hpc

Scripts de Supercómputo (HPC)

Clúster objetivo

Scripts configurados para clústers con gestor SLURM.

Gestor de colas: SLURM

Scripts disponibles

Script	Trabajo que lanza	Nodos	Cores	Memoria	Tiempo máx
ex1.sh	Ejemplo básico (hostname)	1	1	Default	Default
ex2.sh	Por definir	-	-	-	-
ex3.sh	Por definir	-	-	-	-
ex4.sh	Por definir	-	-	-	-
ex5.sh	Por definir	-	-	-	-

Configuración típica

#SBATCH --job-name=example      # Nombre del trabajo
#SBATCH --partition=general     # Partición/cola
#SBATCH -n 1                    # Número de tareas
#SBATCH --output=example_%j.out # Archivo de salida
#SBATCH --error=example_%j.err  # Archivo de error
#SBATCH --mail-user=usuario@email.com
#SBATCH --mail-type=ALL         # Notificaciones

Módulos de entorno requeridos

Los módulos específicos dependen del clúster. Ejemplo típico:

# En el script de trabajo
module load gcc openmpi lammps
# o
module load python anaconda3

Workflow típico

# 1. Preparar inputs en local
# 2. Copiar al clúster
rsync -avz lammps/inputs/ usuario@cluster:/ruta/trabajo/

# 3. Enviar trabajo
sbatch hpc/ex1.sh

# 4. Monitorear
squeue -u $USER

# 5. Cancelar (si es necesario)
scancel <job_id>

# 6. Recuperar resultados
rsync -avz usuario@cluster:/ruta/trabajo/outputs/ lammps/outputs/

Comandos útiles SLURM

squeue -u $USER          # Ver trabajos en cola
sinfo                    # Ver estado de nodos
sacct                    # Ver trabajos completados
scancel <job_id>         # Cancelar trabajo
scontrol show job <id>   # Ver detalles de trabajo