labels
    No labels

    Projects

    No projects

    Milestone

    No milestone

    Relationships

    None yet

    Development

    No branches or pull requests

    Issue actions