可购性检查 CLI 使用说明

本说明介绍如何使用本仓库内的可购性检查工具，基于两部分：

scripts/check_accessible.py：单个 SMILES 可购性检查（本地库存优先，其次 PubChem）。
inference.py：命令行工具（CLI）。可对模型预测得到的合成路径（paths）进行筛选：若存在“全可购”路径优先保留；若不存在，则保留“不可购节点最少”的路径集合。也可先调用模型生成 paths 再筛选。

适用场景：你已有模型输出的 path_string 列表，想快速过滤出所有节点都可购的路线；或希望一步生成+筛选。

目录定位（默认）：

注意：仅“检查模式”（只用 --paths-file）不需要安装 torch；只有选择“先生成再检查”时才会加载模型相关依赖。输入 paths 支持两种形式：

一、快速开始（仅检查已有 paths）

文件格式支持：
- JSON 数组：元素可以是 path_string 字符串，或已解析好的路径字典对象
- 行分隔文本：每行一个 path_string 字符串

示例：

只检查 children（起始物料），不要求根节点（产物）可购：
- python3 inference.py --paths-file my_paths.txt --children-only --output filtered.json
要求路径中包含根节点在内所有节点都可购：
- python3 inference.py --paths-file my_paths.txt --include-root --output filtered.json

可选参数：

二、生成 + 检查（需要模型与 checkpoint）示例：

python3 inference.py --target "CNCc1cc(-c2ccccc2F)n(S(=O)(=O)c2cccnc2)c1" --model explorer --beam-size 32 --children-only --output filtered.json
可选：--n-steps, --starting-material, --ckpt-dir data/checkpoints, --config data/configs/dms_dictionary.yaml

提示：脚本会在运行时自动将 ./src 加入 sys.path，可直接以源码方式调用模块；若使用自定义安装环境，确保 directmultistep 模块可被导入。

三、筛选策略与输出说明（JSON）

筛选策略：
- 若存在“整条路径所有被检查节点都可购”的路径，优先保留这些（all_access）。
- 若不存在全可购路径，则保留“不可购节点数最少”的路径集合（min_inaccessible）。若并列，全部保留。
输出字段：
- total: 候选路径数量
- accessible: 全可购路径数量（仅统计 all_access）
- include_root: 是否要求根节点一并检查
- selection: all_access 或 min_inaccessible
- min_not_accessible: 若为 min_inaccessible 策略，给出最小不可购节点数；否则为 null
- paths: 选中的路径列表（JSON 结构：每条路径为 {smiles, children} 的字典树，不是字符串）
- statuses: 每个出现过的 SMILES 的判定结果，形如 {"status": "purchasable" | "no_vendors" | "not_found" | "error", "detail": "..."}
- path_reports: 每条候选路径的诊断：{"path": <JSON路径>, "not_accessible": <数量>, "not_accessible_smiles": [..]}

四、判定逻辑与来源

先查本地清单（精确匹配）：data/compounds/buyables-stock.txt
不在本地清单时，调用 PubChem PUG/PUG View：
- SMILES → CID；若 CID == 0 或未找到，判为 not_found
- CID → Chemical Vendors；若存在并为真，判为 purchasable；否则 no_vendors
为减少对 PubChem 的压力，在网络查询间加入 --sleep 延迟。

五、返回码（exit code）

六、常见用法小抄

检查 children-only（最常用）：
- python3 inference.py --paths-file my_paths.txt --children-only --output filtered.json
使用自定义库存清单：
- python3 inference.py --paths-file my_paths.txt --children-only --stock-file path/to/stock.txt
生成+检查（含根节点）：
- python3 inference.py --target "<SMILES>" --model explorer --include-root --output filtered.json
- 若不存在全可购路径，输出会自动切换到 min_inaccessible 策略并保留不可购最少的路径集合。

七、局限与建议

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