Il y a un tas de solutions différentes possibles. Une des plus simples à implémenter je pense est un petit compteur (in memory) pour chaque cron. Si le run a fail 2 ou 3 fois d'affilée avec la même erreur, on log l'erreur une dernière fois en indiquant dans le message que les erreurs suivantes seront ignorées.
Dès que le run ne fail plus (ou fail avec une erreur différente), le compteur est reset.