流程使用问题

[yangfeizZZ]

（都是中国学生，我就不用英文了哈）
作者您好：
我是华中农业大学学生。谢谢您的工具，目前我们想使用您的工具进行蛋白质的小分子药物的预测。在我使用这您的这个模型之前，我应该是需要通过其他的手段得到一些分子对接的模型，然后通过对接的模型来进行使用get_pocket以及Screenning的流程对吧那么，如果是这样的话，有没有什么对接的模型推荐呢，比如通过深度学习进行分子对接的模型呢~~
期待您的回复

[yangfeizZZ]

我不明白Equiscore是需要提供一个蛋白质的pocket的sdf文件然后screen.py会自动把配体挨个套进去试一试，还是说我要已经对接完成的模型（比如vina的对接结果等），然后screen.py会将对接完成的蛋白质-配体对 模型进行打分呢~~另外，请问如果不知道蛋白质的口袋，请问这种情况要怎么处理呢？
期待您的答复哦~~~

[CAODH]

我不明白Equiscore是需要提供一个蛋白质的pocket的sdf文件然后screen.py会自动把配体挨个套进去试一试，还是说我要已经对接完成的模型（比如vina的对接结果等），然后screen.py会将对接完成的蛋白质-配体对 模型进行打分呢~~另外，请问如果不知道蛋白质的口袋，请问这种情况要怎么处理呢？ 期待您的答复哦~~~

因为是一个重打分的模型，所以您需要对接好的pose和口袋，再进行打分，但是我们并不对对接方法敏感，您都可以试试；此外口袋不知道的情况，建议您先利用一些口袋预测工具找到口袋（sitemap这种工具），您有具体问题可以随时交流~

[yangfeizZZ]

我不明白Equiscore是需要提供一个蛋白质的pocket的sdf文件然后screen.py会自动把配体挨个套进去试一试，还是说我要已经对接完成的模型（比如vina的对接结果等），然后screen.py会将对接完成的蛋白质-配体对 模型进行打分呢~~另外，请问如果不知道蛋白质的口袋，请问这种情况要怎么处理呢？ 期待您的答复哦~~~

因为是一个重打分的模型，所以您需要对接好的pose和口袋，再进行打分，但是我们并不对对接方法敏感，您都可以试试；此外口袋不知道的情况，建议您先利用一些口袋预测工具找到口袋（sitemap这种工具），您有具体问题可以随时交流~

我明白了，意思就是这个模型是对已经对接完成的pose再次进行打分进行筛选的过程对吧，不涉及对接的过程

[CAODH]

我不明白Equiscore是需要提供一个蛋白质的pocket的sdf文件然后screen.py会自动把配体挨个套进去试一试，还是说我要已经对接完成的模型（比如vina的对接结果等），然后screen.py会将对接完成的蛋白质-配体对 模型进行打分呢~~另外，请问如果不知道蛋白质的口袋，请问这种情况要怎么处理呢？ 期待您的答复哦~~~

因为是一个重打分的模型，所以您需要对接好的pose和口袋，再进行打分，但是我们并不对对接方法敏感，您都可以试试；此外口袋不知道的情况，建议您先利用一些口袋预测工具找到口袋（sitemap这种工具），您有具体问题可以随时交流~

我明白了，意思就是这个模型是对已经对接完成的pose再次进行打分进行筛选的过程对吧，不涉及对接的过程

对的