CGML_Modules/torchmd_cg_mappings.py at main · BioMedAI-UCSC/CGML_Modules · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
CACB_MAP = {
     ('ALA','CA'):'CA',
     ('ARG','CA'):'CA',
     ('ASN','CA'):'CA',
     ('ASP','CA'):'CA',
     ('CYS','CA'):'CA',
     ('GLN','CA'):'CA',
     ('GLU','CA'):'CA',
     ('GLY','CA'):'CAG',
     ('HIS','CA'):'CA',
     ('ILE','CA'):'CA',
     ('LEU','CA'):'CA',
     ('LYS','CA'):'CA',
     ('MET','CA'):'CA',
     ('PHE','CA'):'CA',
     ('PRO','CA'):'CA',
     ('SER','CA'):'CA',
     ('THR','CA'):'CA',
     ('TRP','CA'):'CA',
     ('TYR','CA'):'CA',
     ('VAL','CA'):'CA',
     ('ALA','CB'):'CBA',
     ('ARG','CB'):'CBR',
     ('ASN','CB'):'CBN',
     ('ASP','CB'):'CBD',
     ('CYS','CB'):'CBC',
     ('GLN','CB'):'CBQ',
     ('GLU','CB'):'CBE',
     ('HIS','CB'):'CBH',
     ('ILE','CB'):'CBI',
     ('LEU','CB'):'CBL',
     ('LYS','CB'):'CBK',
     ('MET','CB'):'CBM',
     ('PHE','CB'):'CBF',
     ('PRO','CB'):'CBP',
     ('SER','CB'):'CBS',
     ('THR','CB'):'CBT',
     ('TRP','CB'):'CBW',
     ('TYR','CB'):'CBY',
     ('VAL','CB'):'CBV'}


CA_MAP = {
     ('ALA','CA'):'CAA',
     ('ARG','CA'):'CAR',
     ('ASN','CA'):'CAN',
     ('ASP','CA'):'CAD',
     ('CYS','CA'):'CAC',
     ('GLN','CA'):'CAQ',
     ('GLU','CA'):'CAE',
     ('GLY','CA'):'CAG',
     ('HIS','CA'):'CAH',
     ('HSD','CA'):'CAH',
     ('ILE','CA'):'CAI',
     ('LEU','CA'):'CAL',
     ('LYS','CA'):'CAK',
     ('MET','CA'):'CAM',
     ('PHE','CA'):'CAF',
     ('PRO','CA'):'CAP',
     ('SER','CA'):'CAS',
     ('THR','CA'):'CAT',
     ('TRP','CA'):'CAW',
     ('TYR','CA'):'CAY',
     ('VAL','CA'):'CAV'}