From 89976eb0af0b7b639408e6956d2696198bfdc279 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: phildong <35715936+phildong@users.noreply.github.com> Date: Wed, 31 Dec 2025 11:47:02 -0500 Subject: [PATCH 1/3] test: update AR figure for poster (#41) --- scripts/s03_make_figures.py | 16 +- tests/output/figs/print/figures/ar.svg | 4595 ++++++----------- tests/output/figs/print/panels/ar-dhm.svg | 415 +- tests/output/figs/print/panels/ar-full.svg | 5232 +++++++------------- 4 files changed, 3318 insertions(+), 6940 deletions(-) diff --git a/scripts/s03_make_figures.py b/scripts/s03_make_figures.py index fd4792f..f0e9f22 100644 --- a/scripts/s03_make_figures.py +++ b/scripts/s03_make_figures.py @@ -432,7 +432,7 @@ def agg_result( # %% ar-dhm fig_path = FIG_PATH_PN / "ar-dhm.svg" -fig_w, fig_h = 6.8, 2 +fig_w, fig_h = 6.2, 1.8 with sns.axes_style("white"): fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(fig_w, fig_h)) end = 60 @@ -506,7 +506,9 @@ def agg_result( axs[iplt].set_xlabel("Timesteps") fig.tight_layout() fig.legend( - loc="center left", bbox_to_anchor=(1.01, 0.5), bbox_transform=axs[-1].transAxes + loc="lower center", + bbox_to_anchor=(0.5, 0.95), + ncol=3, ) fig.savefig(fig_path, bbox_inches="tight") @@ -539,7 +541,7 @@ def AR_scatter( fig_path = FIG_PATH_PN / "ar-full.svg" resdf = load_agg_result(IN_MET_PATH / "test_demo_solve_fit_h_num") ressub = ( - resdf.query("taus == '(6, 1)' & upsamp < 5 & rand_seed == 2") + resdf.query("taus == '(6, 1)' & upsamp == 1 & rand_seed == 2") .astype({"upsamp": int}) .copy() ) @@ -555,9 +557,7 @@ def AR_scatter( "solve_fit": "InDeCa", "solve_fit-all": "InDeCa /w \nshared kernel", } -g = sns.FacetGrid( - ressub, row="upsamp", col="ns_lev", height=1.5, aspect=1.15, margin_titles=True -) +g = sns.FacetGrid(ressub, col="ns_lev", height=1.7, aspect=1, margin_titles=True) g.map_dataframe( AR_scatter, x="dhm0", @@ -577,12 +577,12 @@ def AR_scatter( frameon=RC_PARAM["legend.frameon"], fancybox=RC_PARAM["legend.fancybox"], framealpha=RC_PARAM["legend.framealpha"], - bbox_to_anchor=(1.02, 0.5), + bbox_to_anchor=(0.5, 1.06), + ncol=4, ) g.set_xlabels(r"$\text{DHM}_r$ (timesteps)") g.set_ylabels(r"$\text{DHM}_d$" + "\n(timesteps)") g.set_titles( - row_template="Upsampling $k$: {row_name}", col_template="Noise level (A.U.): {col_name}", ) for lab in g._legend.texts: diff --git a/tests/output/figs/print/figures/ar.svg b/tests/output/figs/print/figures/ar.svg index 90b20d5..60bdafa 100644 --- a/tests/output/figs/print/figures/ar.svg +++ b/tests/output/figs/print/figures/ar.svg @@ -1,12 +1,12 @@ - + - 2025-06-30T16:46:49.647280 + 2025-11-13T10:35:35.836576 image/svg+xml @@ -21,17 +21,17 @@ - + - + - + @@ -42,7 +42,7 @@ - + @@ -54,7 +54,7 @@ - + @@ -66,7 +66,7 @@ - + @@ -78,7 +78,7 @@ - + @@ -90,7 +90,7 @@ - + @@ -102,7 +102,7 @@ - + @@ -113,7 +113,7 @@ - + @@ -136,32 +136,32 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -176,7 +176,7 @@ - + @@ -201,7 +201,7 @@ - + @@ -230,7 +230,7 @@ - + @@ -255,7 +255,7 @@ - + @@ -269,7 +269,7 @@ - + @@ -299,13 +299,13 @@ - + - + @@ -313,7 +313,7 @@ - + @@ -322,7 +322,7 @@ - + @@ -331,7 +331,7 @@ - + @@ -340,7 +340,7 @@ - + @@ -349,7 +349,7 @@ - + @@ -358,7 +358,7 @@ - + @@ -366,7 +366,7 @@ - + @@ -380,32 +380,32 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -413,7 +413,7 @@ - + @@ -427,7 +427,7 @@ - + @@ -447,7 +447,7 @@ - + @@ -464,7 +464,7 @@ - + @@ -478,7 +478,7 @@ - + @@ -515,14 +515,14 @@ - + - + - + @@ -539,11 +539,11 @@ - + - + @@ -557,11 +557,11 @@ - + - + @@ -574,22 +574,22 @@ - - + + - - + + A - + - 2025-06-30T16:46:55.921727 + 2025-11-13T10:37:25.633595 image/svg+xml @@ -604,104 +604,77 @@ - + - + - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - - + + - - + - + - - - + + + - - + + - + - + - - - + + + - - + + - - - + + - - + + - - - - - - - - - - + + @@ -711,6 +684,62 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -727,409 +756,408 @@ - + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - + + + + - - - + + + - + - - - - - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - + + + + + + + + + + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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wt_trunc_thres: float = 1e-2, + wt_trunc_thres: float = None, masking_radius: int = None, pks_polish: bool = True, th_min: float = 0, th_max: float = 1, density_thres: float = None, ncons_thres: int = None, - min_rel_scl: float = "auto", + min_rel_scl: float = None, max_iter_l0: int = 30, max_iter_penal: int = 500, max_iter_scal: int = 50, @@ -482,15 +482,17 @@ def update( A_before = self.A.copy() self._update_A() assert self.A.shape == A_before.shape - assert (self.A.nonzero()[0] == A_before.nonzero()[0]).all() - assert (self.A.nonzero()[1] == A_before.nonzero()[1]).all() + if not setup_prob: + assert (self.A.nonzero()[0] == A_before.nonzero()[0]).all() + assert (self.A.nonzero()[1] == A_before.nonzero()[1]).all() updt_A = True if any((scale is not None, scale_mul is not None, updt_HG, updt_P)): P_before = self.P.copy() self._update_P() assert self.P.shape == P_before.shape - assert (self.P.nonzero()[0] == P_before.nonzero()[0]).all() - assert (self.P.nonzero()[1] == P_before.nonzero()[1]).all() + if not setup_prob: + assert (self.P.nonzero()[0] == P_before.nonzero()[0]).all() + assert (self.P.nonzero()[1] == P_before.nonzero()[1]).all() updt_P = True if any( ( diff --git a/tests/test_deconv.py b/tests/test_deconv.py index a5904ee..c11d26d 100644 --- a/tests/test_deconv.py +++ b/tests/test_deconv.py @@ -124,8 +124,12 @@ def test_solve_thres( ) s_direct = intm[0] s_bin = s_bin.astype(float) + ttol = max(upsamp_y / upsamp, upsamp, upsamp_y) mdist, f1, precs, recall = assignment_distance( - s_ref=s_org, s_slv=s_bin, tdist_thres=5, include_range=(0, len(s_org) - 5) + s_ref=s_org, + s_slv=s_bin, + tdist_thres=ttol, + include_range=(0, len(s_org) - max(int(ttol), 5)), ) # plotting fig = go.Figure() @@ -522,9 +526,16 @@ def test_demo_solve_scale_realds( err_weighting=err_weighting, use_base=True, ) - opt_s, opt_c, cur_scl, cur_obj, cur_penal, iterdf = deconv.solve_scale( - return_met=True, obj_crit=obj_crit - ) + ( + opt_s, + opt_c, + cur_scl, + cur_obj, + err_rel, + nnz, + cur_penal, + iterdf, + ) = deconv.solve_scale(return_met=True, obj_crit=obj_crit) deconv.update(update_weighting=True) err_wt = deconv.err_wt.squeeze() deconv.update(update_weighting=True, clear_weighting=True, scale=1) From 0b6760801b5274b2b9612c69b6b9a08fcbba68df Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: phildong <35715936+phildong@users.noreply.github.com> Date: Wed, 31 Dec 2025 19:45:38 -0500 Subject: [PATCH 3/3] fix: return optimal iteration in pipeline (#44) --- src/indeca/pipeline.py | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/src/indeca/pipeline.py b/src/indeca/pipeline.py index 74c4854..411294a 100644 --- a/src/indeca/pipeline.py +++ b/src/indeca/pipeline.py @@ -432,7 +432,6 @@ def pipeline_bin( opt_idx = metric_df.loc[ metric_df[metric_df["cell"] == icell]["obj"].idxmin(), "iter" ] - opt_idx = -1 opt_C[icell, :] = C_ls[opt_idx][icell, :] opt_S[icell, :] = S_ls[opt_idx][icell, :] C_ls.append(opt_C)